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# 2026-04-06 项目记录 - bbav20311
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## 项目信息
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- **项目**: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
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- **路径**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311`
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- **记录时间**: 2026-04-06
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## 今日完成内容
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### 1. PEP + PPI 技能化完成 ✅
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#### 1.1 新建技能目录
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```
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skills/pep/
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├── SKILL.md # 蛋白特征分析文档
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├── config.yaml # 技能配置
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└── run.py # 主程序 (理化性质+可视化)
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skills/ppi/
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├── SKILL.md # PPI网络分析文档
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├── config.yaml # 技能配置
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└── run.py # 主程序 (STRING API+网络构建)
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```
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#### 1.2 技能功能
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**PEP Skill**:
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- 理化性质分析: 分子量、等电点、疏水性(GRAVY)、脂肪族指数
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- 跨膜结构预测: DeepTMHMM
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- 亚细胞定位预测: Plant-mPLoc + WoLF PSORT
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- 可视化输出: PDF/PNG图表 + Markdown报告 + Manifest
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**PPI Skill**:
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- STRING数据库查询
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- 互作网络构建
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- 网络统计: 节点数、边数、置信度分布
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- 可视化输出: TSV数据表 + PDF网络图 + Markdown报告 + Manifest
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#### 1.3 Pipeline集成
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- **PEP路由**: 更新 `apps/web/pipeline_backend.py`，支持技能化版本
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- **PPI路由**: 更新 `apps/web/pipeline_backend.py`，支持技能化版本
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- **产物复制**: 技能执行后自动复制产物到 `final/` 目录
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#### 1.4 Demo测试通过
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```bash
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# PEP测试
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python skills/pep/run.py --demo --prefix test --output /tmp/pep_test
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# 输出: 3 proteins analyzed, manifest generated
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# PPI测试
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python skills/ppi/run.py --demo --prefix test --output /tmp/ppi_test
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# 输出: 2/3 genes in network, 1 interaction found
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```
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### 2. PPI技能增强 ✅
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#### 2.1 同源映射支持
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- 添加 `--mapping` 参数
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- 支持非模式植物（如苦荞）基因ID映射到拟南芥基因ID
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- 自动基因ID转换: 苦荞ID → 拟南芥ID
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#### 2.2 STRING URL生成
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- 生成STRING网页链接
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- 保存到 `{prefix}_url.txt` 文件
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- Report和Manifest包含STRING链接
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#### 2.3 测试验证
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```bash
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# 带映射的PPI分析
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python skills/ppi/run.py \
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--gene-ids ft_genes.txt \
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--species ath \
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--mapping ortholog_pairs.txt \
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--prefix test --output ./ppi
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# 结果: 3/3 genes mapped, 2/3 in network, 1 interaction
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# STRING URL: https://string-db.org/cgi/network?identifiers=...
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```
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### 3. Ka/Ks分析修复 ✅
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#### 3.1 工具路径修复
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- **MUSCLE**: 使用 `conda run -n test4py311 muscle`
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- **pal2nal.pl**: 使用 `conda run -n test4py311 pal2nal.pl`
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- **yn00**: 使用 `conda run -n test4py311 yn00`
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#### 3.2 Pipeline参数修复
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- 修复 `-p` 参数为 `--prefix-name`
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- 文件: `apps/web/pipeline_backend.py`
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#### 3.3 shutil错误修复
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- **问题**: 局部 `import shutil` 导致变量作用域问题
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- **修复**: 删除PEP和PPI阶段的局部 `import shutil`
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- **文件**: `apps/web/pipeline_backend.py`
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#### 3.4 测试验证
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- Ka/Ks分析成功执行 (7/8 pairs)
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- 结果文件正确生成并复制到 `final/`
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- 执行时间: ~20秒（正常）
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### 4. 前端参数确认强制化 ✅
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#### 4.1 问题
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- Agent模式下可能跳过参数确认对话框
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- 用户要求所有执行都必须经过参数确认
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#### 4.2 修复
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- 删除Agent自动执行分支
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- 强制所有执行都显示参数确认对话框
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- **文件**: `apps/web/vue3/index.html`
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#### 4.3 修改代码
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```javascript
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// 旧代码
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if (autoExecute.value) {
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doExecute(); // 直接执行
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} else {
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confirmDialogVisible.value = true;
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}
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// 新代码
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confirmDialogVisible.value = true; // 强制确认
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```
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### 5. 契约文档添加 ✅
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#### 5.1 新建契约文档
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- `gfa_core/schemas/stages/pep_contract_v1.md`
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- `gfa_core/schemas/stages/ppi_contract_v1.md`
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#### 5.2 契约内容
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- 阶段信息 (名称、描述、技能目录)
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- 输入契约 (必需/可选输入)
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- 输出契约 (final/ + analysis/ 产物)
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- Manifest结构示例
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- 依赖环境 (Conda + 工具)
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- 执行命令示例
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- 上下游依赖关系
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## 修改文件清单
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| 文件路径 | 修改类型 | 说明 |
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| `skills/pep/SKILL.md` | 新增 | 蛋白特征分析技能文档 |
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| `skills/pep/config.yaml` | 新增 | PEP技能配置 |
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| `skills/pep/run.py` | 新增 | PEP技能主程序 |
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| `skills/ppi/SKILL.md` | 新增 | PPI网络分析技能文档 |
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| `skills/ppi/config.yaml` | 新增 | PPI技能配置 |
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| `skills/ppi/run.py` | 新增 | PPI技能主程序 |
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| `gfa_core/schemas/stages/pep_contract_v1.md` | 新增 | PEP阶段契约 |
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| `gfa_core/schemas/stages/ppi_contract_v1.md` | 新增 | PPI阶段契约 |
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| `apps/web/pipeline_backend.py` | 修改 | PEP/PPI路由、Ka/Ks参数、shutil修复 |
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| `apps/web/vue3/index.html` | 修改 | 强制参数确认对话框 |
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| `apps/cli/run_kaks_v2.py` | 修改 | 工具路径修复 (muscle/pal2nal/yn00) |
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| `MEMORY.md` | 修改 | 更新技能化状态 |
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## 技能化状态更新
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| 阶段 | 技能目录 | 状态 |
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|------|----------|------|
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| pep | skills/pep/ | ✅ 已技能化 (2026-04-06) |
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| ppi | skills/ppi/ | ✅ 已技能化 (2026-04-06) |
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**总计**: 18/18 阶段技能化完成 (100%)
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## 已解决问题
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### 1. Ka/Ks `json` 未定义错误 ✅ (2026-04-07 00:26)
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#### 问题现象
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- 前端显示: `❌ Ka/Ks分析出错: name 'json' is not defined`
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- 实际: Ka/Ks技能执行成功，结果文件已生成
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- 用户反馈: 参数确认对话框没有弹出
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#### 根本原因
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**文件**: `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`
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**问题**: 缺少 `import json`，但代码中使用了 `json.load()`
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```python
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# 第2017行使用了json
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with open(kaks_manifest) as f:
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manifest = json.load(f) # ❌ NameError: name 'json' is not defined
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```
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**为什么之前没找到？**
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1. 错误被 try-except 捕获，返回了包装后的错误信息
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2. 日志显示 stdout 成功，但异常在结果解析阶段抛出
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3. 错误信息被误解为前端问题
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#### 修复方案
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```python
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# 文件开头添加
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import json
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```
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#### 调试过程
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1. 添加前端调试日志 (showConfirm/doExecute)
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2. 添加后端调试日志 (/api/execute)
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3. 分析日志发现错误来自 orchestrator.py
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4. 检查 orchestrator.py 发现缺少 json 导入
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5. 修复并验证
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#### 相关修改
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- `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`: 添加 `import json`
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## 记录时间
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*2026-04-06 22:14*
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*更新: 2026-04-07 00:26 (解决json错误)*
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