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- 生信进度:后端新增 stage_progress 事件帧+进度解析白名单(rnaseq_qc/sample_qc), kernel 日志流式落盘(20行/1s flush+fsync),logs 分页端点(offset/limit/eof), 事件 seq 跨重启扫描续增(2026-09-17 断流修复);前端 FlowProgressCard 确定性/ 不确定两态进度条+点击定位到生信任务 TAB,BioJobsPane DAG 行展开滚动日志区 (3s 轮询),log_tail 4000 截断,重跑 stage_started 清零进度 - 图片注入:figures 三源重构(标准DOI图库主路径/遗留体系兜底/PMC兜底), [[FIG:]] 宽松归一化识别 PMC/PMID/DOI 三种形态,引文兜底扩展至 [PMCID:]/[DOI:] 且标记未满配额继续注入,注入预算 90s/10篇(175 实测校准), PMC graphic 无 content-type 宽松正则,空结果不缓存(176 冷连接三连败修复) - QA 启动自愈:start.sh 启动前等 Qdrant readyz(30min)+Neo4j TCP(10min); backend_guard 标签校验改子集判定 - 样本配对:同 inode 去重优先真实文件,R1/R2 归一配对一对一认领 - gitignore 新增 *.bak-*/*.before-*/bioflow_service/bioflow.db 测试:bioflow_service pytest 358/358,前端 bioflow vitest 205/205
agent/ —— 底层服务三件套
| 目录 | 服务 | 端口 | 入口(白名单明文) | conda |
|---|---|---|---|---|
| qa/ | QA V1.1.73 断言锚定检索 | 8091 | scripts/qa_v1_1_73_server.py | plantai-rag-new-venv |
| methodology/ | Methodology 提取 | 8092 | scripts/methodology_server.py | plantai-rag-new-venv |
| legacy-rag/ | 旧路由族(app 3 路由/main 11 族) | 8093 | api/app.py | plantai-rag-new-venv |
| vendor/ | 共享源码池(非服务) | — | — | — |
约束：仅 shell 启动(scripts/{start,stop,status,restart}.sh)；编译产物 .so 隐藏源码；compile.manifest 记录模块级白名单。vendor 为源码单份，编译时复制进各 agent 暂存目录。