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potaser f745ee9d7e Initial commit: PlantAI-dev

2026-08-03 18:42:47 +08:00

33 KiB

Raw Permalink Blame History

STRING PPI Task 7：真实 9010 E2E

日期：2026-07-21
目标：job_1784552755238_b8762f / Sv.HKL
结果：PASSED — 真实 Ortholog → PPI 主链与最终 9 项矩阵通过

结论

最终 attempt 5 已通过真实 9010 API 完成 preflight → PPI-owned Ortholog → ready_reference_mapping → PPI。PPI 使用 STRING TaxID 4555 查询、本地 normalization label string_taxon_4555，解析 6/6 个基因并获得 15 条互作；scoped Manifest 为 success，stage status 为 completed，6 个 artifacts 均存在且哈希匹配。

下文保留 attempt 1–4 的失败过程与原始证据；这些失败促成了 scope identity、owner TaxID 和 normalization label 的最小修订，不代表最终状态。最终 9 项只读矩阵也已通过，证明 Os direct、Sv/Ft/第二 unsupported 植物、未知身份、At fallback 以及 PPI/KaKs 数据依赖隔离均符合计划。

基线

Scope：workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json
Scope SHA256：31d8f69ef697c9c802cc929cd2383aca8e700a6c7fc52a57db408156384ed711
Target config：Sv / Setaria_viridis；显式树 TaxID 4556
提交前没有 Ortholog/PPI 文件，五条 plantai_4090_9010.* 队列均为 0。
9010 PIDs：Web 2523340；workers 2523309, 2523315, 2523323, 2523330, 2523341。
STRING snapshot：v12.0，ID ede47d546d853d0ec30ee75066976a35c08fd2412e6e5fc7866bbd205fc2eeb3，source-manifest SHA 46fd3d72d7e2086682d7cb3723c668b6bb629087ad4c8ce1e1aac9480131c6e7。

1. 未确认与确认 preflight

真实请求：POST /api/ppi/species-resolution。核心请求体：

{
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "ppiSpecies": "auto",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "geneFamily": "HKL",
  "targetScientificName": "Setaria viridis",
  "ppiTargetTreeTaxonId": "4556",
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": false,
  "dependencyOwner": "ppi",
  "requestedStages": ["ppi"]
}

未确认结果为 confirmation_required / ppi_reference_confirmation_required，provenance 为 required=true, confirmed=false。把唯一确认字段改为 true 后，HTTP 200 返回：

status=needs_reference_data
issue_code=ppi_reference_data_missing
selected_taxon_id=4555
reference_species=string_taxon_4555
required_files=[pep]
missing_required=[pep]

没有 CDS 或 Ka/Ks 要求，确认后的 provenance 为 required=true, confirmed=true。

2. 真实 reference bundle 下载

请求：POST /api/reference-bundle/download

{
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "speciesCode": "string_taxon_4555",
  "speciesName": "Setaria italica",
  "taxonId": "4555",
  "requestedStages": ["ppi"],
  "includeRecommended": false,
  "timeoutSec": 600,
  "asyncMode": true
}

Task ID：d9cdbb88-1eb0-4109-947d-f6e14f7f5eb4
/api/task/{id}：success，progress 100
Assembly：GCF_000263155.2
下载：9,242,771 bytes
requested_file_types=[pep]
PEP records：35,844；CDS records：0
PEP：string_taxon_4555.pep.fasta，SHA 2c037fe5e3e17e6afe9dd7134c7a5ed4a6eb5e12c54c1cc1b29978b2f90bd926
Manifest：input/job_1784552755238_b8762f/string_taxon_4555/string_taxon_4555.reference_bundle_download.manifest.json

3. 真实 PPI-owned Ortholog

第一次 direct request 错误地额外携带了普通 referenceSpecies/refSpeciesList=[string_taxon_4555]，入口按 config 物种校验并返回 HTTP 400，没有 task_id、队列或文件副作用。修正请求仅保留 owner 字段：

{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

Task ID：0a20a621-ca10-47fe-a4c3-da1d334303d2
Queue：plantai_4090_9010.medium，CPU 4
结果：success，6 pairs
Log：workspace/job_1784552755238_b8762f/logs/20260721_082842_ortholog.log
Mapping：workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt，SHA cdce241cfa9217549ec3a940cd22bf69ca610e647d3b8f3cc204eef12a9aa677
Sidecar：workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt.identity.json
Manifest：workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.ortholog.manifest.json
Manifest/sidecar 均记录 reference TaxID 4555、storage key string_taxon_4555、PEP SHA、target/member/mapping identity 与 mapping path。

4. 阻断：post-Ortholog preflight

再次发送已确认的真实 preflight，HTTP 200 返回：

status=needs_ortholog
decision=needs_reference_ortholog
issue_code=stale_ortholog_identity_conflict
message=Existing Ortholog mapping identity is stale or unverifiable:
        ppi_owner_mapping_sidecar_identity_mismatch.

逐字段重算结果：

字段	Expected	Actual	结果
reference TaxID	`4555`	`4555`	相同
storage key	`string_taxon_4555`	`string_taxon_4555`	相同
reference PEP SHA	`2c037f…bd926`	`2c037f…bd926`	相同
query path	`Target.Sv.HKL.curated_members.pep.fa`	同左	相同
query SHA	`5da2e0…bc3a1`	同左	相同
target identity	`c59de0…6f847`	同左	相同
mapping path/SHA	`Sv.HKL.orthologs.txt` / `cdce24…677`	同左	相同
member-set input	空字符串	空字符串	相同
scope ID	`…target_only`	`…target_plus_reference`	不同
member identity	`d29df1…d49e`	`6ba954…bb1f`	不同
mapping identity	`a8f853…b060`	`f288bd…0568`	不同

复算 target_plus_reference scope 精确得到 sidecar actual 的两项 identity，证明根因是 scope 身份分叉。

调用路径：

preflight：_ppi_mapping_identity_matches_current_inputs → 从传入的原 target_only scope 调 build_scope_id → build_ortholog_run_identity。
producer：run_stage(stage="ortholog") 的 request context 把执行 scope 指向已有 target_plus_reference scope；PPI owner override 再替换 reference 为 string_taxon_4555，随后写 sidecar/manifest。

停止边界与安全

按“任一步失败立即报告”的要求，阻断后没有提交 PPI，没有运行 API species matrix，没有构造 Bn backend job。最终没有任何 PPI 文件，default/medium 队列均为 0，也没有删除任何用户结果。

9000 五个 worker PID 保持 3588799, 3588807, 3588814, 3588821, 3588830。本任务没有向 9000 或 19000 发送请求/信号。只读终检发现先前的 19000 PID 2483131 已由外部机制替换为 2526118（启动时间 08:28:48）；该进程仅被观察，未被本任务操作。

结构化证据见 JSON。

Attempt 2：scope 修复后的真实 9010 复验

9010 在受控重启后使用的新模块 SHA：

apps/web/vue3/main.py: 72261549d622e70a90a43f8795e3c9cf0eccf499899c62233e1f7c25768fd3e1
tasks.py: 89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08
gfa_core/mas/tools/stage_tools.py: ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9
apps/web/pipeline_backend.py: 32b4391ec4d3fda87d78180b923bcb1c5d4066588980bbc61e73d5fe153b5d17
gfa_core/ortholog_materialize.py: a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913

Attempt 2 请求

再次向真实 POST /api/execute 提交 owner-only Ortholog 请求：

{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

请求没有发送 forceRerun 或 forceRerunStages，所以 API 模型/参数构造中的有效值为 forceRerun=false、forceRerunStages=[]。请求模型没有 use_existing 字段，本次也未发送任何 use_existing 参数。

API task ID：cb4515ba-117f-4749-9b72-a5a083ad04dd
Celery task ID：66463b47-abe9-49f4-82a3-87263e11fad6
Queue：plantai_4090_9010.medium
/api/task/{id}：success，6 pairs，Celery 用时 0.5197922608349472s

Attempt 2 实际行为

worker 日志明确记录：

09:00:12.554 WARN Effective member FASTA resolution failed for Target.string_taxon_4555.HKL
09:00:12.591 INFO Reusing identity-matched ortholog pairs for Sv -> string_taxon_4555:
                  workspace/job_1784552755238_b8762f/ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt
09:00:12.596 Direct single-stage result: success, 6 pairs
09:00:12.672 Celery task succeeded in 0.5197922608349472s

API/Celery success 消息声称日志为 workspace/job_1784552755238_b8762f/logs/20260721_090012_ortholog.log，但该文件不存在。/api/task 返回的 log 字段实际仍是 attempt 1 的 20260721_082842_ortholog.log 内容。这与 worker 的 reuse 行一致：attempt 2 没有执行新的 run_ortholog.py 命令。

中间产物没有变化：

文件	mtime	SHA256
`ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt`	`08:28:47.682668677`	`4c5e1c3b…d35f29`
`ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt.identity.json`	`08:28:47.714255320`	`f97a7774…6201`

final 物化产物在 attempt 2 被重写：

文件	mtime	SHA256
`final/Sv.HKL.orthologs.txt`	`09:00:12.591883154`	`cdce241c…a677`
`final/Sv.HKL.orthologs.txt.identity.json`	`09:00:12.592846398`	`f0a96652…14bca`
`final/Sv.HKL.ortholog.manifest.json`	`09:00:12.593582705`	`3236e7ed…8f60`
scoped Ortholog manifest	`09:00:12.594018966`	`dcccb1b7…1420`

intermediate sidecar 的核心 identity 仍为：TaxID 4555、storage key string_taxon_4555、target identity c59de0…6f847、member identity 6ba954…bb1f、mapping identity 00c273…6a0a。物化后的 final sidecar 保留相同 target/member identity，final mapping identity 为 f288bd…0568。

Attempt 2 根因

新的 producer 修复位于 pipeline_backend.py:9477-9506：只有传入的 ortholog_scope_data.scope_mode == "target_only" 时，才设置 preserve_target_only_scope=true；随后 build_ortholog_run_identity 和 ortholog_run_identity_matches 决定是否复用中间结果。

但请求在到达该修复前已被 /api/execute 改写：

owner-only 请求只带 ppiReferenceStorageKey=string_taxon_4555，未带普通 refSpecies/ppiReferenceSpecies/referenceBundleSpecies。
main.py:8898-8913 构造 technical_reference_species 时不读取 ppiReferenceStorageKey，因此列表为空。
Ortholog 在 main.py:8914-8937 进入通用 target-reference fallback，恢复 job 默认参考 At 和 target_plus_reference。
_ensure_gene_family_scope_file 在 main.py:9002-9013 判定原 target_only scope 与新 expected scope 不同，生成 Sv.HKL.HKL.target-Sv.ref-At.target_plus_reference.scope.json 并替换请求中的 scopeFile。
Celery 经 tasks.py::execute_single_stage_task → StageToolRegistry.execute → StageToolExecutor.execute → pipeline_backend.run_stage 收到的是已经改写的 scope。
producer 看到 source_scope_mode=target_plus_reference，因此 preserve_target_only_scope=false；expected identity 与旧 intermediate sidecar 相同，ortholog_run_identity_matches 返回 true，并复用旧 pairs。

因此，attempt 2 证明当前修复点太晚：它能保留收到的 target_only scope，却无法纠正 API 入队前已经发生的 scope 改写。

Attempt 2 停止点

post-Ortholog 真实 preflight 在 09:00:54 再次返回 needs_ortholog / stale_ortholog_identity_conflict。按失败即停规则，没有提交 PPI，也没有运行 species matrix 或独立 Bn job；本轮没有代码修改或结果删除。

Attempt 3：target-only producer 修复后的真实主链

Gate 与 9010 重启

真实 job scope：

绝对路径：/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json
SHA256：31d8f69ef697c9c802cc929cd2383aca8e700a6c7fc52a57db408156384ed711
scope_id=HKL.target-Sv.target_only，scope_mode=target_only，target=[Sv]，reference=[]

重启前确认 9010 Web/worker 全部位于目标目录，使用 BBAV5_QUEUE_PREFIX=plantai_4090_9010、BBAV5_REDIS_URL=redis://localhost:6379/11，DB11 PONG。只停止旧 9010 Web PID 2544115 和五个 worker master 2544081/2544089/2544096/2544103/2544116。

重启后：

Web：2586056
default/heavy/medium/light/rnaseq：2586051/2586052/2586053/2586054/2586055
5/5 worker pong；/docs 与 /openapi.json 均 HTTP 200
9000 worker master 3588799/3588807/3588814/3588821/3588830 与 19000 Web 2529914 未变
当前 apps/web/vue3/main.py SHA：90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4

真实 preflight 与 Ortholog

confirmed owner preflight 使用原 target-only scope、TaxID 4555、storage key string_taxon_4555，先返回预期的 needs_ortholog / stale_ortholog_identity_conflict。随后提交：

{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

API task：eaf45f36-d86e-4887-ae2d-d799d3ccaaef
Celery task：6ad681e3-e7d5-49fd-b78c-0d8c999b3df6
真实新命令已执行，Celery 用时 5.773302449146286s；没有 reuse 行
新日志：logs/20260721_100750_ortholog.log，SHA 902d3998e3c3098ff62b67817867d89dfb3aa7d690877dee292627118b4215f5
intermediate pair/sidecar mtime 均更新为 10:07:56；sidecar SHA 21d61a72…00fe6
final sidecar SHA ffd3c39b…90358
scoped manifest：Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ortholog.manifest.json，SHA 95e74562…1ce07
manifest/sidecar 均记录 TaxID 4555、storage key string_taxon_4555、PEP SHA 2c037f…bd926、target identity c59de0…6f847、member identity dc9fbb…094a
manifest scope_id=HKL.target-Sv.target_only、scope_mode=target_only、analysis_route=target_only，scopeFile 保持原绝对路径

post-Ortholog preflight 返回 HTTP 200：status=ready、decision=ready_reference_mapping、issue code 为空，provenance required=true, confirmed=true。

真实 PPI 请求与失败

在 ready gate 后提交的完整请求：

{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

API task：1f2a89c4-5042-4b93-a50f-923cd8925bfa
Celery task：a25e255e-6d14-4c8f-98ac-151b90aa682c
Queue：plantai_4090_9010.light，CPU 4
Celery task wrapper 用时 11.837375451112166s，业务结果为 failed
错误：PPI 无法从 Ortholog 映射推断 STRING 参考物种
issue code：ppi_invalid_ortholog_mapping

Celery 的原始 kwargs 未写入 task 状态或 worker 日志，不能事后逐字恢复；可验证的有效参数链为：main.py 将请求的 ppiSpecies/ppiReferenceTaxonId/StorageKey/SelectionMode/UserConfirmed 放入 params，StageToolExecutor 将同名字段传入 run_stage。失败 provenance 保留 selection_mode=tree_nearest、confirmed=true、mapping reference=string_taxon_4555 和 mapping path，证明 owner 状态已到达执行层。

PPI 在调用 skills/ppi/run.py 之前失败，所以：

没有新的 PPI stage log
worker 没有 [CMD] ... skills/ppi/run.py
没有 network/report/url/id-resolution 等 PPI 成功 artifacts
仅生成中间 source ID 文件 ppi/analysis/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi_source_ids.txt，6 IDs，SHA 1e0cc6…df2ef
failed manifest：final/Sv.HKL.ppi.manifest.json，SHA ce6e65ec…f885a，artifacts={}
精确 scope 的 /api/stage-status 为 not_found/completed=false，因为 scoped PPI manifest 未生成

failed manifest resolution 为：ppiSpecies=auto、selected taxon/reference 为空、fallback=invalid_mapping、reason=ortholog_mapping_target_species_not_supported_by_string。失败 provenance 的 selected taxon 也为空，但仍保留确认信息与 string_taxon_4555 mapping。

Attempt 3 根因判定

这不是验证请求遗漏字段，也不是 API→Celery 传输丢字段。当前前端真实请求构造同样保持 ppiSpecies=auto：executeStageDirect 从 stage/confirm 取值，否则为 auto；applyPpiOwnerFieldsToRequest 只追加 owner TaxID/storage/mode/confirmed，不把 ppiSpecies 改成 selected TaxID。因此本次请求与真实前端路径一致。

执行层的分叉为：

run_stage 对 ppiSpecies=auto 将 execution species 初始化为空。
target-only scope 的 reference list 为空，所以不能从 scope 得到 execution species。
读取 mapping 第五列得到 string_taxon_4555，但 infer_string_species_from_ortholog_mapping 仅调用 legacy species_to_string_code；storage key 不在该别名表中，因此返回空。
run_stage 虽已收到 ppiReferenceTaxonId=4555 与 storage key，却没有在该解析分支用 owner TaxID 作为 STRING execution identity，于 CLI 前失败。
失败 provenance 的 selected taxon 为空是次生记录问题：fail_ppi_execution 仅从空的 ppi_species 计算 TaxID，也没有使用 ppi_reference_taxon_id。

按失败即停规则，没有重试、没有改请求、没有修改代码、没有运行物种矩阵或 Bn job。终检五个 9010 队列均为 0；9000/19000 PID 保持不变。

Attempt 4：复用 ready Ortholog 后的单次真实 PPI 重试

Gate、重启与请求

本轮没有重跑 Ortholog。重启前、重启后分别用真实 /api/ppi/species-resolution 确认已有映射为 ready / ready_reference_mapping：TaxID 4555、storage key string_taxon_4555，provenance confirmation 为 required=true, confirmed=true。复用的 final mapping 为 final/Sv.HKL.orthologs.txt，SHA256 cdce241c…a677；final sidecar SHA256 ffd3c39b…90358；scoped Ortholog manifest SHA256 95e74562…1ce07。

只重启了 9010：Web PID 2595459，default/heavy/medium/light/rnaseq worker master 为 2595454/2595455/2595456/2595457/2595458，5/5 pong，/docs 与 /openapi.json 均 HTTP 200。9000 worker master 3588799/3588807/3588814/3588821/3588830 和 19000 Web PID 2529914 未变化。

生效代码 SHA256：

文件	SHA256
`apps/web/vue3/main.py`	`90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4`
`tasks.py`	`89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08`
`gfa_core/mas/tools/stage_tools.py`	`ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9`
`apps/web/pipeline_backend.py`	`57b35484a89cb096211ac18032a34ad220a33dbc5bc98a455724713ce3303d05`
`gfa_core/ortholog_materialize.py`	`a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913`
`gfa_core/ppi_provenance.py`	`b4d947d5…c3031`
`gfa_core/mas/tools/stage_status.py`	`a3fc7012…d473`
`skills/ppi/run.py`	`8518de8c…36afe`

提交的完整 PPI 请求与 attempt 3 相同：

{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

API task ID：fd77c17d-0387-477c-a294-747f41277529
Celery task ID：f401575e-43ac-43dd-84ac-26d1b20a392e
Queue：plantai_4090_9010.light，CPU 4
wrapper 用时：29.942377381026745s
业务状态：failed

完整执行身份与失败证据

本轮通过了 attempt 3 的 execution-species 阻塞，真实 CLI 已执行：

/home/xzq/miniconda3/envs/test4py311/bin/python skills/ppi/run.py --gene-ids /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi/analysis/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi_source_ids.txt --species 4555 --normalization-species-label 4555 --prefix Sv.HKL --output /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi --score 200 --provenance-json /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi/Sv.HKL.ppi_provenance.json --mapping /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt --id-map /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/input/job_1784552755238_b8762f/string_taxon_4555/string_taxon_4555.pep_cds_idmap.tsv

ID map 的 header 与首个证据行是：

species_code protein_id pep_id cds_id gene_id ncbi_gene_id pep_present cds_present pep_header cds_header
string_taxon_4555 NP_001267731.1 NP_001267731.1 ...

skill 在载入 6 个 source IDs 和 6 条 Ortholog mapping 后停止，精确错误为：

Alias evidence species mismatch at row 2: declared '4555', observed 'string_taxon_4555'

因此 attempt 4 的单一直接阻塞点是两个不同层级的身份被当成同一个字段：

STRING 远程查询 execution identity：TaxID 4555，--species 4555 正确；
本地 reference bundle / ID-map normalization identity：storage key string_taxon_4555；
实际错误参数：--normalization-species-label 4555，与 ID map 的 species_code=string_taxon_4555 冲突。

也就是说，Ortholog mapping、owner TaxID、STRING 查询物种和确认 provenance 都已正确到达执行层；本次失败只由 normalization label 未使用 storage identity 触发。

Manifest、provenance 与停止点

文件	SHA256	结果
`logs/20260721_102510_ppi.log`	`07f7cb3a…d650`	完整 CLI 与 mismatch 错误
`final/Sv.HKL.ppi.manifest.json`	`987b929b…886f`	failed，`artifacts={}`
`ppi/Sv.HKL.manifest.json`	`71250422…6463e`	failed，精确 mismatch message
`ppi/Sv.HKL.ppi_provenance.json`	`94875cbf…4242`	selected TaxID `4555`、mapping reference `string_taxon_4555`、normalization label `4555`
scoped source IDs	`1e0cc6e5…df2ef`	6 IDs

final/Sv.HKL.ppi.manifest.json 是 stale/merge 的 legacy failed manifest：顶层 error 已更新为 attempt 4 的 exit-code/log，但 timestamp 和 parameters.ppi_species_resolution 仍保留 attempt 3 的 10:09:28 / invalid_mapping；其 provenance 则已更新为 selected TaxID 4555 和 normalization label 4555。因此不能把旧 resolution 块当作本轮根因。

精确 scoped /api/stage-status 返回 not_found/completed=false，期望 manifest 为 final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi.manifest.json；legacy task stage status 为 failed/completed=false、artifacts_checked=0。没有生成 network/report/url/id-resolution 等成功产物。

按失败即停规则，本轮没有 PPI 重试、没有 Ortholog 重跑、没有物种矩阵、没有独立 Bn job、没有代码修改或文件删除。终检五个 9010 队列均为 0，9000/19000 进程保持不变。

Attempt 5：normalization identity 修复后的真实 PPI 成功

Gate 与 9010 重启

本轮仍只执行 PPI，没有重跑 Ortholog。重启前和重启后两次真实 /api/ppi/species-resolution 均返回：

status=ready
decision=ready_reference_mapping
selected_taxon_id=4555
reference_species=string_taxon_4555
mapping_reference_species=string_taxon_4555
confirmation required=true, confirmed=true

既有 Ortholog 身份未变化：mapping SHA256 cdce241c…a677，final sidecar ffd3c39b…90358，target-only scoped Ortholog manifest 95e74562…1ce07。生效代码 SHA256 为：

文件	SHA256
`apps/web/vue3/main.py`	`90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4`
`tasks.py`	`89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08`
`gfa_core/mas/tools/stage_tools.py`	`ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9`
`apps/web/pipeline_backend.py`	`9834917f36c9b400b22b7a8a50b7e047a57a3cf3e01ee83184f5e3b5aa9a629a`
`gfa_core/ortholog_materialize.py`	`a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913`
`gfa_core/ppi_provenance.py`	`b4d947d5ffa05db776039ffdec0c6f713e247a706994673dff1d92e4733c3031`
`gfa_core/mas/tools/stage_status.py`	`a3fc701271bbfca599324eeac721f027dd67752a1e640977b9ffef76cb21d473`
`skills/ppi/run.py`	`2f592370b3c0c97d8f5e0500f348099fb85e581ad29219e2143b629011327a12`

仅重启 9010：Web PID 2608735，default/heavy/medium/light/rnaseq worker master 为 2608731/2608635/2608732/2608607/2608636；5/5 pong，/docs 与 /openapi.json HTTP 200。9000 worker master 3588799/3588807/3588814/3588821/3588830 与 19000 Web PID 2529914 未变化。

唯一真实 PPI 请求

{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}

API task ID：72ddcc69-fa90-4514-bd78-3a931e8054c9
Celery task ID：44f60fe5-ffcc-4def-b9fd-48d531a085a2
Queue：plantai_4090_9010.light，CPU 4
Celery wrapper：32.72843774687499s
最终业务状态：success

真实 CLI 中两个身份已正确分离：

... skills/ppi/run.py ... --species 4555 --normalization-species-label string_taxon_4555 ...

其中 4555 仅用于 STRING 远程查询，string_taxon_4555 用于本地 reference bundle / ID-map 归一化校验。attempt 4 的 alias-evidence mismatch 不再出现。

STRING 真实请求与生物结果

stage log logs/20260721_104344_ppi.log（SHA256 eb3cfcb8…dc5f）记录：载入 6 个目标 ID、6 条 Ortholog mapping；向 STRING TaxID 4555 查询 6 个已解析 ID：

4555.K3Z5J1, 4555.K3Z625, 4555.K3ZDE9,
4555.A0A368R4B9, 4555.K3XGZ3, 4555.K3XGV8

真实 STRING URL 明确包含 species=4555&required_score=200&network_type=functional。结果：6/6 genes、15 interactions，平均 score 0.904，15 条均为 high-confidence；ID resolution 的 member/query mapping rate 均为 1.0，0 unresolved、0 ambiguous。STRING network image API 另生成有效 PNG，3253 × 793、RGBA、161,819 bytes。

Manifest、artifacts 与 scoped status

target-only scoped success manifest：final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi.manifest.json，SHA256 118ddf51…0359。其 scope_id=HKL.target-Sv.target_only、scope_mode=target_only、analysis_route=target_only、member_set_id=HKL.target-Sv.target_only:target_only:all_members。

Artifact	SHA256	大小
`final/Sv.HKL.ppi_network.tsv`	`9fe9e10c…c52a`	492
`final/Sv.HKL.ppi_report.md`	`866e63d6…d60f`	717
`final/Sv.HKL.ppi_id_resolution.tsv`	`488f0a2a…5399`	1,845
`final/Sv.HKL.ppi_url.txt`	`3c26395f…dbdf`	304
`final/Sv.HKL.ppi_network.string.png`	`fe7891cf…b862`	161,819
`final/Sv.HKL.ppi_alphafold2_links.tsv`	`dde7bdba…1598`	1,748

精确 scoped /api/stage-status 返回 status=completed, completed=true, manifest_status=success, artifacts_checked=6，missing artifacts 与 errors 均为空。provenance 一致记录：selected STRING TaxID 4555、mapping reference string_taxon_4555、normalization label string_taxon_4555、selection mode tree_nearest、user confirmation required=true, confirmed=true，STRING snapshot ID 仍为 ede47d…eeb3。

本轮没有 Ortholog 重跑、PPI 重试、物种矩阵、独立 Bn job、代码修改或文件删除。终检五个 9010 队列均为 0；9000/19000 进程保持不变。

Final read-only matrix：当前 9010 + 已部署 snapshot

验证方式：仅调用既有 job job_1784552755238_b8762f 的 POST /api/ppi/species-resolution，并读取 attempt 5、Task 4 的既有证据。没有调用 /api/execute、没有新建 job、没有触发 PPI/Ortholog/KaKs、没有重启或修改代码。所有预检请求 HTTP 均为 200。

#	场景	关键请求	关键响应/证据	等级	结果
1	Os direct，无 Ortholog	`Os / Oryza sativa Japonica Group / TaxID 39947 / requestedStages=[ppi]`	`ready / ready_target_string / exact_string / selected=39947 / candidates=[]`。未传 scope/mapping。父种 TaxID `4530` 另返回 Oryza Top3，未被错误当作 exact。	real API	PASS
2	Sv tree-nearest Top3 与确认	`Sv / Setaria viridis / 4556`；确认时 owner=`4555,string_taxon_4555,tree_nearest,true`	未确认：`confirmation_required`，Top3 `4555(d2),4540(d6),888268(d6)`；确认：`ready_reference_mapping`，mapping=`final/Sv.HKL.orthologs.txt`，provenance confirmed=true。	real API + real job	PASS
3	Ft 动态近源	`Ft / Fagopyrum tataricum / 62330`	Top3 `3562(d10),3476(d12),3775(d12)`；`candidate_source=string_species_tree`、`resolution_source=explicit_tree_taxon_id`、policy=`string_species_tree_v12_topology_v1`。响应没有静态 Ft 标记。	real API	PASS
4	旧 map 外、registry 内	`Bn / Brassica napus / 3708`	当前 API：`ready_target_string / exact_string / selected=3708`。真实 STRING 证据：`docs/validation/2026-07-21-string-ppi-task4-real-network.{md,json}`，TaxID 3708 alias/network 均成功。	real API + prior real STRING	PASS
5	第二 unsupported 植物稳定 Top3	`Cs / Camellia sinensis / 4442`，相同请求两次	两次均为 `542762(d1),1590841(d7),4155(d9)`，`candidate_source=string_species_tree`；非 Ft。	real API ×2	PASS
6	unknown 补身份，不猜 At	第一次 `Xx` 无 scientific name/TaxID；第二次补 `Camellia sinensis / 4442`	第一次 `unresolved / target_string_tree_unresolved`、空 candidates/reference；补身份后返回 Camellia Top3，第一候选 `542762`，不是 At。	real API	PASS
7	自然 At fallback 的确认门	`Aa / Arabidopsis arenosa / 38785`，候选 Top1 `3702 At`；owner storage=`At`、mode=`model_fallback`	未确认：`confirmation_required`；确认：`needs_ortholog`（未执行），selected=`3702`、reference=`At`、PEP complete；provenance required=true/confirmed=true，species_resolution.reference_selection_mode=`model_fallback`。	real API	PASS
8	nearest 主链成功	读取 attempt 5	scoped manifest SHA `118ddf51…0359` 与当前文件一致；network SHA `9fe9e10c…c52a`；6/6 genes、15 interactions、mapping rate 1.0；TaxID 4555、storage normalization `string_taxon_4555`。	prior real job + current file verification	VERIFIED
9	PPI 与 KaKs/CDS 独立	PPI-only 使用已确认 Sv owner；KaKs-only 使用同一 storage/reference	PPI-only 保持 `ready_reference_mapping`；KaKs-only 返回 `needs_reference_data / kaks_reference_cds_missing`，bundle=`pep_only`、missing=`[cds]`、`kaks_ready=false`。没有触发任何 stage。	real API	PASS

请求/响应身份摘要

API：http://127.0.0.1:9010/api/ppi/species-resolution
Snapshot：STRING 12.0，ID ede47d546d853d0ec30ee75066976a35c08fd2412e6e5fc7866bbd205fc2eeb3
所有 tree-nearest 候选均携带 LCA、两侧 edge 数和 tree_distance。
Item 7 特意使用 snapshot 中 At 自然为 Top1 的 Arabidopsis arenosa；对 Ft 强塞 At 的试探被 API 继续阻断为 confirmation_required，没有把非候选伪装成 fallback。
Item 9 的 PPI 与 KaKs 是两个独立预检请求；KaKs 缺 CDS 没有覆盖或中断 PPI 的 ready 状态。
终检五个 plantai_4090_9010.* Redis 队列长度均为 0。

结构化字段已追加到同名 JSON 的 final_read_only_matrix。

33 KiB Raw Permalink Blame History Unescape Escape

STRING PPI Task 7：真实 9010 E2E

结论

基线

1. 未确认与确认 preflight

2. 真实 reference bundle 下载

3. 真实 PPI-owned Ortholog

4. 阻断：post-Ortholog preflight

停止边界与安全

Attempt 2：scope 修复后的真实 9010 复验

Attempt 2 请求

Attempt 2 实际行为

Attempt 2 根因

Attempt 2 停止点

Attempt 3：target-only producer 修复后的真实主链

Gate 与 9010 重启

真实 preflight 与 Ortholog

真实 PPI 请求与失败

Attempt 3 根因判定

Attempt 4：复用 ready Ortholog 后的单次真实 PPI 重试

Gate、重启与请求

完整执行身份与失败证据

Manifest、provenance 与停止点

Attempt 5：normalization identity 修复后的真实 PPI 成功

Gate 与 9010 重启

唯一真实 PPI 请求

STRING 真实请求与生物结果

Manifest、artifacts 与 scoped status

Final read-only matrix：当前 9010 + 已部署 snapshot

请求/响应身份摘要

33 KiB

Raw Permalink Blame History