docs(bioflow): 阶段0-PM 文档——PRD 新增 FR-BIO-032、UI_SPEC 生信组件规格、TEST_PLAN 生信分层与600门禁、团队上下文与六份任务书

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>

docs/PRD.md

@@ -14,7 +14,7 @@
 
 **使用场景**：桌面深度研究为主，**手机端随时查询为重要补充**（实验室、会议、田间）。
 
-**不做什么**：默认支持同会话上下文记忆（可在设置中关闭）（上游 `max_rounds:1`，每次提问独立检索）；不做文献全文阅读器；不做基因家族分析流程执行（那是 PlantAI-dev 的职责）。
+**不做什么**：默认支持同会话上下文记忆（可在设置中关闭）（上游 `max_rounds:1`，每次提问独立检索）；不做文献全文阅读器；（2026-09-05 起：生信流程执行经对话式编排进入，见 FR-BIO）。
 
 ---
 
@@ -323,3 +323,75 @@ UI 只展示后端真实返回的数据。**禁止**：占位假数据流入生
 SHELL: 001–007（7）｜THEME: 001–006（6）｜SESSION: 001–009（9）｜CHAT: 001–015（15）｜RETRIEVAL: 001–006（6）｜SOURCE: 001–006（6）｜EXTRACT: 001–006（6）｜KG: 001–008（8）｜RESP: 001–013（13）｜HEALTH: 001–005（5）
 
 **合计 81 个功能点。** 测试用例追溯矩阵必须覆盖全部 81 项（FR-RESP-013 标注为可选，仍需有用例但允许标记为 N/A）。
+
+---
+
+## 16. FR-BIO 生信流程编排（对话式）
+
+模块范围：在对话界面用自然语言驱动 73 个生信分析阶段（基因家族 21 / RNA-seq 14 / WGS 14 / 群体 5 / GWAS 9+报告）的路径规划、数据文件引导、参数确认、执行过程展示、报告生成调整、任务存档与存档复用；新增「生信任务」「生信档案」两个工作台面板；流程文档知识库问答并入生信对话；三形态部署（只 rag / 只生信 / 同部署）。
+
+**FR-BIO-001 意图分流**：用户消息含生信分析意图（分析类动词 + 基因家族名/分析对象，如「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」；或存档复用句式「用 XXX 存档任务的方法帮我跑 xxxx」）→ 走生信流。（验收：命中句进入生信流；不命中句照旧走 qa，漏判安全）
+
+**FR-BIO-002 分析路径引导**：系统先回复可用分析步骤路径候选（2-3 条，依据阶段目录+流程知识库生成），渲染为可点选路径卡；用户可点选或自然语言描述修改。（验收：SPL 询问 → 回复含 2-3 条候选路径卡，每条含阶段序列与用途）
+
+**FR-BIO-003 路径校验与前置补全**：LLM 候选路径经阶段目录硬校验，未知阶段直接拒绝；缺失的前置阶段自动补全并在回复中明示。（验收：伪造阶段名被拒；跳过中间阶段时前置被补全且可见）
+
+**FR-BIO-004 路径确认卡**：最终阶段链以确认卡展示（逐阶段名称/用途/预计耗时），用户确认后创建任务。（验收：确认卡逐阶段可读；确认后生信任务面板出现新任务）
+
+**FR-BIO-005 数据文件引导**：阶段执行前检查输入文件；缺失时自然语言告知「请将 xxx 数据文件拖入窗口上传至服务器，或在聊天窗口中指定数据文件的具体路径」，附文件引导卡。（验收：起始阶段缺 fasta → 出现该提示与文件引导卡）
+
+**FR-BIO-006 拖拽上传**：文件引导卡支持拖拽/点击上传；XHR 上传实时进度（百分比）；支持大文件（≥456M 基因组）。（验收：拖入文件 → 进度条推进至 100%；大文件不断流）
+
+**FR-BIO-007 服务器路径登记**：用户可直接在聊天里输入服务器文件路径字符串登记为阶段输入。（验收：输入合法路径 → 输入检查通过；非法路径 → 明确报错）
+
+**FR-BIO-008 参数确认表单**：阶段执行前对话告知「XXXX 步骤，可调整参数如下，可按需调整，调整完毕后继续」，并显示可编辑参数表单卡（默认值带来源标注）。（验收：每个阶段执行前出表单卡；默认值=契约文档/参数预填值且来源可见）
+
+**FR-BIO-009 继续执行**：用户编辑参数后点「继续」按钮，该阶段按表单值执行。（验收：改一个参数 → 执行命令使用新值）
+
+**FR-BIO-010 自动连续执行开关**：开启后按推荐参数自动连续跑完全程；可随时暂停切回手动。（验收：开启后阶段间不等待表单确认自动推进；暂停后停在下一阶段前）
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+**FR-BIO-011 阶段进度卡**：阶段链确定后生成进度卡（与现有流水线卡同款视觉）；随执行逐阶段流转（等待/运行/完成/失败/跳过）；运行中阶段显示实时日志尾部。（验收：执行中进度卡逐阶段点亮、日志尾滚动更新）
+
+**FR-BIO-012 失败三选一**：失败阶段标红，卡片内提供「重跑/跳过/改参数重跑」三按钮。（验收：注入失败阶段 → 标红 + 三按钮出现；三种处置各自生效）
+
+**FR-BIO-013 长链折叠**：阶段超过 10 个自动折叠为分组视图，可展开。（验收：>10 阶段链显示分组折叠；展开可见全部）
+
+**FR-BIO-014 断线回放**：SSE 断线重连后按任务快照整体回放进度卡状态。（验收：断网 30s 重连 → 卡片恢复当前状态，无进度丢失）
+
+**FR-BIO-015 报告生成**：任务最后阶段运行报告链，生成图文并茂单文件 HTML（图 base64 内嵌 + 各阶段 manifest 事实数据）。（验收：报告含图与阶段结果汇总，浏览器可打开）
+
+**FR-BIO-016 报告预览**：报告登记进文档工作台，DocPane 预览（白底）。（验收：任务完成后文档 TAB 出现报告，预览白底图文正常）
+
+**FR-BIO-017 报告编辑**：可像公文一样就地编辑文字、用 prompt 调整排版（走现有编辑链路）。（验收：改文字落盘；prompt 排版指令生效）
+
+**FR-BIO-018 报告导出**：导出 PDF/DOCX。（验收：两种格式下载成功且文件可打开）
+
+**FR-BIO-019 图表调整**：图表类 prompt（如「xxx 图表颜色换成红色」）解析为绘图参数 → 重跑产生该图的阶段 → 新图回填报告并刷新预览；纯文字排版指令走 docgen 编辑。（验收：换色指令后报告图更新为新颜色）
+
+**FR-BIO-020 任务存档提示**：任务完成后对话提示「本次生信任务已完成，是否存档？可按你的要求命名并描述」；用户可放弃。（验收：完成即出存档提示；放弃不存档无副作用）
+
+**FR-BIO-021 存档执行与状态回复**：按用户要求存档（过程记录、中间文件、结果文件、报告），完成后回复存档状态（名称/位置/大小）。（验收：存档后回复含上述三要素；磁盘档案目录存在）
+
+**FR-BIO-022 档案回看**：「生信档案」面板可找出历次任务回看（详情/产物/报告）。（验收：存档任务出现在档案列表，详情可看）
+
+**FR-BIO-023 存档方法复用**：按名称匹配存档（精确优先，模糊给候选）→ 装载阶段链与参数 → 表单预填存档值 → 按确认参数发起新任务。（验收：「用 XXX 存档任务的方法帮我跑 yyy」→ 表单预填 XXX 参数 → 新任务按此执行）
+
+**FR-BIO-024 生信任务面板**：「生信任务」面板：任务列表/阶段 DAG/进度/manifest 与日志浏览/重跑。（验收：多任务浏览流畅；manifest 与日志可读；重跑成功）
+
+**FR-BIO-025 探活显隐**：启动时探测 /api/bioflow/health；不可达则隐藏生信 TAB 与块分支（只部署 rag 的前端自动退化为无生信界面）。（验收：停 8098 刷新 → 生信入口消失；恢复后出现）
+
+**FR-BIO-026 流程知识库问答**：生信对话内流程咨询（如「identify 需要什么输入」），答案含引用原文，UI 可跳转原文。（验收：咨询回复含引用块且可跳转；评估集通过率 ≥90%）
+
+**FR-BIO-027 三形态部署**：只部署 rag（BIOFLOW_ENABLED 默认关 → 反代不注册、前端无生信痕迹）；只部署生信（8098 直连不依赖 BFF，报告降级为下载 HTML）；同部署（反代启用+前端显形）。（验收：三形态各自冒烟通过）
+
+**FR-BIO-028 独立服务与数据**：生信服务独立进程 8098 + 独立 SQLite bioflow.db；BFF 仅流式反代 /api/bioflow/*（BIOFLOW_ENABLED 开关）+ 报告登记端点。（验收：停 BFF 生信服务仍可直连工作；BFF 重启不影响生信任务）
+
+**FR-BIO-029 Docker 执行**：每阶段以 docker run --rm 拉起对应镜像执行，--cpus/--memory 资源限制，--user 宿主机 uid，BIOFLOW_DATA 只读挂载。（验收：执行日志含资源参数；容器退出即清理）
+
+**FR-BIO-030 内核等价性**：金标 SPL identify 输出 24 成员 ID 与 dev 预期输出集合全等。（验收：diff 命令输出为空）
+
+**FR-BIO-031 并发与恢复**：全局并发信号量上限 3（可配）；生信服务重启后从 DB 恢复 in-flight 任务并续跑。（验收：第 4 个并发任务排队；重启服务后任务续跑不重跑已完成阶段）
+
+**FR-BIO-032 发布与编译**：生信服务 .so 编译流水线（compile_bioflow.sh）+ 内核 4 镜像构建（build_all.sh）+ rag 侧 BIOFLOW_ENABLED 装配开关。（验收：两条流水线各自产出；SHA256SUMS 与泄露门禁通过）
+
+BIO: 001–032（32）｜上述 81 + BIO 32 = **合计 113 个功能点**。生信用例追溯必须覆盖全部 32 项 FR-BIO（规模与门禁见 TEST_PLAN §10）。

docs/TEST_PLAN.md

@@ -93,3 +93,41 @@ python sdk/mock/mock_server.py             # 127.0.0.1:8099
 3. 缺陷清单表：编号 | 级别 | TC | 归属 agent | 现象 | 预期 | 证据路径
 4. 上轮缺陷修复确认表：BUG 编号 | 是否修复 | 本轮对应 TC 结果
 5. 遗留问题与风险
+
+---
+
+## 9. 生信编排测试分层（FR-BIO 专属，在 §1 基础上扩展）
+
+| 层 | 工具 | 归属 | 覆盖对象 | 运行方式 |
+|---|---|---|---|---|
+| L1 生信服务单元 | pytest | 开发 agent 自测 | runner 状态机全路径、manifest 解析、db 三表迁移、错误信封（mock docker 执行） | `pytest tests -m bioflow_unit` |
+| L2 生信服务接口 | pytest + respx | T 主写 | 20 个端点正常/参数校验/错误/降级/边界；SSE 事件序；断线回放快照（mock LLM/vstore/docker） | `pytest tests -m bioflow_api` |
+| L2s 生信冒烟 | 脚本 | T | 金标 docker 等价性（24 ID diff）、镜像构建、18 入口 --help（手动触发，不在每轮） | `bash bioflow_kernel/tests/smoke_golden.sh` |
+| L3 前端单元 | Vitest | 开发自测 + T | bioflow store、意图分流用例表（前后端同表双跑） | `cd ui && npx vitest run` |
+| L4 前端组件 | Vitest + @vue/test-utils | 开发自测 + T 补写 | 五卡片+两面板全状态 + UI 动作矩阵 | 同上 |
+| L5 端到端 | Playwright | T | §11 九条主线 × 三档视口 | `npx playwright test` |
+| L6 验收 | TL 亲自 | TL | 金标+七项引导端到端+三形态+全量回归 | 终验 |
+
+## 10. 生信用例规模与覆盖门禁（用户要求，阶段 0 复查放行）
+
+1. **规模门禁**：TEST_CASES.md 生信部分用例总数 **≥600 条**（P6 评估集 30-50 条另计）。分组建制：后端 L1/L2 ~230、前端 L3/L4 ~220、E2E L5 ~105、三形态+回归+P0/P6 冒烟 ~60。
+2. **追溯门禁（主门禁）**：每个 FR-BIO 至少 1 条 TC、无孤儿 TC（双向完整）。
+3. **UI 动作矩阵**：每个可交互元素（按钮/开关/输入框/拖放区/可选卡片）按动作逐一覆盖：点击/双击/悬停/键盘 Enter 与 Esc/拖入/悬停拖放/离开/聚焦/失焦/禁用态/加载中态——每条 TC 一个元素×一个动作。
+4. **七项引导**：每条引导都有 UI 显示断言 + 操作断言；上下游动作（BFF 反代、报告登记、fig:// 渲染、docker 执行、manifest 判成败、SSE 事件序、断线回放、vstore 检索）都有接口级用例。
+5. 阶段 0：T1 编制 → TL 逐条复查，不达标返工，达标才放行开发 agent。
+
+## 11. 生信 E2E 必测主线（三档视口各独立编号，视口后缀 M/T/D）
+
+1. **BIO-E2E-01 主流程**：「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」→ 2-3 条候选路径卡 → 点选 → 路径确认卡 → 确认 → 文件引导卡 → 拖拽上传金标数据（进度条）→ 参数表单（改一个参数）→ 点继续 → 进度卡逐阶段流转（含日志尾）→ 报告预览 → 导出 PDF → 存档提示 → 存档 → 状态回复
+2. **BIO-E2E-02 自动连续**：开启自动连续开关 → 全程不等待表单自动推进 → 中途暂停 → 停在下一阶段前
+3. **BIO-E2E-03 失败注入**：mock 使某阶段失败 → 进度卡标红 + 三选一 → 重跑成功 / 跳过生效 / 改参数重跑生效
+4. **BIO-E2E-04 断线回放**：执行中切断 SSE（mock 或代理）→ 重连 → 进度卡恢复当前状态
+5. **BIO-E2E-05 存档复用**：「用 XXX 存档任务的方法帮我跑 yyy」→ 名称匹配 → 表单预填 → 新任务执行
+6. **BIO-E2E-06 探活显隐**：停 8098 → 刷新 → 生信 TAB/块隐藏；恢复 → 出现
+7. **BIO-E2E-07 图表调整**：「xxx 图表颜色换成红色」→ 重跑绘图阶段 → 新图回填 → 预览刷新
+8. **BIO-E2E-08 知识库问答**：「identify 阶段需要什么输入」→ 答案含引用块 → 跳转原文
+9. **BIO-E2E-09 三档视口**：三档布局断言（卡片/面板/进度卡不溢出、触控目标 ≥44px 移动端）
+
+## 12. 生信轮次报告追加项（在 §8 模板上扩展）
+
+首页统计加：BIO FR 总数/已覆盖/未覆盖清单、生信用例总数（≥600 门禁核对）、UI 动作矩阵执行数；缺陷清单归属填 agent 代号（A1-A4）。

docs/UI_SPEC.md

@@ -244,3 +244,75 @@ if (t === 'light' || t === 'dark') document.documentElement.dataset.theme = t;
 ## 7. 组件类名复用约定
 
 B2/B3 组件必须复用 B1 在 `styles/base.css` 与原型中定义的类名，**不得另起炉灶**：`app-shell`、`top-bar`、`logo`、`badge`、`session-panel`、`session-item`、`status-dot`、`chat-panel`、`msg`、`bubble`、`msg-head`、`agent-avatar`、`md-table`、`code-block`、`pipeline-card`、`p-step`、`tool-card`、`stream-wrap`、`stream-text`、`stream-cursor`、`shimmer-line`、`composer`、`mode-pill`、`send-btn`、`bench-panel`、`bench-tabs`、`bench-tab`、`chip`、`ft-item`、`prog-item`、`prog-track`、`prog-fill`、`preview-block`、`status-bar`、`agent-dot-item`、`drawer`、`drawer-scrim`。
+
+---
+
+## 8. 生信流程编排组件规格（FR-BIO，BioFlow）
+
+通用纪律：全部使用现有 `--pa-*` 令牌；新类名集中声明（§8.7）；前端逐字复刻本节 CSS 关键值，不得自行美化；深浅主题由令牌自动适配。
+
+### 8.1 路径选择卡（`flow-path-card`）
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| 卡体 | surface-1 + hairline，r-lg，padding 14px 16px，margin 14px 0 |
+| 标题 | 「🧬 分析路径选择」12.5px/600/ls .3px |
+| 候选路径行 | 每行 padding 8px 10px，r-md，hover surface-3；行内阶段序列 12px ink-muted，首阶段加粗 ink |
+| 选中态 | 行 border 1.5px `--pa-g-from` + 背景 `color-mix(in srgb, var(--pa-g-from) 8%, transparent)` |
+| 确认按钮 | 「确认此路径」`--pa-gradient` 底白字 12.5px/600，r-md padding 7px 14px；无选中时禁用（opacity .45） |
+
+### 8.2 参数表单卡（`flow-form-card`）
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| 卡体 | 同 8.1 |
+| 标题 | 「⚙ XXXX 步骤 · 可调整参数」12.5px/600/ls .3px |
+| 字段行 | label 12px ink-muted 宽 96px 固定；input surface-1 + hairline，r-sm，padding 6px 10px，focus border `--pa-g-from` |
+| 来源标注 | 每字段下方 11px ink-subtle（如「默认值来源：阶段契约文档」） |
+| 继续按钮 | 「继续」`--pa-gradient` 白字 12.5px/600，r-md padding 7px 16px |
+| 自动连续开关 | 「自动连续执行」12px ink-muted + 现有 switch 样式（`mode-pill` 同款开关） |
+
+### 8.3 文件引导卡（`flow-file-card`）
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| 卡体 | 同 8.1 |
+| 拖放区 | border 2px dashed `--pa-hairline-strong`，r-lg，padding 24px，居中提示 12px ink-subtle |
+| 拖入态 | border-color `color-mix(in srgb, var(--pa-g-from) 45%, transparent)` + 背景 `color-mix(in srgb, var(--pa-g-from) 8%, transparent)` |
+| 进度条 | 复用 `prog-track`/`prog-fill`（track surface-2 r-pill 高 4px；fill `--pa-gradient`），旁注百分比 11px mono |
+| 路径输入行 | input 同 8.2 + 「登记路径」pane-btn 同款 12px |
+
+### 8.4 阶段进度卡（`bioflow-progress-card`）
+
+结构/状态点/连接线/相位色**复用 §4.4 pipeline-card 全部令牌**（done=`--pa-t-done` 底白 ✓、running=相位色底 ● + pulse、waiting=surface-3 底 ◌）；新增两态与附加区：
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| failed 态 | `--pa-error` 底 ✕，状态文字 error 色 12px/600 |
+| skipped 态 | `--pa-ink-subtle` 底 ◌，状态文字 ink-subtle |
+| 日志尾区 | 仅 running/failed 阶段展开：`--pa-code-bg` 底，mono 11px，padding 8px 10px，max-height 96px 滚动，随 SSE 追加 |
+| 三选一按钮 | 仅 failed：重跑/跳过/改参数重跑，pane-btn 同款 12px，gap 8px |
+| 折叠 | 阶段 >10 自动分组折叠（组头 12px/600 + 展开箭头），默认展开运行中所在组 |
+
+### 8.5 存档提示卡（`flow-archive-card`）
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| 卡体 | 同 8.1 |
+| 文案 | 「本次生信任务已完成，是否存档？可按你的要求命名并描述」12.5px |
+| 输入 | 名称输入行同 8.2 input |
+| 按钮 | 「存档」`--pa-gradient` 12.5px/600；「放弃」pane-btn 同款 12px |
+
+### 8.6 面板（`biojobs-pane` / `bioarchive-pane`）
+
+| 元素 | 规格 |
+|---|---|
+| 面板容器 | 复用 bench 面板容器（§4.7），TAB 走现有 `bench-tab` |
+| 列表项 | 复用 `session-item` 形态：标题 13px + 状态徽章（同 §4.2） |
+| 阶段 DAG | 纵向 2px hairline 连接线（同 §4.4 连接线令牌），节点 8px 圆点按阶段状态取色 |
+| manifest/日志 | 复用 `code-block`（mono 12px，code-bg，滚动） |
+| 操作按钮 | pane-btn 同款（重跑/删除/复用发起） |
+
+### 8.7 生信类名复用约定（在 §7 清单上追加）
+
+`flow-path-card`、`flow-form-card`、`flow-file-card`、`bioflow-progress-card`、`flow-archive-card`、`biojobs-pane`、`bioarchive-pane`。其余（按钮/输入/进度条/徽章/面板容器）一律复用 §7 既有类名，不得另起炉灶。

docs/bioflow_team_context.md

@@ -0,0 +1,38 @@
+# 服务器关键环境事实（生信编排实施团队共享上下文，2026-09-05 实测）
+
+【分支与身份】
+- 工作分支: feature/bioflow-conversation-orchestration（基于 main 4749f77，含 docgen 两批修复）
+- git 身份: admin <jerryhaozhang@gmail.com>（仓库级已配置）；不 commit/push（由 TL 统一决定）
+- 仓库: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new
+
+【路径】
+- 部署根: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/plantai-rag-new-deploy-unified/（sdk/ + ui/）
+- venv: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/plantai-rag-new-venv/bin/python（py3.12.13）
+- 移植源（只读，零改动）: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-dev/（apps/cli 92 文件含 84 个 run_*；gfa_core 依赖闭包）
+- dev 数据: /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/data/hmm/（Pfam-A.hmm 1.8G + 索引）；金标在 PlantAI-dev/assets/examples/test_input/（519M + 24 成员 ID 预期）
+- 生信数据根（TL 建）: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/bioflow-data/（hmm/ 软链 + rag_db/pfam_mapping.json）
+
+【端口】8090 BFF / 8091 QA（金标，零改动）/ 8092-8093 legacy RAG / 8094 vstore / 8095 crm / 8098 生信服务（新建）/ 8099 mock / 5180 vite dev
+【conda 环境（镜像构建的包清单来源，容器运行时不用 conda）】test4py311(py3.11.14，基因家族) / rnaseq(py3.11.15) / rnaR(py3.14.3) / ASAW(py3.8.18，WGS-GWAS-群体) / interproscanpy311
+【4 镜像】bioflow-gf / bioflow-rnaseq / bioflow-wgs / bioflow-interproscan
+【LLM】沿用 docgen 直连模式（DOCGEN_LLM_* 键）；vstore 用 ollama bge-m3:567m
+【docker】已有运维先例（plantai-protected 4 容器）；生信容器 --user xzq uid、--rm 一次性、BIOFLOW_DATA 只读挂载
+
+【团队纪律（所有 agent 必须遵守）】
+1. 所有改码只在服务器仓库（经 ssh xzq@8.163.92.8 -p 26518 执行），且只在 feature/bioflow-conversation-orchestration 分支
+2. 开发 agent 只动自己任务书列出的文件；不越界；发现需改其他文件 → 记入报告交 TL 裁决
+3. 零改动：QA 树（8091）、PlantAI-dev 仓库（只读复制源）、ui/src/stores/modes.js、ui/src/i18n/labels.js、ui/src/stores/bench.js(store)、ui/src/api/qa.js、ui/src/sse/parser.js、services/docgen 既有代码（report 模板由 A3 经 TL 协调增量新增）、tooling/compile/compile_sdk.sh（内核/生信服务各自复制副本改白名单，不改原脚本）
+4. 不 commit、不 push、不部署、不重启生产进程（编译/部署/镜像构建发布由 TL 执行）
+5. 不连生产端口探测（8090/8091 运行中服务）
+6. 单元测试只跑不依赖生产服务/网络的（mock/fixture/tmpdir）；全量 pytest/vitest 由 TL 统一执行
+7. 每个 agent 有独立工作目录（见各任务书），互不写入
+8. 服务层代码只用 dataclass/dict（Cython 编译纪律，勿用 pydantic 模型）；新增 pydantic 模型只放明文白名单 schemas.py
+9. 明文安全：凭据绝不写入报告/日志/仓库
+10. 产出报告写在本任务书指定的报告文件
+
+【需要改代码前必读的仓库文件】
+- tooling/compile/compile_sdk.sh（编译机制，复制改白名单的基准）
+- sdk/app/main.py、sdk/app/config.py（BFF 反代注册点与配置键，A2）
+- ui/src/components/chat/PipelineCard.vue、AssistantMessage.vue、Composer.vue、ui/src/stores/chat.js、ui/src/components/bench/BenchPanel.vue、ui/src/components/layout/AppShell.vue（A3）
+- docs/PRD.md §16（FR-BIO-001~032）、docs/UI_SPEC.md §8、docs/TEST_PLAN.md §9-12（需求与门禁唯一来源）
+- docs/TEST_CASES.md 生信部分（T1 产出，用例唯一来源）

docs/team/brief_bioflow_dev1_p0.md

@@ -0,0 +1,39 @@
+# 任务书：开发 agent A1 —— P0 内核移植与金标等价性验证
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. 本任务书 + 模块职责边界
+3. docs/PRD.md §16（FR-BIO-029 内核等价性 / FR-BIO-030 Docker 执行 / FR-BIO-032 发布编译）
+
+## 职责范围（只动 rag-new 仓库内 bioflow_kernel/ 目录；PlantAI-dev 只读复制源，零改动）
+A. 复制内核树（源 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-dev/，目标 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/bioflow_kernel/，与 dev 顶层同构以保 parents[2] 机制）：
+   - apps/cli/ → bioflow_kernel/cli/（92 文件全量，含 legacy/变体如 run_pep_legacy_*.py，保证引用完整；阶段目录以 gfa_core/mas/stage_catalog.py 的 73 阶段为准，入口多于阶段数属正常）
+   - apps/gfa_core/ → bioflow_kernel/gfa_core/（30 模块依赖闭包 + templates/ + schemas/）
+   - apps/scripts/ → bioflow_kernel/scripts/（tree_domain.R 等 R 脚本，入口用 __file__ 相对定位，必须随树走）
+   - apps/assets/hmm/ → bioflow_kernel/assets/hmm/（测试用 SBP.hmm）
+B. 源码适配（全部改动，逐条记录到报告）：
+   1. CONDA_PREFIX 硬编码 test4py311 绝对路径 → sys.executable 推导 + 环境变量覆盖（如 BBA_CONDA_PREFIX 优先；容器内 sys.executable 即镜像内解释器，同款逻辑成立）
+   2. run_identify.py 的 pfam_mapping.json 候选链 → 增加 BBA_RAG_MAPPING_FILE 环境变量优先
+   3. 交叉引用 from apps.cli.xxx import → from cli.xxx（约 21 处，目录名机械替换；逐一验证可 import）
+C. build.sh：复制 tooling/compile/compile_sdk.sh，唯一改动白名单数组（需支持 glob 或预生成路径清单）：cli/** 全部明文、gfa_core/mas/config.py 明文、gfa_core/mas/llm/** 明文、__init__.py 恒明文（脚本既有规则）。编译解释器 = 镜像内解释器（构建时传入）
+D. docker/：4 个 Dockerfile（bioflow-gf 源 test4py311 / bioflow-rnaseq 源 rnaseq+rnaR / bioflow-wgs 源 ASAW / bioflow-interproscan 源 interproscanpy311）+ build_all.sh（可选 --smoke 跑金标冒烟）
+   - 包清单：conda list --export 自各现有环境导出（这些环境金标验证过，从零装会版本漂移）
+   - 多阶段：基础镜像装工具 → COPY 内核源码 → 镜像内解释器跑 build.sh 编译 .so → 最终镜像只留 .so + 明文入口 + 模板/R 脚本资源
+   - 容器运行时无 conda；数据不进镜像（BIOFLOW_DATA 挂载）
+E. 金标等价性验证（P0 验收核心）：用 dev 的 assets/examples/test_input（Ft 物种 SPL：pep/cds/genome/gff3 + SBP.hmm）在 bioflow-gf 镜像内跑 identify，与预期输出 Ft.SPL.combined.ids（24 成员 ID）集合 diff 全等：
+   docker run --rm --user $(id -u xzq) -v <任务目录>/input:/job/input -v <任务目录>/workspace:/job/workspace -v /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/bioflow-data:/bioflow-data -e BBA_PFAM_DIR=/bioflow-data/hmm -e BBA_DISABLE_RAG_PFAM_LOOKUP=1 --cpus 16 --memory 64g bioflow-gf python -B -m cli.run_identify --input-dir /job/input --workspace /job/workspace --prefix Ft.SPL --cpu 16 --force
+F. 18 个基因家族链入口 --help 冒烟（python -B -m cli.run_xxx --help 均正常退出）
+G. 阶段 → 镜像映射表（基因家族链约 18 阶段 → bioflow-gf 等），产出 bioflow_kernel/stage_image_map.json（供 A2 的 kernel.py 查表；阶段参数加 image 字段可扩展）
+
+## 【纪律再强调】
+- 不碰生产容器/服务；镜像构建如需 TL 协助的权限/磁盘问题 → 记入报告等 TL
+- 只动 bioflow_kernel/；dev 仓库只读；不 commit/push
+- 适配改动保持最小：除 A/B 清单外一律照抄 dev，发现第 3 处以上需适配的硬编码 → 记入报告交 TL 裁决
+
+## 【自测要求】
+- 金标 diff 命令输出为空（24 ID 全等）；manifest 产出合规；镜像内 python -c "import gfa_core.xxx" 加载 .so 成功
+- 冒烟脚本沉淀为 bioflow_kernel/tests/smoke_golden.sh
+- 自测结果写入 docs/team/report_bioflow_dev1.md（完成清单、适配改动清单（逐条）、金标结果、冒烟结果、已知限制）
+
+## 【完成标准】
+报告写入 docs/team/report_bioflow_dev1.md 后，在最终回复中明确写「BIOFLOW DEV1 P0 完成」+ 报告路径 + 金标 diff 结果 + 自测通过数

docs/team/brief_bioflow_dev2_p1.md

@@ -0,0 +1,46 @@
+# 任务书：开发 agent A2 —— P1 生信服务地基（bioflow-service 8098 + BFF 最小反代）
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. 本任务书 + 模块职责边界
+3. docs/PRD.md §16（FR-BIO-028 独立服务 / FR-BIO-031 并发与恢复）、实施计划 §六（端点与三表清单）
+
+## 职责范围（新增 bioflow_service/ 独立部署树；BFF 仅两处最小改动）
+A. bioflow_service/ 部署树（仓库 /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/bioflow_service/）：
+   - app/config.py —— 配置键：BIOFLOW_IMAGE_MAP（镜像名映射，含 stage_image_map.json 路径）、BIOFLOW_DATA_ROOT、BIOFLOW_CONCURRENCY=3、BIOFLOW_JOBS_DIR、BIOFLOW_DB_PATH、DOCGEN_LLM_*（沿用 docgen 直连模式）、BIOFLOW_SERVICE_URL
+   - app/schemas.py —— pydantic 请求/响应模型（明文白名单文件，同 rag-new 规则）
+   - app/db.py —— 独立 SQLite bioflow.db 三张表 + 幂等迁移（沿用 docgen 同款模式）：bio_jobs（id/会话/标题/状态/阶段链 JSON/参数 JSON/档案 id/时间戳）、bio_stages（任务/阶段/状态/参数 JSON/manifest 路径/日志尾/起止）、bio_archives（id/任务 id/名称/需求摘要/阶段链+参数 JSON/报告制品 id/磁盘路径/大小/时间）
+   - app/services/bioflow/（全部 dataclass/dict/stdlib，禁 pydantic——Cython 编译纪律）：
+     * kernel.py —— Docker 执行器：按阶段→镜像映射表拼装 docker run --rm --user xzq uid -v 任务目录 -v BIOFLOW_DATA（只读）-e BBA_* --cpus/--memory，容器内 python -B -m cli.run_{stage}；超时/日志截取；命令拼装可 mock 断言
+     * catalog.py —— 阶段目录（从 gfa_core/mas/stage_catalog.py 移植定义 + 基因家族链约 18 阶段手写参数 schema YAML；参数 help 文案从入口 argparse 提取）；不用运行时反射
+     * manifests.py —— manifest 解析与校验（schema 随内核树）；跨阶段输入定位（上游 manifest 的 artifacts 路径）
+     * runner.py —— 任务状态机（逐阶段：检查输入→等待确认→docker run→读 manifest 判成败→推进/暂停）；事件总线（进程内 pub/sub 供 SSE）；并发信号量（BIOFLOW_CONCURRENCY 默认 3）；服务重启恢复（扫 DB 恢复 in-flight 续跑，不重跑已完成阶段）
+     * planner.py —— 路径规划（知识库检索 + LLM 生成候选路径→catalog 硬校验，未知阶段拒绝，前置补全明示）
+     * reports.py —— 报告登记（内核报告产物→docgen 报告登记端点协调，接口先以内部 HTTP 调 BFF 反代端点预留）
+     * archive.py —— 存档/复用（过程记录/中间文件/结果文件/报告打包落盘；名称匹配复用）
+     * llm.py —— LLM 调用（沿用 docgen deepseek 直连模式）
+     * params.py —— 参数预填（BBA_* 历史/契约文档→表单默认值）
+   - app/routers/bioflow.py、biojobs.py、bioarchives.py —— 端点按实施计划 §六清单实现（chat/stream SSE 入口、catalog、jobs 全套、files 上传（multipart 流式，大文件超时单独调大）、stages confirm/rerun/skip、pause/resume、manifest+日志尾 80 行、events SSE（事件类型全清单）、report revise、archives 全套）
+   - app/main.py —— FastAPI 组装；health 端点（/api/bioflow/health，前端探活用）
+   - build.sh —— 复制 tooling/compile/compile_sdk.sh 改白名单（明文：main.py/config.py/schemas.py/db.py + __init__.py 规则）；restart.sh
+   - tests/ —— pytest（-m bioflow_unit）：runner 状态机全路径（成功/失败/重跑/跳过/暂停/恢复/重启续跑/超时/日志截断/并发上限，mock docker 执行）、manifest 解析、三表迁移幂等、错误信封；端点用例（-m bioflow_api，respx/mock LLM+vstore+docker）
+B. BFF 两处最小改动：
+   1. 新增 sdk/app/routers/bioflow_proxy.py —— 流式反代 /api/bioflow/* → BIOFLOW_SERVICE_URL（SSE 不缓冲透传）；报告登记端点（生信报告→doc_artifacts，字段与 docgen 现有表对齐，协调 A3 的 report 模板）；BIOFLOW_ENABLED 为假时路由不注册
+   2. sdk/app/main.py —— 注册该路由 2 行（按 BIOFLOW_ENABLED 开关）
+   3. sdk/app/config.py —— 加 BIOFLOW_ENABLED（默认 false）、BIOFLOW_SERVICE_URL 两键
+
+## 【跨模块契约】
+- 阶段→镜像映射表由 A1 产出（bioflow_kernel/stage_image_map.json），kernel.py 读取之，A1 未交付前可用占位表跑通单测
+- 报告登记与 A3 的 report 模板/fi图渲染协作：登记接口字段约定（job_id/标题/md/图清单），写入报告交 TL 转达 A3
+- 事件类型清单照实施计划 §六（job_created/plan_ready/stage_started/stage_log/stage_done/stage_failed/stage_skipped/stage_await_confirm/stage_await_files/job_done/job_paused/job_archived）
+
+## 【纪律再强调】
+- 不碰生产服务；服务层禁 pydantic；不 commit/push；发现需改任务书外文件 → 报告交 TL
+- 端点/字段名与本任务书不一致时以实施计划 §六为准；不确定处记入报告
+
+## 【自测要求】
+- cd bioflow_service && /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/plantai-rag-new-venv/bin/python -m pytest tests/ -q（mock docker/LLM/vstore，不依赖生产服务）
+- 自测结果写入 docs/team/report_bioflow_dev2.md（模块清单、用例数与通过数、已知限制）
+
+## 【完成标准】
+报告写入后，最终回复明确写「BIOFLOW DEV2 P1 完成」+ 报告路径 + 自测通过数

docs/team/brief_bioflow_dev3_p2p5.md

@@ -0,0 +1,40 @@
+# 任务书：开发 agent A3 —— P2-P5 前端编排闭环/报告/存档/面板
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. 本任务书 + 模块职责边界
+3. docs/PRD.md §16（FR-BIO-001~027）、docs/UI_SPEC.md §8（组件规格，逐字复刻 CSS 关键值，不得自行美化）
+4. 服务器 ui/ 树为唯一权威（本地副本滞后）
+
+## 职责范围（分四个小期，每期完成自测后交 T2 轮次测试，缺陷修复循环至清零再进下一小期）
+A. P2 对话式编排闭环：
+   - utils/intent.js —— 生信意图分流（关键词：分析类动词+基因家族名/分析对象；存档复用句式「用 XXX 存档任务的方法帮我跑 xxxx」；漏判安全——不命中一律走原 qa 流）。词典以 docs/team/cases_bioflow_intent.md（T1 冻结，唯一事实源）为准，不得自造
+   - stores/chat.js —— sendBioflow() 动作（仿 sendDocgen 模式）+ bioflow 消息更新器（SSE 事件→patch 消息 blocks；断线重连回放快照整体刷新）
+   - components/chat/FlowPathCard.vue、FlowFormCard.vue（继续按钮+自动连续开关）、FlowFileCard.vue（拖拽+XHR 进度+服务器路径输入）、FlowProgressCard.vue（块类型 bioflow_progress；视觉沿用 PipelineCard 令牌，新增 failed/skipped 态、日志尾区、失败三选一、>10 阶段折叠）、FlowArchiveCard.vue
+   - AssistantMessage.vue —— 增加五类块分支（PipelineCard 本身零改动）
+   - Composer.vue —— 拖拽上传 + XHR 进度分支（生信文件经 BFF 反代直达 8098）
+   - i18n/bioflow.js —— 全部用户可见文案（不用 labels.js，红线）
+B. P3 报告闭环：
+   - report 模板（docgen templates 体系增量新增，协调 TL）+ fig:// 图引用渲染（docgen 模板渲染器解析 fig://图id → base64）
+   - DocPane 复用（零改造目标）；图表调整 revise 触发与预览刷新
+C. P4 存档与复用：
+   - 存档提示卡交互（命名/描述/放弃）、存档状态回复消息更新、复用发起（预填表单展示）
+D. P5 生信任务面板：
+   - components/bench/BioJobsPane.vue（任务列表/阶段 DAG/进度/manifest+日志浏览/重跑）、BioArchivePane.vue（档案列表/详情回看/删除/复用发起）
+   - BenchPanel.vue + AppShell.vue 移动端 tab 条两处接入（TAB 数断言测试随改）
+   - 探活显隐：启动探测 /api/bioflow/health，不可达隐藏生信 TAB 与块分支
+
+## 【红线零改动（动了即缺陷）】
+ui/src/stores/modes.js、ui/src/i18n/labels.js、ui/src/stores/bench.js(store)、ui/src/api/qa.js、ui/src/sse/parser.js、PipelineCard.vue、services/docgen 既有代码（report 模板为增量新增，经 TL 协调）
+
+## 【纪律再强调】
+- 文案全部进 i18n/bioflow.js；类名遵循 UI_SPEC §8.7 复用约定；不 commit/push；不部署（dist 构建由 TL 执行）
+- UI 规格冲突时以 UI_SPEC.md §8 为准
+
+## 【自测要求】
+- 每个组件写 Vitest 用例（L3/L4）：五卡片+两面板全状态 + UI 动作矩阵（点击/双击/悬停/键盘 Enter 与 Esc/拖入/悬停拖放/离开/聚焦/失焦/禁用/加载中）；意图分流与后端同用例表（cases_bioflow_intent.md）
+- cd ui && npx vitest run（不依赖生产服务；SSE 用 mock）
+- 自测结果写入 docs/team/report_bioflow_dev3.md（每小期一节：完成清单/用例数/通过数/已知限制）
+
+## 【完成标准】
+每个小期完成：报告更新 + 最终回复明确写「BIOFLOW DEV3 P{n} 完成」+ 自测通过数

docs/team/brief_bioflow_dev4_p6.md

@@ -0,0 +1,24 @@
+# 任务书：开发 agent A4 —— P6 流程知识库问答（与 P0 并行）
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. 本任务书 + 模块职责边界
+3. docs/PRD.md §16（FR-BIO-026 流程知识库问答）
+
+## 职责范围（只动 vstore 侧新增集合与入库脚本；QA 树（8091）零改动；前端引用块渲染与 A3 协作）
+A. 语料切块入库（vstore 新增独立集合 flow_docs，不混入既有公文/资料集合）：
+   - 语料源（按优先级）：1) Obsidian《PlantAI_现有分析全流程_基因家族_RNAseq_WGS_GWAS》（79 章，TL 提供导出副本）2) dev 的 gfa_core/schemas/stages/*_contract_v1.md（59 份阶段契约）3) 技能说明（dev docs 内分析方法说明）
+   - 切块策略：按章/节切块，块含标题路径 + 原文 + 源文件标记；入库脚本 vstore/scripts/ingest_flow_docs.py（幂等可重跑）
+B. 生信对话内流程咨询：检索 flow_docs 集合 → 答案含引用原文（引用块带源文件与章节定位，UI 可跳转——跳转渲染与 A3 协作，接口约定写入报告）
+C. 评估集：30-50 条（覆盖各链典型咨询：阶段输入输出/参数/前置条件/软件对照），评测脚本（检索命中 + 答案含引用断言）
+
+## 【纪律再强调】
+- 不动 QA 树任何文件/进程；不 commit/push；凭据不入库
+- 集合名 flow_docs 与字段约定写入报告供 A2（planner.py 知识库检索）对齐
+
+## 【自测要求】
+- 入库脚本在测试目录跑通（tmpdir）；评估集首轮自测通过率记录
+- 结果写入 docs/team/report_bioflow_dev4.md（语料清单与块数、集合字段约定、评估集数量与通过率、已知限制）
+
+## 【完成标准】
+报告写入后，最终回复明确写「BIOFLOW DEV4 P6 完成」+ 报告路径 + 评估集首测通过率

docs/team/brief_bioflow_test1.md

@@ -0,0 +1,25 @@
+# 任务书：测试 agent T1 —— 生信编排测试用例编制（阶段 0）
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. docs/PRD.md §16（FR-BIO-001~032）、docs/UI_SPEC.md §8（组件规格）、docs/TEST_PLAN.md §9-12（分层与门禁）、实施计划 §六（端点清单）
+
+## 职责（只写测试文档，不修改任何产品代码）
+A. docs/TEST_CASES.md 生信部分（追加章节）：
+   1. 用例清单：编号 TC-BIO-<模块>-<序号>；测试层 L1/L2/L2s/L3/L4/L5；优先级 P0/P1/P2；预期列全部为可观察断言（元素存在/请求体字段/HTTP 状态/存储值/事件序列），无「检查是否正确」类断言
+   2. FR↔TC 双向追溯矩阵：32 个 FR-BIO 每个至少 1 条 TC、无孤儿 TC
+   3. UI 动作矩阵：每个可交互元素（路径卡行/表单输入/继续按钮/自动连续开关/拖放区/进度条/路径输入/三选一按钮/折叠组头/面板按钮/存档输入与按钮）按动作逐一覆盖：点击/双击/悬停/键盘 Enter 与 Esc/拖入/悬停拖放/离开/聚焦/失焦/禁用态/加载中态——每条 TC 一个元素×一个动作
+   4. 七项引导：每条引导都有 UI 显示断言 + 操作断言
+   5. 上下游动作接口级用例：BFF 反代（开关两态）、报告登记进 doc_artifacts、fig:// 渲染、docker run 命令拼装（mock）、manifest 判成败、SSE 事件序、断线回放快照、vstore flow_docs 检索、存档复用
+   6. 三形态部署断言：只 rag（反代不注册+前端无生信痕迹）/只生信（8098 直连+报告降级下载 HTML）/同部署（反代启用+前端显形）
+   7. E2E 主线：TEST_PLAN §11 九条 BIO-E2E × 三档视口（视口后缀 M/T/D）
+   8. 规模门禁：生信用例总数 ≥600 条（分组建制：后端 L1/L2 ~230、前端 L3/L4 ~220、E2E L5 ~105、三形态+回归+P0/P6 冒烟 ~60；P6 评估集 30-50 条由 A4 另计不混入）
+B. docs/team/cases_bioflow_intent.md —— 意图分流词典与用例表（冻结为唯一事实源，前后端同表双跑；含生信命中句/边界句/漏判安全句）
+
+## 【纪律再强调】
+- 只写 docs/ 下测试文档；不跑产品代码；用例来源唯一（PRD/UI_SPEC/TEST_PLAN），不自造需求
+- 用例执行分层与命令以 TEST_PLAN §7/§9 为准
+
+## 【完成标准】
+- 用例写入 docs/TEST_CASES.md 生信部分 + 覆盖自核清单（每个 FR-BIO → 对应 TC 列表 + 用例总数 + 各分组计数）写入 docs/team/report_bioflow_test1.md
+- 最终回复明确写「BIOFLOW TEST1 用例编制完成」+ 报告路径 + 用例总数（≥600）+ 追溯自核结论（32/32 或缺口清单）

docs/team/brief_bioflow_test2.md

@@ -0,0 +1,21 @@
+# 任务书：测试 agent T2 —— 生信编排轮次测试执行
+
+## 前置必读
+1. docs/bioflow_team_context.md（环境事实 + 团队纪律，全部遵守）
+2. docs/TEST_PLAN.md §5（轮次纪律铁律）、§8（报告模板）、§12（生信追加项）、docs/TEST_CASES.md 生信部分（用例唯一来源）
+
+## 职责（只跑测试与写报告，不修改任何产品代码——动了即违约）
+A. 每期（P1-P7 各期开发 agent 自测完成后）执行轮次：
+   1. 完整跑完一整轮全部用例（L1+L2+L3+L4+L5 全量，不做增量；L2s 冒烟仅 TL 部署后手动触发）
+   2. 产出 docs/TEST_REPORT_R{n}.md：轮次信息、首页统计（TC 总数/pass/fail/skip + BIO FR 覆盖 + 生信用例总数 ≥600 门禁核对 + UI 动作矩阵执行数 + 行覆盖率）、缺陷清单（BUG-R{n}-{序号} | 级别 | TC | 归属 agent | 现象 | 预期 | 证据路径）、上轮缺陷修复确认表、遗留问题
+   3. 缺陷分级按 TEST_PLAN §4：阻断/严重/一般/轻微
+B. 循环：TL 派发缺陷 → 开发 agent 修复自测 → T2 复测（再次全量）→ 直至该期全部 TC pass + 主门禁 100%
+C. 终验前：全量回归轮次（QA 对话/检索/docgen 无串扰断言 + 红线文件零改动核验）
+
+## 【运行命令】（以 TEST_PLAN §7/§9 为准）
+- 后端: cd sdk && pytest tests -m unit -q / -m api -q（生信: -m bioflow_unit / -m bioflow_api）
+- 前端: cd ui && npx vitest run；npx playwright test（三档视口）
+- 环境与 mock 见 bioflow_team_context.md；不连生产端口探测
+
+## 【完成标准】
+每轮报告写入 docs/TEST_REPORT_R{n}.md 后，最终回复明确写「BIOFLOW TEST2 R{n} 完成」+ 报告路径 + 首页统计摘要（TC 总数/pass/fail/FR 覆盖）