PlantAI-dev/docs/REVISION_PROGRESS_2025-03-31.md

BBAV20311 完整版多Agent系统修订进度

修订时间: 2025-03-31 15:00-16:00 GMT+8
修订人: xialab的幸运星 🧬🤖
目标: 完整版多Agent系统（1个月计划）

---

修订记录

Step 3: ExecutionAgent与CLI集成 ✅ 进行中

已完成任务

时间	任务	文件	状态
15:10	创建StageToolRegistry	gfa_core/mas/tools/stage_tools.py	✅ 完成
15:25	注册18个分析阶段	stage_tools.py	✅ 完成
15:35	创建ExecutionAgentV2	gfa_core/mas/agents/execution_v2.py	✅ 完成
15:45	修改Orchestrator集成StageToolRegistry	gfa_core/mas/core/orchestrator.py	✅ 完成
15:55	修改_analysis_node支持实际执行	orchestrator.py	✅ 完成

关键修改

1. StageToolRegistry (新文件)

   • 封装18个分析阶段为可调用的Tool
   • 支持参数传递和manifest解析
   • 自动处理conda环境切换

2. ExecutionAgentV2 (新文件)

   • 使用StageToolRegistry执行分析
   • 支持多阶段串行执行
   • 错误处理和状态反馈

3. Orchestrator修改

   • 集成StageToolRegistry
   • _analysis_node现在可以实际执行identify阶段
   • 返回执行结果而非仅分析计划

测试验证

✅ StageToolRegistry创建成功，包含18个阶段
✅ Orchestrator导入成功
✅ Stage registry集成完成

---

下一步计划

Step 4: 添加Agent执行状态反馈 ✅ 完成

实际时间: 30分钟
涉及文件:

• apps/web/vue3/main.py - 添加执行状态API ✅

已完成任务:

1. ✅ 创建 /api/agent/execute 接口用于实际执行
2. ✅ 添加 /api/agent/status/{task_id} 查询执行状态
3. ✅ 添加 /api/agent/tasks 列出所有Agent任务
4. ✅ 添加 /api/agent/cancel/{task_id} 取消任务

新增API端点:

端点	方法	功能
/api/agent/execute	POST	提交Agent分析任务
/api/agent/status/{task_id}	GET	查询任务执行状态
/api/agent/tasks	GET	列出所有Agent任务
/api/agent/cancel/{task_id}	POST	取消Agent任务

待完成:

• 前端实时显示当前执行的阶段和进度（需要修改index.html）
• WebSocket或轮询获取执行日志

Step 5: PlanningAgent任务分解 ✅ 完成

实际时间: 45分钟
涉及文件:

• gfa_core/mas/agents/planning_v2.py ✅ (新文件)

已完成任务:

1. ✅ 实现任务分解逻辑 - 12种标准流程
2. ✅ 根据用户意图生成执行计划 - 支持关键词识别
3. ✅ 支持动态调整执行顺序 - 依赖关系管理

PlanningAgentV2功能:

• 12种标准分析流程（basic, phylogeny, structure, complete, rnaseq等）
• 智能意图识别（基因家族、物种、分析类型）
• 阶段依赖关系管理
• 执行时间估算
• 输入/输出文件预测
• 默认参数配置

测试验证:

✅ PlanningAgentV2 import successful
✅ Standard flows: 12种流程
✅ Complete flow has 8 stages

---

Step 6: Agent间消息传递 ✅ 完成

实际时间: 30分钟
涉及文件:

• gfa_core/mas/core/message_bus.py ✅ (新文件)
• gfa_core/mas/core/orchestrator.py - 集成消息总线

已完成任务:

1. ✅ 实现Agent间消息传递机制 - MessageBus类
2. ✅ Agent可以协作通信 - 点对点、广播、请求-响应模式
3. ✅ 支持消息历史记录 - 自动保存最近1000条消息

MessageBus功能:

• 点对点消息传递
• 广播消息
• 请求-响应模式（带超时）
• 消息订阅/发布
• 消息历史记录查询
• 异步消息处理

测试验证:

✅ Message bus test passed
✅ Received: [{'test': 'hello'}]

集成状态:

• Orchestrator已集成MessageBus
• AnalysisAgent执行成功后会发送通知消息

---

当前阻塞点

无阻塞点，可以继续下一步。

---

技术债务

1. ExecutionAgentV2尚未完全替换原有的ExecutionAgent
2. 需要添加更多错误处理和重试机制
3. 前端尚未适配新的执行流程

---

记录时间: 2025-03-31 16:00 GMT+8
状态: Step 3基本完成，准备进入Step 4