adminandClaude Fable 5 dcb810a758 feat(bioflow): wgs/pop/gwas 26 阶段参数契约(与 rnaseq 同款机制) ...

- stage_image_map 加 26 个 wgs/pop/gwas 阶段 cli_contract:
  --workspace/--job-id/--prefix 公共三元组 + 上游 manifest 注入
  (prev_manifest:<stage> 解析为 workspace/final/{prefix}.{stage}.manifest.json)
  + param:<name> 用户参数 + tool:<name> 镜像内工具
- kernel _contract_args 扩展 prev_manifest/tool 两种 source
- catalog 补 wgs/pop/gwas 参数 schema(确认表单收集参考基因组/样本清单/
  表型文件/主成分等)
- 339 用例全绿;已部署 176

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>

2026-09-16 15:33:43 +08:00

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assets

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

cli

fix(extension): 产物收割排除代码副本+删 work 目录——输出契约校验语义不变

2026-09-15 11:59:42 +08:00

compile_tools

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

docker

feat(bioflow): 16 个非内核环境镜像化(plantai-env-*:20260906) + playbook 回填

2026-09-06 11:07:23 +08:00

gfa_core

chore(bioflow): 删除副本中 13 个 dev 历史备份文件(.bak/.orig)——副本全树零硬编码

2026-09-06 03:00:09 +08:00

scripts

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tests

feat(extension): docker 执行内核入口 + 176 本地自动镜像生成(并行链路)

2026-09-14 13:36:18 +08:00

build.sh

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

stage_image_map.json

feat(bioflow): wgs/pop/gwas 26 阶段参数契约(与 rnaseq 同款机制)

2026-09-16 15:33:43 +08:00