docs(bioflow): A2 任务书追加 FlowStore 对接契约；契约文档计数 59→60（dev 新增 wgs_impute 契约）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>

docs/team/brief_bioflow_dev2_p1.md

@@ -44,3 +44,9 @@ B. BFF 两处最小改动：
 
 ## 【完成标准】
 报告写入后，最终回复明确写「BIOFLOW DEV2 P1 完成」+ 报告路径 + 自测通过数
+
+## 【P6 对接补充（2026-09-05 TL 追加，A4 已交付）】
+planner.py 的知识库检索对接 vstore/flow.py 的 FlowStore 本地实例（不是 8094 HTTP API）：
+- flow_docs 集合：vstore/data/flow_docs/（index.json + chunks/*.json 明文）；块字段约定见 docs/team/report_bioflow_dev4.md §5（source 三源 corpus|stage_contract|skill、title_path、heading、stage_name、cite{anchor,line}、keywords 二档检索等）
+- 检索方式：FlowStore.search 混合检索（向量+词面双通道）；对话咨询引用块携带 cite 字段供前端跳转（跳转渲染由 A3 对接）
+- 生产入库：vstore/scripts/ingest_flow_docs.py（幂等可重跑）；语料 106 文件/724 块已切好

docs/team/brief_bioflow_dev4_p6.md

@@ -9,7 +9,7 @@
 A. 语料切块入库（vstore 新增独立集合 flow_docs，不混入既有公文/资料集合）：
    - 语料源（按优先级）：
      1) Obsidian《PlantAI_现有分析全流程_基因家族_RNAseq_WGS_GWAS》——TL 已导出副本到仓库 docs/bioflow_corpus/PlantAI_现有分析全流程_基因家族_RNAseq_WGS_GWAS.md（79 章，只读使用；入库脚本以该副本为源，不依赖 Obsidian）
-     2) dev 的 gfa_core/schemas/stages/*_contract_v1.md（59 份阶段契约，复制源 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-dev/，只读）
+     2) dev 的 gfa_core/schemas/stages/*_contract_v1.md（60 份阶段契约，复制源 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-dev/，只读）
      3) 技能说明（dev docs 内分析方法说明，只读）
    - 切块策略：按章/节切块，块含标题路径 + 原文 + 源文件标记；入库脚本 vstore/scripts/ingest_flow_docs.py（幂等可重跑）
 B. 生信对话内流程咨询：检索 flow_docs 集合 → 答案含引用原文（引用块带源文件与章节定位，UI 可跳转——跳转渲染与 A3 协作，接口约定写入报告）

docs/team/report_bioflow_dev1.md

@@ -0,0 +1,97 @@
+# BIOFLOW DEV1 P0 报告（开发 agent A1）
+
+工作分支: feature/bioflow-conversation-orchestration（保持，未切换）
+报告逐节追加，每完成一步写一节。
+
+## 0. 探索发现（写盘前记录）
+
+- dev 仓库实际布局: apps/cli(92文件)、gfa_core/(顶层,30+模块)、scripts/(顶层,2.2G 其中 bge-m3-model 2.2G)、assets/(顶层,examples+hmm)
+  - 任务书路径 apps/gfa_core 与 apps/scripts 在 dev 实际位于顶层，按目标 bioflow_kernel/{cli,gfa_core,scripts,assets/hmm} 复制，与 dev 顶层同构（保 parents[2] 机制）
+- parents[2] 机制: cli/run_*.py 中 PROJECT_ROOT = Path(__file__).resolve().parents[2]
+  - dev: dev/apps/cli/run_x.py → parents[2] = dev/
+  - 镜像内: /app/cli/run_x.py → parents[2] = /app/（内核树放 /app/{cli,gfa_core,scripts}，需内核 assets/hmm 或挂载）
+- BBA_* 环境变量已存在于 dev 源码: BBA_PFAM_DIR/BBA_DISABLE_RAG_PFAM_LOOKUP/BBA_CONDA_SH/BBA_RAG_* 均已实现（dev 侧已完成部分容器化准备）
+- 金标: test_input/ 含 Ft 四件套 + SBP.hmm + SPL_Ath.fasta 参考；预期 test_final/identify/combine/Ft.SPL.combined.ids = 24 ID
+- 硬编码超限: /home/xzq/miniconda3 硬编码 87 处/39 文件（详见 §4），>3 处 → 按纪律交 TL 裁决（见 §4），本 agent 不自行扩散修改
+- bioflow-data/ 尚未创建（team_context 称 TL 建；若金标跑前仍无，将记入报告并尝试自建软链）
+- 18 基因家族链入口定义: gfa_core/mas/utils/intent_parser.py CORE_STAGES = 15 阶段（identify/phylogeny/motif/domain/structure/combo/promoter/tfbs/synteny/interspecies_synteny/karyotype/pep/ortholog/kaks/ppi）
+  + workflow 前置链: genome_prepare(准备)、reference_classification(亚家族预测)、subfamily_confirm(亚家族确认)
+  任务 F 采用此 18 入口执行 --help 冒烟（原 CORE_STAGES 15 + genome_prepare + identify_refine + gene_family_report 或 reference_classification/subfamily_confirm 的取舍最终以 §8 为准）
+- run_kaks.py 不存在，入口为 run_kaks_v2.py（阶段名 kaks）
+- 环境: docker 权限 OK（docker ps 成功）、磁盘 /home 12T 可用、conda 环境齐全（test4py311 py3.11.14/16G、rnaseq 6.3G、rnaR 2.7G、ASAW 5.4G/py3.8、interproscanpy311 777M/py3.11.15）
+- conda-pack 可用（/home/xzq/miniconda3/bin/conda-pack）；编译基线 compile_sdk.sh 已读，白名单机制明确（支持改造为 glob）
+- 编译陷阱记忆（来自记忆文件）: scp 散落文件易漏编译；compile_sdk.sh 三参用法 <source-root> <output-dir> [python]
+
+## 1. 内核树复制（完成）
+
+目标 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/bioflow_kernel/，源 PlantAI-dev 只读零改动：
+
+| 子目录 | 来源 | 文件数 | 说明 |
+|---|---|---|---|
+| cli/ | dev/apps/cli/ | 94 | 92 文件全量 + 2 隐藏文件，含 legacy 变体(pep_legacy/v2_preview) |
+| gfa_core/ | dev/gfa_core/（dev 顶层，非 apps/ 下） | 277 | 30+ 模块 + mas/ + pipelines/ + templates/ + schemas/ + workflows/ |
+| scripts/ | dev/scripts/（dev 顶层） | 157 | 排除 bge-m3-model 2.2G；pep_v2 包与 tree_domain.R 齐全 |
+| assets/hmm/ | dev/assets/hmm/ | 1 | SBP.hmm |
+
+- rsync -a --exclude __pycache__ --exclude *.py.bak*（dev 有 .bak_20260716 文件排除）
+- 一致性: diff -r cli vs dev/apps/cli 退出码 0（完全一致）
+- 总计 529 文件 11M
+- dev 仓库未做任何写入（只 rsync 读）
+
+## 2. 源码适配 B（完成）
+
+### B3: from apps.cli → from cli 机械替换
+- 替换范围: bioflow_kernel/{cli,gfa_core,scripts} 全树
+- 方式: sed -i "s/apps\.cli/cli/g"（逐文件）
+- 命中: 66 处（25 处 import 语句 + 约 41 处 -m 模块名/runner 标注等字符串与路径，一并替换保持一致性）
+- 替换后 grep "apps\.cli" = 0
+- 剩余 "apps" 引用（未改，照抄 dev，涉及 12 文件）:
+  * PROJECT_ROOT / "apps" / "cli" / run_x.py 路径拼接（orchestrator/stage_tools/stage_registry/identify_tool/diagnosis/run_phylogeny）
+  * from apps.web.pipeline_backend import（diagnosis/stage_tools/pipeline_with_repro）——apps.web 不在内核树，import 时会失败；但只在 dev 编排路径触发，内核树入口 -m cli.run_x 不触发（记录）
+  * scripts/check_autofill_regression.py 引用 apps/web/vue3/index.html（诊断脚本，不参与阶段执行）
+  这些属于 dev 编排层遗留，不影响金标 identify 等价性；是否进一步适配交 TL 裁决（见 §4）
+
+### B1: CONDA_PREFIX 硬编码 → sys.executable 推导 + 环境变量覆盖
+- 文件: cli/run_identify.py（dev 行 53-58）
+- 改动: 新增 _derive_conda_prefix(): BBA_CONDA_PREFIX 环境变量优先 → 回退 sys.executable 推导
+  （exe 父目录名为 bin 则 prefix=bin 本身，否则 prefix=exe 所在目录；两种形态下 CONDA_BIN/CONDA_LIB 均正确推导）
+- 效果: 容器内 sys.executable=/usr/local/bin/python → CONDA_BIN=/usr/local/bin；宿主机 test4py311 内 python → CONDA_BIN=env/bin 行为与原硬编码完全一致
+- 原 87 处 /home/xzq/miniconda3 硬编码其余 86 处未动 → 记入 §4 交 TL 裁决（超 3 处纪律）
+
+### B2: pfam_mapping.json 候选链 + BBA_RAG_MAPPING_FILE
+- 文件: cli/run_identify.py 两处
+  1. get_pfam_from_rag(): BBA_RAG_MAPPING_FILE 优先 → 原有两条候补链（parents[2]/parents[1] / data/rag_db/pfam_mapping.json）
+  2. _pfam_alias_to_accession(): BBA_RAG_MAPPING_FILE 优先 → 回退 PROJECT_ROOT/data/rag_db/pfam_mapping.json
+
+## 3. 宿主冒烟（前置，正式在镜像内复跑）
+
+- 环境: /home/xzq/miniconda3/envs/test4py311/bin/python -B -m cli.run_X --help（test4py311 即 bioflow-gf 镜像包源）
+- 18 入口结果: 17 OK / 1 FAIL
+- FAIL: run_ortholog —— argparse help 未转义 %（--identity help 字符串含括号百分号）
+  - 对照: dev 原文件 apps.cli.run_ortholog --help 同样失败（上游 bug，非移植引入）
+  - 建议修复（一行，改 % 转义），交 TL 裁决后执行
+
+## 4. 硬编码裁决清单（>3 处，按纪律交 TL）
+
+全树 /home/xzq/miniconda3 硬编码 87 处 / 39 文件。已按要求只适配 run_identify.py 的 CONDA_PREFIX（§2 B1）。
+其余 86 处分三类，供 TL 裁决：
+
+A. 有环境变量覆盖的软硬编码（BBA_* 已实现，仅默认值硬编码，容器内运行时如无此工具调用不会触发；不改也不影响金标）:
+   - run_identify.py: BBA_CONDA_SH 默认 /home/xzq/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh（interproscan 支线）
+   - rnaseq_env.py: DEFAULT_CONDA_BASE + PLANTAI_CONDA_BASE 覆盖（整文件）
+   - project_paths.py: get_conda_base() CONDA_PREFIX/BBAV5_CONDA_BASE 覆盖 + ~/miniconda3 兜底
+
+B. 工具路径候选链（绝对路径第一个 + which 回退，容器内 PATH 有工具即自愈；run_identify 的 hmmsearch/hmmfetch 属此类，金标可过）:
+   - 分布: run_annotation/run_combo/run_domain/run_expression/run_fetch_expression/run_genome_prepare/
+     run_interspecies_synteny/run_kaks_v2/run_karyotype/run_motif/run_msa_region_plot/run_ortholog/
+     run_pep/run_phylogeny/run_ppi/run_promoter/run_reference_classification/run_structure/run_synteny/
+     run_tfbs/run_tree_plot 等 21+ 文件的 CONDA_BIN=.../test4py311/bin（纯 PATH 前缀，bin 缺失即跳过）
+
+C. 无回退的真硬编码（容器内会失效，但多为主机侧编排/诊断路径，容器阶段执行不触发）:
+   - gfa_core/mas/core/orchestrator.py、mas/tools/*、extension_stage/*、mas/agents/diagnosis.py、pipeline_with_repro.py
+     等 dev 编排层（内核树保留它们是满足依赖闭包，阶段执行走 -m cli.run_X 不经过）
+   - scripts/interspecies_tree.R、scripts/pep_v2/*.py 的 Rscript/python 绝对路径
+   - run_identify.py:2043/2059 hmmsearch/hmmfetch 绝对路径（属 B 类，有 which 回退，归入 B）
+
+建议裁决方向: A/B 类不改（默认值兜底已满足宿主行为一致）；C 类若未来需要在容器内跑 dev 编排层再适配。
+另外 §2 遗留的 apps.web 引用（from apps.web.pipeline_backend）同属 C 类编排层问题，一并待 TL 裁决。