PlantAI-dev/docs/validation/2026-07-21-string-ppi-task0-baseline.md

# STRING PPI 生产接线纠偏：Task 0 基线与 RED 证据

范围：只采集基线并增加失败测试。未修改生产代码，未重启 Web/worker，未提交真实分析任务。

## Gate 0 结论

Gate 0 通过：三个根因均可稳定、独立重现，可以进入后续实现任务。这里的“通过”只表示失败基线成立，不表示功能已修复。

| Gate 0 项 | 判断 | 证据 |
|---|---:|---|
| 9010 指向计划目标目录 | 通过 | Web/worker `/proc/<pid>/cwd`、环境变量和模块 `__file__` 一致 |
| Redis/队列隔离 | 通过 | Redis DB 11，队列前缀 `plantai_4090_9010` |
| 真实 Sv 问题定位 | 通过 | job、conversation、scope 和 03:21 消息链已锁定 |
| Sv/科学名未接 resolver | 通过 | RED 1 因缺 `species_resolution` 失败 |
| registry-only 执行被旧 map 拒绝 | 通过 | RED 2 对 TaxID 3708 抛出 `ValueError` |
| 无参考仍要求 Ortholog | 通过 | RED 3 得到 `required_next_stage=ortholog` |

## 9010 运行身份

- 主机：`planai5090` / `xzq-Rack-Server`
- 目标根目录：`/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev`
- systemd：没有发现匹配 `plantai/9010/celery` 的 unit；9010 由 shell 父进程 PID `2391849` 启动。
- Web：PID `2391890`，命令为 `python -m uvicorn apps.web.vue3.main:app --host 0.0.0.0 --port 9010`。
- worker 主进程：`2391860/2391866/2391873/2391880/2391891`，对应 default/heavy/medium/light/rnaseq。
- 所有上述进程 cwd 均为目标根目录。
- Web/worker 环境均包含：
  - `BBAV5_PROJECT_ROOT=/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev`
  - `PLANTAI_PROJECT_ROOT=/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev`
  - `BBAV5_QUEUE_PREFIX=plantai_4090_9010`
  - `BBAV5_REDIS_URL=redis://localhost:6379/11`
- `celery_app.app.conf.broker_url` 和 `result_backend` 均为 DB 11。
- 进程同上下文 import probe 确认 `main.py`、`pipeline_backend.py`、`ppi_string_policy.py`、`skills/ppi/run.py`、`celery_app.py` 全部来自目标根目录。

`/api/celery/overview` 同时看到了一个不属于 9010 的 GWAS worker；本任务只把五个 `plantai_4090_9010_*` worker 计入 9010 基线。

## 真实 03:21 请求

- conversation：`memory_storage/conversations/202607/conv_20260720_210554_default.json`
- job：`job_1784552755238_b8762f`
- 用户消息：`2026-07-21 03:21:36.987480`，`执行ppi分析`
- target scope：`workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json`
- scope identity：`HKL.target-Sv.target_only`，target=`Sv`，reference=[]。
- job config 的真实身份行：`Species_Code=Sv`、`Species_Name=Setaria_viridis`、`Species_Role=target`。

消息链：

1. `03:21:40.525445`：前端宣称“前置数据检查通过”，自动插入 Ortholog。
2. `03:21:50.359623`：提交 Ortholog。
3. `03:21:56.230245`：随后又报告参考物种未选择、缺 PEP、无近源推荐。
4. `03:21:58.536206`：Ortholog/PPI 均暂停，`ppi_reference_data_missing`。

真实 9010 API 只读重放：

```json
{
  "status": "needs_reference_data",
  "issue_code": "ppi_reference_data_missing",
  "target_species": ["Sv"],
  "target_string_supported": false,
  "selected_taxon_id": "",
  "reference_species": "",
  "required_next_stage": "ortholog",
  "decision": "needs_reference_species",
  "reference_recommendations": []
}
```

生产 `data/string/v12.0` 当前不存在。

## registry-only TaxID 到执行层的断点

具体链路与断点：

1. `gfa_core/string_species_registry.py:320-382` 的 resolver 已能返回数字 `selected_string_taxon_id`；fixture 中 `Brassica napus → 3708`。
2. `apps/web/pipeline_backend.py:1764-1765` 生产预检仍调用旧 `species_to_string_code()` 和 Ft 静态推荐，没有调用新 resolver。
3. `apps/web/pipeline_backend.py:2024-2042` 响应没有 `species_resolution` 或 target tree/selection mode。
4. `apps/web/pipeline_backend.py:8839-8843` 真正 PPI 执行先用旧 `species_to_string_code()` 校验显式值，数字 `3708` 会被拒绝。
5. `apps/web/pipeline_backend.py:9070,9080` ID map 路径和 CLI `--species` 均继续传旧 code 槽位。
6. `skills/ppi/run.py:102-107` 的 `StringAPI.resolve_species_id()` 调用 `string_taxon_id()`。
7. `gfa_core/ppi_string_policy.py:126-128` 又将输入通过旧 code map 查询，非旧表 TaxID 返回空。
8. `skills/ppi/run.py:618,649-652` 因此在真正 STRING mapping/network 请求前已经失败。

硬验收点：fixture registry member `3708` 必须按同一个数字依次通过 preflight → execute/task params → backend `run_stage` → CLI `--species` → `StringAPI.species_id` → STRING request species → Manifest。任一层回到旧三字母 map，Gate 4 失败。

## RED 测试与失败输出

新增文件：`tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py`。

运行环境：9010 目标主机，目标目录，`/home/xzq/miniconda3/envs/test4py311/bin/python -m pytest`。

### RED 1：Sv/Setaria 未接 snapshot resolver

```text
tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_setaria_scientific_name_reaches_snapshot_resolver
E   KeyError: 'species_resolution'
1 failed
```

失败原因正确：backend 预检响应仍无 snapshot resolver 决策对象。

### RED 2：registry-only TaxID 被执行层旧 map 拒绝

```text
tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_registry_only_numeric_taxon_reaches_string_execution
skills/ppi/run.py:106
E   ValueError: Unsupported or empty STRING species: '3708'
1 failed
```

失败原因正确：resolver fixture 已证明 3708 是 registry member，但 `StringAPI` 仍要求旧 code 映射。

### RED 3：无确认参考仍请求 Ortholog

```text
tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_preflight_without_confirmed_reference_never_requests_ortholog
E   AssertionError: assert 'ortholog' == ''
1 failed
```

失败原因正确：`reference_species` 和 mapping 均为空，API 却返回 `required_next_stage=ortholog`。

## Sources / confidence / gaps

高置信 sources：`/proc` 进程信息、9010 live API、conversation JSON、job scope、config.xlsx、实际 pytest failure、关键源码和 SHA256。

剩余 gaps：

- Web access log 不记录请求 JSON，真实 preflight payload是依据 conversation/job/scope重放；原始 UI 请求体无法从现有日志逐字恢复。
- 计划要求的完整 STRING snapshot 尚未部署，因此当前不能判定完整 v12 数据中 Setaria viridis 最终是 `exact_string` 还是 `tree_nearest`；RED 测试刻意允许两者，但不允许 unresolved。
- 本地共享目录不是完整 Git repository（`.git` 仅含 `info/`），因此无法给出可靠 commit/dirty-state；已改用目标主机绝对路径与 SHA256 冻结基线。
- 本轮未做生产修改、服务重启或真实 PPI 提交，符合 Task 0 边界。