STRING PPI 生产接线纠偏：Task 0 基线与 RED 证据

范围：只采集基线并增加失败测试。未修改生产代码，未重启 Web/worker，未提交真实分析任务。

Gate 0 结论

Gate 0 通过：三个根因均可稳定、独立重现，可以进入后续实现任务。这里的“通过”只表示失败基线成立，不表示功能已修复。

Gate 0 项	判断	证据
9010 指向计划目标目录	通过	Web/worker `/proc/<pid>/cwd`、环境变量和模块 `__file__` 一致
Redis/队列隔离	通过	Redis DB 11，队列前缀 `plantai_4090_9010`
真实 Sv 问题定位	通过	job、conversation、scope 和 03:21 消息链已锁定
Sv/科学名未接 resolver	通过	RED 1 因缺 `species_resolution` 失败
registry-only 执行被旧 map 拒绝	通过	RED 2 对 TaxID 3708 抛出 `ValueError`
无参考仍要求 Ortholog	通过	RED 3 得到 `required_next_stage=ortholog`

9010 运行身份

主机：planai5090 / xzq-Rack-Server
目标根目录：/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev
systemd：没有发现匹配 plantai/9010/celery 的 unit；9010 由 shell 父进程 PID 2391849 启动。
Web：PID 2391890，命令为 python -m uvicorn apps.web.vue3.main:app --host 0.0.0.0 --port 9010。
worker 主进程：2391860/2391866/2391873/2391880/2391891，对应 default/heavy/medium/light/rnaseq。
所有上述进程 cwd 均为目标根目录。
Web/worker 环境均包含：
- BBAV5_PROJECT_ROOT=/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev
- PLANTAI_PROJECT_ROOT=/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev
- BBAV5_QUEUE_PREFIX=plantai_4090_9010
- BBAV5_REDIS_URL=redis://localhost:6379/11
celery_app.app.conf.broker_url 和 result_backend 均为 DB 11。
进程同上下文 import probe 确认 main.py、pipeline_backend.py、ppi_string_policy.py、skills/ppi/run.py、celery_app.py 全部来自目标根目录。

/api/celery/overview 同时看到了一个不属于 9010 的 GWAS worker；本任务只把五个 plantai_4090_9010_* worker 计入 9010 基线。

真实 03:21 请求

conversation：memory_storage/conversations/202607/conv_20260720_210554_default.json
job：job_1784552755238_b8762f
用户消息：2026-07-21 03:21:36.987480，执行ppi分析
target scope：workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json
scope identity：HKL.target-Sv.target_only，target=Sv，reference=[]。
job config 的真实身份行：Species_Code=Sv、Species_Name=Setaria_viridis、Species_Role=target。

消息链：

03:21:40.525445：前端宣称“前置数据检查通过”，自动插入 Ortholog。
03:21:50.359623：提交 Ortholog。
03:21:56.230245：随后又报告参考物种未选择、缺 PEP、无近源推荐。
03:21:58.536206：Ortholog/PPI 均暂停，ppi_reference_data_missing。

真实 9010 API 只读重放：

{
  "status": "needs_reference_data",
  "issue_code": "ppi_reference_data_missing",
  "target_species": ["Sv"],
  "target_string_supported": false,
  "selected_taxon_id": "",
  "reference_species": "",
  "required_next_stage": "ortholog",
  "decision": "needs_reference_species",
  "reference_recommendations": []
}

生产 data/string/v12.0 当前不存在。

registry-only TaxID 到执行层的断点

具体链路与断点：

gfa_core/string_species_registry.py:320-382 的 resolver 已能返回数字 selected_string_taxon_id；fixture 中 Brassica napus → 3708。
apps/web/pipeline_backend.py:1764-1765 生产预检仍调用旧 species_to_string_code() 和 Ft 静态推荐，没有调用新 resolver。
apps/web/pipeline_backend.py:2024-2042 响应没有 species_resolution 或 target tree/selection mode。
apps/web/pipeline_backend.py:8839-8843 真正 PPI 执行先用旧 species_to_string_code() 校验显式值，数字 3708 会被拒绝。
apps/web/pipeline_backend.py:9070,9080 ID map 路径和 CLI --species 均继续传旧 code 槽位。
skills/ppi/run.py:102-107 的 StringAPI.resolve_species_id() 调用 string_taxon_id()。
gfa_core/ppi_string_policy.py:126-128 又将输入通过旧 code map 查询，非旧表 TaxID 返回空。
skills/ppi/run.py:618,649-652 因此在真正 STRING mapping/network 请求前已经失败。

硬验收点：fixture registry member 3708 必须按同一个数字依次通过 preflight → execute/task params → backend run_stage → CLI --species → StringAPI.species_id → STRING request species → Manifest。任一层回到旧三字母 map，Gate 4 失败。

RED 测试与失败输出

新增文件：tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py。

运行环境：9010 目标主机，目标目录，/home/xzq/miniconda3/envs/test4py311/bin/python -m pytest。

RED 1：Sv/Setaria 未接 snapshot resolver

tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_setaria_scientific_name_reaches_snapshot_resolver
E   KeyError: 'species_resolution'
1 failed

失败原因正确：backend 预检响应仍无 snapshot resolver 决策对象。

RED 2：registry-only TaxID 被执行层旧 map 拒绝

tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_registry_only_numeric_taxon_reaches_string_execution
skills/ppi/run.py:106
E   ValueError: Unsupported or empty STRING species: '3708'
1 failed

失败原因正确：resolver fixture 已证明 3708 是 registry member，但 StringAPI 仍要求旧 code 映射。

RED 3：无确认参考仍请求 Ortholog

tests/unit/test_string_ppi_production_wiring_red.py::test_preflight_without_confirmed_reference_never_requests_ortholog
E   AssertionError: assert 'ortholog' == ''
1 failed

失败原因正确：reference_species 和 mapping 均为空，API 却返回 required_next_stage=ortholog。

Sources / confidence / gaps

高置信 sources：/proc 进程信息、9010 live API、conversation JSON、job scope、config.xlsx、实际 pytest failure、关键源码和 SHA256。

剩余 gaps：

Web access log 不记录请求 JSON，真实 preflight payload是依据 conversation/job/scope重放；原始 UI 请求体无法从现有日志逐字恢复。
计划要求的完整 STRING snapshot 尚未部署，因此当前不能判定完整 v12 数据中 Setaria viridis 最终是 exact_string 还是 tree_nearest；RED 测试刻意允许两者，但不允许 unresolved。
本地共享目录不是完整 Git repository（.git 仅含 info/），因此无法给出可靠 commit/dirty-state；已改用目标主机绝对路径与 SHA256 冻结基线。
本轮未做生产修改、服务重启或真实 PPI 提交，符合 Task 0 边界。

6.7 KiB Raw Permalink Blame History Unescape Escape