wjq/PlantAI-rag-new
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admin d37e0d9c3a fix(paper): 确认大纲后即时 seed 进度卡并逐节刷新 
- 后端写稿循环不再落空 paper_progress 块（重载后出现空卡），改落开始撰写文本
- 前端 confirmPaper 时用大纲节标题本地 seed 进度卡，2s 轮询 patch 逐节状态
- 当前节按 current_section_id 标 writing（…动画）
 2026-10-08 17:10:50 +08:00
admin 8b228923bd fix(paper): 取消路径(cancel_paper) + 引用元数据清洗(丢弃杜撰 DOI/PMID) 2026-10-08 14:59:16 +08:00
admin 91f6a1c242 feat: 新增论文撰写功能 paper-writer（独立 MCP 服务 + BFF 大脑 + 前端三卡） 
- paper_writer_service(8097)：FastAPI + MCP streamable-http 单端点，9 工具
  （propose_paper_outline/write_paper_section/get_paper_progress/search_refs/
  revise_paper_section/revise_paper/get_paper/complete_paper/cancel_paper），
  SQLite 三表（papers/paper_sections/citations，WAL），GB/T 7714 引用协议
- BFF：services/paper/{mcp_client,agent}.py（裸 JSON-RPC 客户端 + 规则状态机）、
  routers/paper.py、schemas.py 4 个 Paper*Block + ArtifactBlock 加 paper_id/citation_count、
  config.py 开关、main.py 条件注册、docgen.py 抽 insert_artifact 公共 helper
- 前端：intent.js paperIntent 纯函数、Composer docgen 分支 sub-route、sendPaper/轮询、
  PaperBriefCard/PaperOutlineCard/PaperProgressCard、DocPane cite-chip
- deploy/paper_restart.sh + toggle_paper.sh；compile_sdk.sh 白名单追加 paper 文件
- tests/paper 26 条（工具逻辑 + MCP 协议 + BFF 状态机 + 块 schema + 前端 intent 单测）
 2026-09-30 22:29:22 +08:00
admin 0282cfeeeb feat(bioflow): 阶段进度条+滚动日志+点击定位全链;图片注入三修;QA启动就绪等待 
- 生信进度:后端新增 stage_progress 事件帧+进度解析白名单(rnaseq_qc/sample_qc),
  kernel 日志流式落盘(20行/1s flush+fsync),logs 分页端点(offset/limit/eof),
  事件 seq 跨重启扫描续增(2026-09-17 断流修复);前端 FlowProgressCard 确定性/
  不确定两态进度条+点击定位到生信任务 TAB,BioJobsPane DAG 行展开滚动日志区
  (3s 轮询),log_tail 4000 截断,重跑 stage_started 清零进度
- 图片注入:figures 三源重构(标准DOI图库主路径/遗留体系兜底/PMC兜底),
  [[FIG:]] 宽松归一化识别 PMC/PMID/DOI 三种形态,引文兜底扩展至
  [PMCID:]/[DOI:] 且标记未满配额继续注入,注入预算 90s/10篇(175 实测校准),
  PMC graphic 无 content-type 宽松正则,空结果不缓存(176 冷连接三连败修复)
- QA 启动自愈:start.sh 启动前等 Qdrant readyz(30min)+Neo4j TCP(10min);
  backend_guard 标签校验改子集判定
- 样本配对:同 inode 去重优先真实文件,R1/R2 归一配对一对一认领
- gitignore 新增 *.bak-*/*.before-*/bioflow_service/bioflow.db

测试:bioflow_service pytest 358/358,前端 bioflow vitest 205/205
 2026-09-24 16:48:52 +08:00
adminandClaude Fable 5 53069d4940 fix(ui): 复测缺陷 r3-07-01/r3-52-02 + b3 测试债 
- r3-07-01 「跳过」无效:补齐事件转发链 MessageList(新增
  skip-reveal emit)→ ChatPanel(@skip-reveal 监听)→ store.skipReveal();
  新增 skipReveal.test.js 三层断言(点击定格终态/组件转发/ChatPanel 监听)
- r3-52-02 终态文案残留:docgen 轮询 tick 的 done 分支把 generation 步
  desc 还原 DOCGEN_STEPS 默认文案「按大纲逐节生成正文」;docgenPoll
  done 用例改两阶段 mock(running 进度文案 → done 还原)复现原缺陷
- 测试债:b3 bench.store.test.js 删除已下线 sessionSourceItems 引用,
  按 #27 修复后语义改断言(后端去重结果原样透出)

自测:r3debug 32 项 + 全套 373 项 + private_docs 23 项全绿;
playwright 实测(mock SSE/docgen 202):跳过按钮点击后全文定格、
skip-btn/cursor 消失;docgen done 后第 4 步 desc 还原默认文案;无 JS 错误。
未 push。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 18:01:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 485e844160 feat(bioflow): P2-P5 前端编排闭环——五卡片+两面板+意图分流+探活显隐(373 用例全绿,红线零改动)+P3 docgen 增量合入(bioflow_report 模板+fig:// 渲染,预览与 PDF 导出同源) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:43:25 +08:00
jerryandClaude Fable 5 4749f77544 fix(docgen): 两批手工测试修复——上传/预览/检索 + 护栏/导出/命名/编辑还原/二次预览 
第一批：上传去限制+进度展示、模板HTML预览+按需导出、检索TAB实时更新
第二批：edit护栏移除、导出按钮纯化+file_name落库、编辑失焦还原、
       二次预览白底根治（防竞态+渲染兜底）
模板体系：7套公文模板(templates/)+templating渲染器、websearch联网

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 15:49:54 +08:00
jerryandClaude Fable 5 5888e1d5c1 test(docgen): 测试治理资产——131 条验收用例 + 三轮留痕 + E2E/回归套件 
- tests/docgen/:DC-UNIT/API/CONF/E2E/UI/REGRESSION/PERF 分组用例与可复跑脚本,报告逐条留痕(R1-R3 全记录)
- 意图 30 条前后端同表双跑(pytest + node)
- Playwright headless:docgen-ui/docgen-regression spec + b3 benchpanel 第 5 TAB 断言更新

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-03 21:13:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 f30e2a9102 feat(chat): 连续两张图片即并排,取消同比例限制 
- 实测发现同论文连续图(g001/g002)比例差异达 4.5%/62.5%,比例门禁把真实连续对全部拆散
- 布局改为纯 DOM 结构:连续相邻即配对包 figure-row,奇数最后一张落单
- 移除图片尺寸读取与 load 等待,布局时机简化为 mounted/updated
- 测试更新:任意连续两张并排、3 张=1对+1单、空 p 兼容、隐藏失败图跳过

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-01 18:27:55 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bf136304d7 feat(chat): 图片 50% 宽布局 + 连续同比例双图并排 
- 新增 figureLayout.js:sameAspect(容差2%)/pairFigures(贪心配对)/layoutTextRoot(幂等)
- AssistantMessage:图片 load 后读 naturalWidth/Height 重排,单图 half 类,双图包 figure-row
- 相邻判定兼容 HTML 解析器把 figure 提出 p 后留下的空 p
- CSS 修 :deep()(原 scoped 规则从未命中 v-html),单图 50%、row 内各 calc(50% - 7px) + 14px 间距
- 新测试 16 例,全量前端 174 例全绿

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-01 17:47:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 0875bb036c P0/M1: 四部分重构——frontend→ui、backend→sdk 改名 + 引用修复 + 骨架 
- git mv 保留历史：ui/(Vue3+Vite)、sdk/(BFF 中间层)
- 路径语义修正：db_path/figures_cache 改相对 sdk/(BFF cwd)，
  历史库 sdk/backend/data 迁移至 sdk/data/(会话/图片缓存无损)
- 引用修复 ~15 处：config.py、deploy/*.sh、vitest/playwright 配置、
  单测导入路径、docs、README、gitignore、.env.example
- 骨架：agent/{qa,methodology,legacy-rag,vendor}、knowledge/manifest.yaml、
  tooling/{compile,kb,crypto,assemble,audit,tools,scripts} + README
- 门禁验证：sdk pytest 125 通过、ui vitest 158 通过、
  生产 BFF 脚本重启四上游全绿 + 静态托管 + 会话库无损

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 12:56:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bb2b5b5f71 图文并茂长篇回复 + 多流重构 + 品牌与性能优化 
- 长文答案：上游 QA 镜像 prompt 改造（5000 字目标 + [[FIG:PMCID]] 图片标记 + max_tokens 12000 + LLM 超时 300s），docker commit 新镜像（回滚锚点 :20260828-orig）
- 图片服务：BFF figures 路由（本地 MinerU 索引 + Europe PMC 解析含许可 + 图片代理带磁盘缓存），答案 markdown 注入图注块（标记替换 + PMID 兜底 + 上限 8 张）
- 前端图文渲染：figure 图注块 + 点击放大遮罩 + lazy 加载 + 加载失败隐藏
- 多流重构：切换会话不再中断，每会话独立流上下文后台继续（修复 Pinia 代理相等陷阱）
- 证据量回调：ablation 恢复上游默认（top_k 30 / graph_min 15）支撑长文
- 品牌：海古纪 logo 图片 + 站点 icon + 标题更新
- 性能：Aurora 静态化、shimmer/sweep 改 transform、pulse 改透明度呼吸、autoGrow rAF 批处理
- 看门狗适配长文：STREAM_IDLE_TIMEOUT 240s → 1200s
- 运维：neo4j_recreate.sh 固化、sync.sh 公网地址、m5 超时 900s
- 测试：后端 125 测 / 前端 158 测全过；端到端实测 9938 字 + 17 小节 + 8 图

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-28 23:27:18 +08:00
jerryandClaude Fable 5 1e94de7464 PlantAI-rag-new 首次提交：文献知识工作台 
- BFF 薄适配层（FastAPI，8090）：QA 代理/SSE 中继/Neo4j 直连/抽取代理/会话持久化
- Vue3 前端：五相位检索流水线、文献来源与证据链、知识图谱、提取任务四 tab
- 四档响应式（桌面/笔记本/平板/手机）、深浅主题
- 81 个 FR 全部实现，测试追溯矩阵 81/81，后端 121 测/前端 156 测
- 真实凭据已脱敏，运行时配置在 backend/.env（不入 git）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-25 20:47:52 +08:00