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sjandClaude Opus 5 0428a0d0ed fix: restore memory logs and keep absolute data symlink

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

2026-08-21 11:06:49 +08:00

6.2 KiB

Executable File

Raw Permalink Blame History

2026-04-06 项目记录 - bbav20311

项目信息

项目: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
路径: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311
记录时间: 2026-04-06

今日完成内容

1. PEP + PPI 技能化完成 ✅

1.1 新建技能目录

skills/pep/
├── SKILL.md           # 蛋白特征分析文档
├── config.yaml        # 技能配置
└── run.py            # 主程序 (理化性质+可视化)

skills/ppi/
├── SKILL.md           # PPI网络分析文档
├── config.yaml        # 技能配置
└── run.py            # 主程序 (STRING API+网络构建)

1.2 技能功能

PEP Skill:

理化性质分析: 分子量、等电点、疏水性(GRAVY)、脂肪族指数
跨膜结构预测: DeepTMHMM
亚细胞定位预测: Plant-mPLoc + WoLF PSORT
可视化输出: PDF/PNG图表 + Markdown报告 + Manifest

PPI Skill:

STRING数据库查询
互作网络构建
网络统计: 节点数、边数、置信度分布
可视化输出: TSV数据表 + PDF网络图 + Markdown报告 + Manifest

1.3 Pipeline集成

PEP路由: 更新 apps/web/pipeline_backend.py，支持技能化版本
PPI路由: 更新 apps/web/pipeline_backend.py，支持技能化版本
产物复制: 技能执行后自动复制产物到 final/ 目录

1.4 Demo测试通过

# PEP测试
python skills/pep/run.py --demo --prefix test --output /tmp/pep_test
# 输出: 3 proteins analyzed, manifest generated

# PPI测试  
python skills/ppi/run.py --demo --prefix test --output /tmp/ppi_test
# 输出: 2/3 genes in network, 1 interaction found

2. PPI技能增强 ✅

2.1 同源映射支持

添加 --mapping 参数
支持非模式植物（如苦荞）基因ID映射到拟南芥基因ID
自动基因ID转换: 苦荞ID → 拟南芥ID

2.2 STRING URL生成

生成STRING网页链接
保存到 {prefix}_url.txt 文件
Report和Manifest包含STRING链接

2.3 测试验证

# 带映射的PPI分析
python skills/ppi/run.py \
  --gene-ids ft_genes.txt \
  --species ath \
  --mapping ortholog_pairs.txt \
  --prefix test --output ./ppi

# 结果: 3/3 genes mapped, 2/3 in network, 1 interaction
# STRING URL: https://string-db.org/cgi/network?identifiers=...

3. Ka/Ks分析修复 ✅

3.1 工具路径修复

MUSCLE: 使用 conda run -n test4py311 muscle
pal2nal.pl: 使用 conda run -n test4py311 pal2nal.pl
yn00: 使用 conda run -n test4py311 yn00

3.2 Pipeline参数修复

修复 -p 参数为 --prefix-name
文件: apps/web/pipeline_backend.py

3.3 shutil错误修复

问题: 局部 import shutil 导致变量作用域问题
修复: 删除PEP和PPI阶段的局部 import shutil
文件: apps/web/pipeline_backend.py

3.4 测试验证

Ka/Ks分析成功执行 (7/8 pairs)
结果文件正确生成并复制到 final/
执行时间: ~20秒（正常）

4. 前端参数确认强制化 ✅

4.1 问题

Agent模式下可能跳过参数确认对话框
用户要求所有执行都必须经过参数确认

4.2 修复

删除Agent自动执行分支
强制所有执行都显示参数确认对话框
文件: apps/web/vue3/index.html

4.3 修改代码

// 旧代码
if (autoExecute.value) {
    doExecute();  // 直接执行
} else {
    confirmDialogVisible.value = true;
}

// 新代码
confirmDialogVisible.value = true;  // 强制确认

5. 契约文档添加 ✅

5.1 新建契约文档

gfa_core/schemas/stages/pep_contract_v1.md
gfa_core/schemas/stages/ppi_contract_v1.md

5.2 契约内容

阶段信息 (名称、描述、技能目录)
输入契约 (必需/可选输入)
输出契约 (final/ + analysis/ 产物)
Manifest结构示例
依赖环境 (Conda + 工具)
执行命令示例
上下游依赖关系

修改文件清单

文件路径	修改类型	说明
`skills/pep/SKILL.md`	新增	蛋白特征分析技能文档
`skills/pep/config.yaml`	新增	PEP技能配置
`skills/pep/run.py`	新增	PEP技能主程序
`skills/ppi/SKILL.md`	新增	PPI网络分析技能文档
`skills/ppi/config.yaml`	新增	PPI技能配置
`skills/ppi/run.py`	新增	PPI技能主程序
`gfa_core/schemas/stages/pep_contract_v1.md`	新增	PEP阶段契约
`gfa_core/schemas/stages/ppi_contract_v1.md`	新增	PPI阶段契约
`apps/web/pipeline_backend.py`	修改	PEP/PPI路由、Ka/Ks参数、shutil修复
`apps/web/vue3/index.html`	修改	强制参数确认对话框
`apps/cli/run_kaks_v2.py`	修改	工具路径修复 (muscle/pal2nal/yn00)
`MEMORY.md`	修改	更新技能化状态

技能化状态更新

阶段	技能目录	状态
pep	skills/pep/	✅ 已技能化 (2026-04-06)
ppi	skills/ppi/	✅ 已技能化 (2026-04-06)

总计: 18/18 阶段技能化完成 (100%)

已解决问题

1. Ka/Ks `json` 未定义错误 ✅ (2026-04-07 00:26)

问题现象

前端显示: ❌ Ka/Ks分析出错: name 'json' is not defined
实际: Ka/Ks技能执行成功，结果文件已生成
用户反馈: 参数确认对话框没有弹出

根本原因

文件: gfa_core/mas/core/orchestrator.py 问题: 缺少 import json，但代码中使用了 json.load()

# 第2017行使用了json
with open(kaks_manifest) as f:
    manifest = json.load(f)  # ❌ NameError: name 'json' is not defined

为什么之前没找到？

错误被 try-except 捕获，返回了包装后的错误信息
日志显示 stdout 成功，但异常在结果解析阶段抛出
错误信息被误解为前端问题

修复方案

# 文件开头添加
import json

调试过程

添加前端调试日志 (showConfirm/doExecute)
添加后端调试日志 (/api/execute)
分析日志发现错误来自 orchestrator.py
检查 orchestrator.py 发现缺少 json 导入
修复并验证

记录时间

2026-04-06 22:14 更新: 2026-04-07 00:26 (解决json错误)

6.2 KiB Executable File Raw Permalink Blame History