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# bbav5 修订记录 - 2026-04-14
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## 今日修订概览
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### 1. 修复 completed_stages 追踪问题
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**问题**: 系统重复执行已完成的阶段（identify/phylogeny），不识别已完成的 pep 分析
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**修复文件**: `gfa_core/mas/core/langgraph_orchestrator.py`
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- 添加 `import json` 修复 manifest 解析
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- 在 `_router_node` 中设置 `state["next_node"]` 确保正确路由
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- 修改 `_route_decision` 优先使用 `next_node`
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- 添加 `_query_completed_stages_from_manifest()` 方法从 manifest 文件查询已完成阶段
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### 2. 统一 MAS 与 Pipeline 执行层
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**问题**: MAS 的 Stage Registry 缺少 pep 阶段，导致多智能体无法执行 pep 分析
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**修复文件**: `gfa_core/mas/tools/stage_tools.py`
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- 重写 `StageToolExecutor.execute()` 调用 `pipeline_backend.run_stage()`
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- 添加 `pep` stage 到 Stage Registry
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- 处理异步执行（`asyncio.to_thread`）
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- 添加工作目录切换（`os.chdir(self.project_root)`）
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### 3. 修复 LangGraph 工作流循环问题
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**问题**: Validator 反复验证导致无限循环
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**修复文件**: `gfa_core/mas/agents/execution.py`
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- 当 `stages_to_run` 为空时直接返回成功，跳过执行
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**修复文件**: `gfa_core/mas/core/langgraph_orchestrator.py`
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- `_validator_node`: 当 `execution_result` 为空列表时跳过验证
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- `_to_agent_state`: 处理 `execution_result` 列表类型
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### 4. 修复前端 API 响应
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**修复文件**: `apps/web/vue3/main.py`
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- 处理 `final_output.get("execution")` 返回列表的情况
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- `/api/execute` 端点检查 manifest，返回 `already_completed: true`
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### 5. 完善 Validator 支持
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**修复文件**: `gfa_core/mas/agents/validator.py`
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- 在 `EXPECTED_OUTPUTS` 中添加 `pep` 阶段预期输出文件
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### 6. 修复 PlanningAgentV2 和 IntentAgentV2
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**修复文件**: `gfa_core/mas/agents/planning_v2.py`
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- 添加 `_check_stage_status_from_manifest()` 方法
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- 修改 `_generate_plan_with_llm` 基于 manifest 状态过滤阶段
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- 接收 `job_id` 和 `workspace` 参数
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**修复文件**: `gfa_core/mas/agents/intent_v2.py`
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- 添加 pep 强制规则匹配
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- 修改 LLM 提示词，不过滤 completed stages
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- 传递 `job_id` 和 `workspace` 到 intent 结果
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## 验证结果
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```bash
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# 测试命令
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curl -s http://localhost:7868/api/agent/chat \
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-X POST \
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-H "Content-Type: application/json" \
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-d '{"message":"帮我执行pep分析","session_id":"test_pep","job_id":"job_1776101584377"}'
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# 返回结果
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{"success": true, ...}
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```
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**PEP 分析成功执行，生成文件**:
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- `Ft.SPL.pep.manifest.json`
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- `Ft.SPL.pep_properties.tsv`
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- `Ft.SPL.pep_report.md`
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- `Ft.SPL.pep_properties.pdf`
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- `Ft.SPL.pep_properties.png`
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## 关键架构改进
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### 执行路径统一
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旧路径: MAS → StageToolExecutor → 直接运行脚本 ❌ 缺少 pep 支持
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新路径: MAS → StageToolExecutor → pipeline_backend.run_stage() ✅ 统一调用
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```
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### 状态管理优化
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- `completed_stages` 从 manifest 文件实时查询
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- 空阶段列表时跳过执行和验证
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- 正确处理列表/字典类型转换
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## 多智能体架构设计与功能增强（讨论记录）
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### 当前架构问题分析
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**12个 Agent 架构存在的问题：**
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1. **Validator vs SelfCritique** - 功能高度冗余，都在检查执行结果
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2. **Knowledge Agent 功能浪费** - 只用于 FAQ，未充分利用 RAG 能力
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3. **缺少 Pre-flight 验证** - 执行前不验证输入文件和依赖
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4. **缺少迭代机制** - 单次执行，失败时直接报错
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### 优化后的 9个 Agent 架构
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```
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Router → IntentV2 → PlanningV2 → PreFlight → Execution → QualityValidator
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│
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┌─────────────────────┼─────────────────────┐
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▼ ▼ ▼
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ResultParser Diagnosis(+迭代) Discovery
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│ │ │
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└─────────────────────┴─────────────────────┘
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│
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▼
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Learning → Knowledge
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```
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**合并优化：**
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- **Validator + SelfCritique** → **QualityValidator**（质量验证器）
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- 删除冗余 Agent，保留核心功能
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### Knowledge Agent 完整功能定位（4个）
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| 功能 | 描述 | 当前状态 | 计划 |
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|------|------|----------|------|
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| **1. 知识检索与事实回答** | RAG 问答 | ✅ 已实现 | 保持 |
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| **2. 文献存在性判断** | 判断是否有相关文献 | ⚠️ 部分实现 | 增强 |
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| **3. 分析方案生成** | 生成完整分析方案（数据来源、比对物种等） | ❌ 未实现 | **新增** |
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| **4. 报告增强** | 为 Discovery 提供生物学背景支撑 | ❌ 未实现 | **新增** |
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### 新增 Agent 设计
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#### 1. PreFlight Agent（执行前验证）
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**职责：**
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- 输入文件存在性检查
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- 依赖阶段状态检查（manifest）
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- 资源可用性检查（CPU/内存/磁盘）
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- 参数合法性检查
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**输出：**
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```python
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{
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"valid": True/False,
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"issues": ["输入文件不存在: xxx.fa"],
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"suggested_fix": "请先运行 identify 阶段",
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"stage_status": {...}
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}
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```
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#### 2. QualityValidator Agent（质量验证器）
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**合并：** Validator + SelfCritique
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**职责：**
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- 原 Validator：检查输出文件存在性、manifest 完整性
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- 新增 SelfCritique：检查结果合理性、质量评分
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**输出：**
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```python
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{
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"passed": True/False,
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"score": 85,
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"completeness": {...}, # 原 Validator
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"quality": {...}, # 原 SelfCritique
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"issues": [...]
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}
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```
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#### 3. 增强 Diagnosis Agent
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**新增功能：**
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- 分析失败根因（输入/代码/资源）
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- 建议具体修复方案
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- 记录修复历史，避免重复错误
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- 支持迭代重试（max_iterations）
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### 迭代执行机制
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```python
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max_iterations = 3 # 最大迭代次数
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current_iteration = 0
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while current_iteration < max_iterations:
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result = await execute()
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# QualityValidator 检查
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quality = await quality_validate(result)
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if quality["passed"]:
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break # 成功，退出
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# Diagnosis 诊断
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diagnosis = await diagnose(quality["issues"])
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if not diagnosis["fixable"]:
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break # 不可修复，退出
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# 修复并重试
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await apply_fix(diagnosis["fix"])
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current_iteration += 1
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```
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### State 扩展字段
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```python
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{
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# 新增字段
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"pre_flight_result": {...}, # PreFlight 输出
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"quality_validation_result": {...}, # QualityValidator 输出
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"iteration_count": 0, # 当前迭代次数
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"max_iterations": 3, # 最大迭代次数
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"fix_history": [...], # 修复历史
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}
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```
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### 架构债务（紧急）
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| 步骤 | 任务 | 文件 | 优先级 | 说明 |
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|------|------|------|--------|------|
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| 0 | **复用 `_parse_intent_from_query`** | `intent_v2.py` / 公共模块 | **P0** | 替代当前重复实现的强制规则 |
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**问题：**
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- `intent_v2.py` 重新实现了 pep/karyotype/synteny 等强制规则
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- `orchestrator.py` 已有成熟的 `_parse_intent_from_query`
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- 重复代码，维护困难
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**方案：**
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```python
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# 推荐：提取到公共模块
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from gfa_core.mas.utils.intent_parser import parse_intent_from_query
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# IntentAgentV2 使用：
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base_intent = parse_intent_from_query(query) # 硬编码规则
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refined_intent = await llm_refine(base_intent) # LLM 细化
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```
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### 实施计划
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| 步骤 | 任务 | 文件 | 优先级 |
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|------|------|------|--------|
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| 1 | **复用 `_parse_intent_from_query`** | 公共模块 / `intent_v2.py` | **P0** |
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| 2 | 创建 PreFlight Agent | `agents/preflight.py` | P1 |
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| 3 | 创建 QualityValidator | `agents/quality_validator.py` | P1 |
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| 4 | 增强 Diagnosis Agent | `agents/diagnosis.py` | P1 |
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| 5 | 修改 LangGraph 工作流 | `langgraph_orchestrator.py` | P1 |
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| 6 | 增强 Knowledge Agent（功能3、4） | `agents/knowledge.py` | P2 |
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| 7 | 添加迭代状态管理 | `core/state.py` | P2 |
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| 8 | 测试验证 | - | P1 |
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## 待办事项
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### 明日计划
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1. [ ] 测试其他分析阶段（structure/promoter/synteny）
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2. [ ] 验证多阶段串联执行（identify → phylogeny → motif）
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3. [ ] 检查前端状态显示是否与后端一致
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### 中期计划（功能增强）
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1. [ ] 创建 PreFlight Agent
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2. [ ] 创建 QualityValidator（合并 Validator + SelfCritique）
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3. [ ] 增强 Diagnosis Agent（添加迭代支持）
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4. [ ] 增强 Knowledge Agent（功能3：分析方案生成）
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5. [ ] 增强 Knowledge Agent（功能4：报告增强）
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### 总体计划
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1. **Phase 1**: 修复核心执行流程 ✅（今日完成）
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2. **Phase 2**: 完善所有分析阶段支持 ⏳
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3. **Phase 3**: 优化前端状态同步 ⏳
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4. **Phase 4**: Agent 架构增强（PreFlight/QualityValidator/迭代机制）⏳
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5. **Phase 5**: Knowledge Agent 功能完善（方案生成/报告增强）⏳
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6. **Phase 6**: 集成测试和性能优化 ⏳
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## 今日任务完成度
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| 任务 | 状态 | 备注 |
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| 修复 completed_stages 追踪 | ✅ | 核心问题已解决 |
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| 统一 MAS 与 Pipeline 执行 | ✅ | 现在支持 pep 分析 |
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| 修复 LangGraph 循环问题 | ✅ | 无无限循环 |
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| 修复前端 API 响应 | ✅ | Success: true |
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| 真实数据测试 | ✅ | PEP 分析成功执行 |
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**完成度: 5/5 (100%)**
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记录时间: 2026-04-14 19:50
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记录者: xialab的幸运星
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