PlantAI-dev/memory/2026-03-30.md

2026-03-30 工作记录 - bbav20311 项目状态更新

日期: 2026-03-30 项目: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311 状态: 文档整理与架构设计阶段

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今日概述

今日主要进行项目文档整理和架构设计工作，无新增代码修改。重点整理了多物种基因家族分析的工作流设计方案。

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当前项目状态

1. 已完成工作（3月28-29日）

Promoter分析模块优化 ✅

• V6五面板组合图: 已完成并集成到分析流程
• 可视化输出: 热图、系统发育树、亚家族标注、7大分类堆叠
• 文件位置: scripts/promoter_v6_combined.R

竞品分析文档 ✅

• 对比对象: PangenePro、PlantTribes2
• 分析结果: 识别了可直接借鉴的功能点
• 优先级: P0（泛基因分类、Ka/Ks增强）、P1（复制事件检测）
• 文件位置: memory/2026-03-29_comparative_analysis.md

2. 架构设计文档（3月29日创建）

文档	路径	内容
多物种工作流设计	docs/multi_species_workflow_design.md	目标物种vs参考物种概念、文件命名规范
基于文件夹的工作流	docs/folder_based_workflow.md	物理文件夹结构设计方案
多智能体架构设计	docs/multi_agent_genome_prepare.md	Master/Species/File/Quality Agent架构

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文档存储位置

项目内记忆文档

/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/memory/
├── 2026-03-27.md                      # Promoter分析修订
├── 2026-03-28.md                      # Promoter V6组合图
└── 2026-03-29_comparative_analysis.md # 竞品分析

架构设计文档

/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/docs/
├── multi_species_workflow_design.md   # 多物种工作流概念设计
├── folder_based_workflow.md           # 文件夹结构方案
└── multi_agent_genome_prepare.md      # 多智能体架构设计

OpenClaw工作区记忆

/home/xia-lab/.openclaw/workspace/memory-bbav20311/
├── README.md                          # 项目索引
├── 2026-03-20.md                      # RNA-seq集成
├── 2026-03-20-rnaseq-integration.md   # RNA-seq详细记录
├── 2026-03-22.md                      # 多物种分析
└── 2026-03-23.md                      # 状态更新

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待办事项状态

当前待办（来自README.md）

任务	状态	备注
从bbav2迁移各阶段代码	⏳ 进行中	identify, phylogeny已完成
验证Python 3.11兼容性	⏳ 待验证	基础功能已测试
测试端口7865服务启动	⏳ 待验证	FastAPI后端
逐一验证11个分析阶段	⏳ 进行中	expression已验证
多物种工作流实现	📝 设计中	3个设计方案待评审

竞品分析建议的实现优先级

P0 - 高优先级

• 泛基因分类 (core/dispensable/unique)
• Ka/Ks分析增强 (PAML + EMMIX)

P1 - 中优先级

• 大规模复制事件检测
• 多品种/多样本比较分析

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技术债务

已知问题

1. Promoter分析: V6组合图已集成，但需用户反馈调优
2. RNA-seq集成: Step 1 (QC)完成，Step 2-5待实现
3. 多物种支持: 设计方案完成，待代码实现

近期计划

1. 评审并选择多物种工作流方案（A/B/C）
2. 实现选定的多物种genome_prepare
3. 更新identify阶段支持多参考物种BLAST

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文件完整性检查

已记录文件 ✅

• 2026-03-27.md - Promoter分析修订记录
• 2026-03-28.md - Promoter V6组合图详细记录
• 2026-03-29_comparative_analysis.md - 竞品分析完整记录
• docs/multi_species_workflow_design.md - 多物种工作流设计
• docs/folder_based_workflow.md - 文件夹结构方案
• docs/multi_agent_genome_prepare.md - 多智能体架构设计

OpenClaw工作区同步状态 ✅

• memory-bbav20311/README.md - 项目索引已更新
• 所有历史记录已归档

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记录完整性确认

检查项	状态
代码修改记录	✅ 完整（3月28-29日）
架构设计文档	✅ 完整（3个设计文档）
竞品分析报告	✅ 完整
待办事项跟踪	✅ 已更新
文件存储位置	✅ 已记录

结论: 截至2026-03-30，bbav20311项目的修订记录已完整保存。

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记录时间: 2026-03-30 00:55 记录位置: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/memory/2026-03-30.md 状态: ✅ 已完整记录