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70 Commits 6 Branches 1 Tag
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19 Commits
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potaserandClaude Fable 5 cb3732dc71 轻量拓展分析支持上游样本继承：同job内成功运行产物自动预填下游输入槽 
- 新增 upstream.py：枚举 workspace/<job>/extension_runs/*/runtime_*/outputs 的成功产物，
  按 basename 精确匹配优先、role 关键词辅助（多命中取最新 run）收敛为每槽一个候选
- 新增 GET /api/lightweight-extension-stages/{id}/upstream-candidates?job_id= 端点，
  返回 workspace 相对形式的候选与来源信息；仅对契约 patch_targets 可补丁槽位启用改名匹配，
  不可补丁槽位留空由用户手填，避免 PATCH_TARGET_UNAVAILABLE
- 前端运行向导：LLM slots 之后对空槽填充上游候选并显示绿色来源标记（可修改），
  用户手动上传/导入时清除来源标记
- runtime_binding 支持目录输入：_resolve_inputs/_job_path 放宽目录，
  物化走 copy_tree 整树拷贝 + _sha256_tree 目录摘要校验，isolate 跳过独立副本
- nl_intent prompt 规则 4 追加 extension_runs 上游产物引用指引
- 新增 20+ 单测覆盖上游发现/端点/目录输入/前端契约

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-01 20:26:00 +08:00
potaser 81b0a7045d 修复：对话触发轻量拓展分析三缺陷（帮助意图误判、Phase A 弱命中抢占、LLM 空响应重试） 2026-08-27 11:22:08 +08:00
potaser 5f406180dc 修复：NL 向导拖拽上传按文件名精确匹配输入槽，避免序列文件误填 samples.tsv 槽 2026-08-27 10:03:32 +08:00
potaser a60f457541 轻量拓展分析自然语言触发：nl_intent 模块、后端意图回退与短路、两步向导与服务器路径导入 
- 新增 gfa_core/extension_stage_lightweight/nl_intent.py：粗筛+DeepSeek 解析+sanitize，client_factory 可注入
- main.py：_match_lightweight_extension_intent 与三个空返回点回退、/api/agent/plan 守卫、_run_agent_chat 预闸短路、POST /api/nl-import-paths
- index.html：lightweightNlRun 两步向导（拖拽上传+服务器路径导入）、executeLightweightNlRun、poll 回话
- 一并提交工作区既有改动：api.py store 默认路径 .runtime/lightweight-extension/store、index.html stop 404 容错
 2026-08-26 23:46:42 +08:00
wtx 311a49110f fix: sync PPI scheduling and harden preflight 2026-08-22 05:09:52 +08:00
potaserandClaude Opus 5 23f265f2b1 feat(lightweight-extension): 拖拽/选取上传进度上报 
挂载 lightweightUploadProgress 到 handleDrop/handlePick，
读取本地文件时初始化进度并显示状态，失败时关闭进度。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
 2026-08-21 10:14:33 +08:00
potaser da8001ab2a Merge branch 'master' of http://192.168.0.175:3000/admin/PlantAI-dev 2026-08-19 20:23:24 +08:00
potaserandClaude Opus 5 a2e8cbae86 fix(lightweight-extension): 环境激活、前缀重命名、数据复制与上传进度 
- service.py: _make_env 用 conda run 激活环境（执行 activate.d，补 PYTHONPATH）
- index_ml.html: 环境下拉框动态加载 + 补传 runtime_env
- runtime_binding.py: 前缀误判修复、放宽 ambiguous、can_rename 判断、子目录数据复制补 mkdir
- api.py: 缺输出目录时友好提示
- main.py + lightWeightExtensionTest.js: run.sh 环境声明 # lightweight-env
- index.html/index_ml.html: 拖拽上传进度条

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
 2026-08-19 20:17:43 +08:00
potaser 8b61269d3f Merge remote-tracking branch 'origin/master' into fix/ppi-kaks-enable 
# Conflicts:
#	tests/unit/test_router_analysis_handoff_boundary.py
 2026-08-10 23:24:47 +08:00
potaser 7b7e334213 fix: complete PPI and KaKs reference handoff 2026-08-10 23:13:05 +08:00
potaser cd3e9a5f22 多语言+拓展包拖拽上传 2026-08-09 06:17:22 +08:00
potaser e9f006351d 多语言+拓展包拖拽上传 2026-08-09 06:04:53 +08:00
potaser 8f7e992b84 多语言首页与首页引用页 2026-08-09 06:03:39 +08:00
wtx cb122fd088 feat: add gene family result reports 2026-08-09 04:32:28 +08:00
sj 941673519f Merge branch 'master' of http://192.168.31.232:3000/admin/PlantAI-dev 2026-08-06 20:29:03 +08:00
sj 2623d3114c feat: update header and hide extension 2026-08-06 20:12:18 +08:00
potaser 4750bcc76f 增加了启动时可以指定web端口的功能；将主页运行结果按钮挪到了拓展分析title的后方 2026-08-06 19:34:11 +08:00
potaserandClaude Opus 5 e641c8b9ab feat: 轻量拓展分析 + WGS2GWAS 阶段支持 + 结果区域重构 + 物种角色解析增强 + 会话 Job 隔离 
【轻量拓展分析】
- 新增 gfa_core/extension_stage_lightweight/ 核心模块，支持用户上传代码/数据/原始命令
- 前端卡片式交互流程：候选核对 → 验证 → 结果审查 → 授权发布 → 运行
- Celery 不受限任务 + 轮询机制 + sessionStorage 操作恢复
- 启动脚本新增 BBAV5_LIGHTWEIGHT_* 环境变量

【WGS2GWAS 支持】
- 新增 13 个 WGS 阶段定义（QC → MAF/Missing Filter）
- email_haplotype_region.py 新增 LTR-RT 分析功能

【结果区域重构】
- 单层折叠 → 三组双层折叠：RNA-seq / 基因家族 / WGS2GWAS
- 结果按执行时间排序，保留最新尝试

【物种角色解析增强】
- 新增 _resolve_subfamily_request_species_roles()
- 支持 reference 角色的识别
- 直接 stage 请求保留 intent 中的物种角色

【会话 Job 隔离】
- rebind_job() 跨 job 时创建新会话，返回新 conversation_id

【前端交互增强】
- RAG 文献问答模式
- NL 触发 config/samples 自动填写、亚家族确认表、基因家族成员确认表
- 执行状态从后端 resource_tasks 恢复

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
 2026-08-05 09:40:45 +08:00
potaser f745ee9d7e Initial commit: PlantAI-dev 2026-08-03 18:42:47 +08:00