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Expression Skill - FPKM/TPM表达量绘图
概述
Expression 阶段负责基因家族成员的表达量可视化，不负责 DESeq2 差异表达统计。
两种模式
legacy/ standalone：使用用户上传或 GEO 获取的 FPKM/TPM 矩阵、单 target 家族成员 ID、sample.txt绘制表达热图、相关性热图和表达分布图。scope 模式必须写入analysis_route、member_set_id和stage_context。rnaseq_auto：由rnaseq_de自动触发，复用 RNA-seq quant/sample_qc/de 产物生成表达图；结果归属 RNA-seq scope，展示在rnaseq_de下。
输入
- standalone：
expression_matrix、gene_id_file、sample.txt，或geoId自动下载矩阵与样本信息。 - rnaseq_auto：FPKM、TPM、VST、sample_table、DE目录，通常由后端自动传入。
输出
- standalone：
{prefix}.expression.gene-exp.heatmap.*、{prefix}.expression.gene-cor.heatmap.*、{prefix}.expression.gene-exp.hist.*、{prefix}.expression.manifest.json。 - rnaseq_auto：
{prefix}.rnaseq_expression_plot.*与 expression manifest；若同 prefix 已有 gene-family scoped expression manifest，使用{prefix}.rnaseq_expression.manifest.json避免覆盖。
关键约束
- 不要把 RNA-seq DE 自动表达图当作 standalone Expression 完成状态。
- 不要放宽 stage status 的 strict identity 校验；应在 manifest 中补齐身份字段。
- Expression 的差异表达统计由
rnaseq_de阶段负责。