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sjandClaude Opus 5 0428a0d0ed fix: restore memory logs and keep absolute data symlink

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

2026-08-21 11:06:49 +08:00

3.7 KiB

Executable File

Raw Permalink Blame History

2026-04-04 项目记录 - bbav20311

项目信息

项目: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
路径: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311
记录时间: 2026-04-04

今日修订内容

1. 前端停止执行按钮 ✅

需求: 添加停止执行按钮，用户可随时取消正在运行的分析

修改文件: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/apps/web/vue3/index.html

修改内容:

左侧控制面板：执行按钮下方添加红色"⏹ 停止执行"按钮（执行时显示）
右侧结果面板：执行状态卡片添加"⏹ 停止"按钮
新增数据变量：isExecuting, isStopping, currentTaskId
新增方法：stopExecution() - 调用 /api/agent/cancel/{task_id} 停止任务

按钮显示逻辑:

<!-- 执行按钮 -->
<el-button :disabled="!selectedStage || isExecuting" :loading="isExecuting">
    {{ isExecuting ? '⏳ 执行中...' : '🚀 执行分析' }}
</el-button>

<!-- 停止按钮 -->
<el-button v-if="isExecuting" type="danger" @click="stopExecution">
    {{ isStopping ? '⏹ 正在停止...' : '⏹ 停止执行' }}
</el-button>

2. RNA-seq 文件检测修复 ✅

问题: Agent执行时（对话框输入）找不到 samples.yaml，但手动执行可以

原因:

对话框执行时 session_id 是 "session_xxx" 格式，不是 "job_xxx" 格式
原代码只查找最新的 job_ 目录，没有考虑配置文件位置

修改文件: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/gfa_core/mas/core/orchestrator.py

修复内容:

新增辅助方法 _get_input_dir():

def _get_input_dir(self, session_id: str, stage_name: str = "") -> tuple[Path, str]:
    """获取输入目录，优先查找包含samples.yaml的job目录"""

应用到以下方法:
- _execute_rnaseq_qc (RNA-QC)
- _execute_rnaseq_align (RNA-ALN)
- _execute_rnaseq_quant (RNA-QUAN)
- _execute_rnaseq_de (RNA-DE)
- _execute_rnaseq_enrich (RNA-ENRICH)
- _execute_kaks (KaKs)

查找逻辑:

如果 session_id 不是 job_ 开头，查找所有 job_ 目录
优先选择包含 samples.yaml 或 group_sample.yaml 的目录
如果没有配置文件，使用最新的 job 目录

3. RNA-seq 缓存结果问题修复 ✅

问题: 对话框执行15秒就返回"完成"，但实际执行需要15分钟

原因:

代码逻辑 if has_results 只要结果文件存在就返回成功
之前执行的结果文件还在，系统直接返回缓存结果