PlantAI-rag-new/docs/MANUAL_TEST_BIOFLOW.md

生信流程编排 · 手工测试方法手册

供用户逐项实测。每个功能点给出：示例 prompt/操作 → 期望输出 → 通过判据。 环境：内网 http://192.168.0.175:8090（BFF 已开 BIOFLOW_ENABLED，生信服务 8098 已部署）。

0. 前置条件

• 浏览器打开 http://192.168.0.175:8090
• 工作区应能看到「生信任务」「生信档案」两个 TAB（探活成功时出现；若看不到说明生信服务未启动）
• 服务器 docker 已有 8 个 bioflow 镜像（bioflow-gf:dev 等）
• 金标测试数据已固化在服务器：bioflow_kernel/assets/examples/test_input/（Ft 四件套：pep/cds/genome/gff3）

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1. 意图分流（FR-BIO-001）

操作	期望输出	判据
对话发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」	消息进入生信流程：回复中出现候选路径卡（FlowPathCard），不会走普通 QA 流程	路径卡出现
对话发「什么是 SPL 家族」（无生信上下文）	走普通 QA 流程	无路径卡、QA 正常回答
对话发「SPL 会议安排」	不误入生信（语境词排除）	走 QA
生信任务完成后发「用 XXX 存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」	走生信流程，路径卡带「复用存档」徽章，参数表单预填存档值	复用徽章+预填

2. 路径引导（FR-BIO-002/003）

操作	期望输出	判据
发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」	回复 2-3 条候选路径卡，每条含阶段链（如 genome_prepare→identify→phylogeny→…）；自动补全的前置阶段有明示（auto_filled 标注）	候选卡 ≥2 条、可点选
点选某条路径	卡片变选中态（1.5px 渐变描边），「确认」按钮变可用	选中样式+按钮亮起
点「确认」	生成阶段进度卡（FlowProgressCard），每阶段一行圆点+状态	进度卡出现

3. 流程咨询知识库（FR-BIO-026 / P6）

操作	期望输出	判据
生信上下文中发「identify 需要什么输入」	回答带引用块（来源文件+章节标题），可点击跳转原文	引用块出现且非空
发「怎么跑系统发育分析」	同上，引用来自阶段契约或全流程说明文档	引用 source=corpus 或 stage_contract

4. 文件引导（FR-BIO-005/006/007）

操作	期望输出	判据
任务进入需要文件的阶段（无输入文件）	对话出现文件引导卡（FlowFileCard）：「请将数据文件拖入窗口上传…」	引导卡出现
拖拽 Ft.pep.fasta 等文件到输入框	上传进度条（百分比）可见，完成后文件出现在引导卡列表	进度条+完成态
在引导卡的服务器路径输入行填 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/bioflow_kernel/assets/examples/test_input/Ft.pep.fasta 并提交	路径登记成功（返回文件大小）	登记成功提示
上传/登记完成后	任务自动续跑：自动连续模式下直接进入执行；手动模式下弹参数表单	阶段状态流转（await_files→running 或 waiting_confirm）

5. 参数确认表单（FR-BIO-008/009）

操作	期望输出	判据
阶段就绪后	对话出现参数表单卡（FlowFormCard）：「XXXX 步骤，可调整参数如下，可按需调整，调整完毕后继续」，每个参数带默认值+来源标注（契约/运行时/存档）	表单卡+来源标注
修改某参数（如 blast_evalue 改 1e-5）后点「继续」	阶段开始执行，该参数值在 manifest 中体现	进度卡该阶段转 running
打开「自动连续执行」开关	后续阶段不再弹表单，按推荐参数连续跑；随时可暂停切回手动	连续执行+可暂停

6. 阶段进度卡（FR-BIO-013/014）

操作	期望输出	判据
阶段执行中	进度卡该阶段圆点脉冲动画（running 态），实时日志尾部滚动显示	动画+日志滚动
阶段成功	圆点转 done（相位色），下一阶段开始	状态流转
注入失败（如传坏文件重跑）	失败阶段标红（✕ 底），卡片内出现「重跑/跳过/改参数重跑」三选一按钮	红标+三按钮
点「重跑」	该阶段重新执行	attempt 计数+1、状态转 running
点「跳过」	阶段标记 skipped，任务继续下一阶段	skipped 态+推进
阶段链 >10 个	进度卡自动折叠为分组视图，运行中的组默认展开	折叠分组
刷新页面（断线重连）	进度卡按任务快照整体回放（不丢状态）	快照回放+继续流转

7. 报告生成与调整（FR-BIO-015/016/019 / P3）

操作	期望输出	判据
任务完成（含报告阶段）	对话提示报告已生成；文档 TAB 出现生信报告，可预览（白底、图文并茂、图内嵌）	报告可预览
报告预览中点编辑	可像公文一样编辑文字（DocPane 复用）	编辑落盘
导出 PDF / DOCX	下载文件，PDF 与预览视觉一致（所见即所得）	导出成功+一致
对话发「xxx 图表颜色换成红色」	解析为图表调整指令，重跑对应绘图阶段，新图回填报告并刷新预览	新图回填

8. 任务存档（FR-BIO-020/021）

操作	期望输出	判据
任务完成后	对话出现存档提示卡：「本次生信任务已完成，是否存档？」含名称/描述输入与「存档」「放弃」按钮	提示卡出现
填名称+描述点「存档」	回复存档状态三要素（名称/位置/大小）	三要素回复
点「放弃」	提示卡消失，同一任务不再重复提示	不重复提示

9. 存档方法复用（FR-BIO-022/023/024）

操作	期望输出	判据
发「用 XXX 存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」	按名称匹配存档，路径卡显示复用徽章，表单预填存档参数（来源标注「存档 XXX」）	预填+来源标注
确认后执行	用存档的阶段链+参数发起新任务	新任务按存档方法跑
生信档案 TAB 中选档案点「复用发起」	消息流出现预填表单，确认后发起新任务	面板复用入口

10. 生信任务面板（FR-BIO-025 / P5）

操作	期望输出	判据
工作区切「生信任务」TAB	任务列表（标题/状态徽章/进度百分比）	列表正常
点某任务	阶段 DAG（纵向连线+节点圆点按状态取色）	DAG 渲染
点某阶段	打开 manifest + 日志尾 80 行（代码块）	manifest+日志可读
对失败阶段点「重跑」	该阶段重新执行	状态转 running
点「删除」	二次确认后删除（运行中任务禁用删除）	确认弹窗+禁用态

11. 生信档案面板（FR-BIO-022 / P5）

操作	期望输出	判据
切「生信档案」TAB	档案列表（名称/人类可读大小/时间/复用次数）	列表正常
点某档案	详情回看：阶段链/参数/产物清单/报告 iframe 预览	详情完整
点「删除」	二次确认后删除	确认弹窗
点「复用发起」	打开预填表单到消息流并切生信任务 TAB	预填+切 TAB

12. 三形态部署（FR-BIO-027/028）

形态	验证方法	期望
只部署 rag	BFF 设 BIOFLOW_ENABLED=false 重启，访问 8090	生信路由 404、前端无生信 TAB、生信分流关闭——零生信痕迹
只部署生信	直连 8098	/api/bioflow/health 200、catalog/jobs 可用；报告预览降级为下载 HTML
同机部署	当前生产形态	8090 反代全部 /api/bioflow/* 正常，浏览器同源访问

13. 后端金标验证（FR-BIO-030，服务器命令行）

cd /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new
BIOFLOW_DATA=/home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/bioflow-data \
  bash bioflow_kernel/tests/smoke_golden.sh bioflow-gf:dev

期望：4 步全绿——python 版本 3.11.14 / ldd 0 缺库 / 无 /home/xzq 无 conda / 金标 identify 24 ID diff 空（GOLDEN_DIFF_OK 24 IDs）。

14. 端到端主线（一次性走全流程）

1. 发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」
2. 点选候选路径 → 确认
3. 按文件引导上传/登记金标四件套（路径见 §0）
4. 参数表单（默认值即可）点「继续」
5. 观察进度卡逐阶段流转（identify 阶段真实 docker 执行）
6. 任务完成 → 存档（命名）
7. 生信档案 TAB 回看
8. 发「用（存档名）存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」→ 复用发起

期望：全程 7 项引导（路径/文件/参数/报告/存档/复用/过程展示）逐项走全，进度卡实时流转。

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手册由 TL 于 2026-09-06 生成，随 P7 终验结论更新。