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admin 2d0e3a4858 fix(build): compile_sdk 白名单加入 review_proxy.py（科研审稿反代断流高危点） 2026-10-11 16:40:24 +08:00
admin 91f6a1c242 feat: 新增论文撰写功能 paper-writer（独立 MCP 服务 + BFF 大脑 + 前端三卡） 
- paper_writer_service(8097)：FastAPI + MCP streamable-http 单端点，9 工具
  （propose_paper_outline/write_paper_section/get_paper_progress/search_refs/
  revise_paper_section/revise_paper/get_paper/complete_paper/cancel_paper），
  SQLite 三表（papers/paper_sections/citations，WAL），GB/T 7714 引用协议
- BFF：services/paper/{mcp_client,agent}.py（裸 JSON-RPC 客户端 + 规则状态机）、
  routers/paper.py、schemas.py 4 个 Paper*Block + ArtifactBlock 加 paper_id/citation_count、
  config.py 开关、main.py 条件注册、docgen.py 抽 insert_artifact 公共 helper
- 前端：intent.js paperIntent 纯函数、Composer docgen 分支 sub-route、sendPaper/轮询、
  PaperBriefCard/PaperOutlineCard/PaperProgressCard、DocPane cite-chip
- deploy/paper_restart.sh + toggle_paper.sh；compile_sdk.sh 白名单追加 paper 文件
- tests/paper 26 条（工具逻辑 + MCP 协议 + BFF 状态机 + 块 schema + 前端 intent 单测）
 2026-09-30 22:29:22 +08:00
adminandClaude Fable 5 7b63765d69 chore(deploy): vstore 编译硬化纳入打包流水线——目标机不再出现向量库明文代码 
- tooling/compile/compile_vstore.sh(新): 复制 compile_sdk.sh 改白名单
  (api.py 入口明文+__init__.py,其余 12 模块 Cython .so+strip+elf 校验)
- build_all.sh: 编译段追加 vstore 编译(SDK_PYTHON);冒烟段追加 import 检查;
  组装段改复制编译产物(此前复制明文源码)
- 实测: 编译 12 .so 成功;冒烟 health+search-chunks 正常;bash -n 过

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 01:25:44 +08:00
adminandClaude Fable 5 0c98b54b6a chore(bioflow): compile_sdk 白名单补 bioflow_proxy.py——SSE 流式反代属断流崩溃根治同型高危点(TL 运维,2026-09-03 先例) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:56:10 +08:00
jerryandClaude Fable 5 8467dec3a8 fix(bff): 断流崩溃根治——SSE 取消链模块明文化 + 团队文档归档 
客户端中途断开流时 Cython 协程 __Pyx_Coroutine_SendEx 断言 abort 整个 BFF。
证据链:3.2.8 崩 db.c / 3.3.0 仍崩(升级无效) / db 明文后迁移 sse_relay.c,
证明取消链上任意 Cython 协程均可触发。最终把 db.py/qa.py/sse_relay.py
加入编译白名单(明文),隔离实例断流探针 10/10 存活,生产同构建实测通过。
代价:3 模块失去编译硬化(无凭据内容),编译模块 30->27。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-03 21:13:56 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bbd5db2315 feat(capabilities): S6 Superpowers+S7 终验(文档/humanizer CJK 修复/验收脚本) 
- prompts/superpowers_{review,answer_quality,minimal_code}.md + prompt_pack.py
- agentic_controller/answer_composer Superpowers 注入点(env 总闸,关态逐字节一致)
- compile_qa.sh: prompts/ 目录自动拷贝
- humanizer: CJK 逗号规则 + 引用保护收窄(只护标记本身,带引用句可润色)
- docs: README 能力矩阵+env 表 / ARCHITECTURE Gateway 章 / API §6 / PRD:17 /
  TEST_CASES:126 多轮语义 / CHANGELOG
- tooling/cap/final_acceptance.sh 终验矩阵
- 终验: 金标 16/20 regressions=0, 多轮指代 PASS, 热加载 PID 不变 PASS,
  Humanizer 开态「此外」消除且 22 引用保留, 五上游全绿, 7913 已释放

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 18:27:41 +08:00
jerryandClaude Fable 5 8c103ea382 feat(capabilities): S1+S2 机制地基+多轮记忆(能力框架/热加载/MCP Provider/history 线程化) 
- capabilities/{manifests,registry,providers,install_manager}.py + tool_runner.py:
  三层机制(注册层/调用层/安装管理层),四 Provider,热加载差分刷新
- configs/capabilities.yaml: 唯一注册入口(明文热加载面)
- api.py: QARequest+history/capabilities, /capabilities/install loopback 路由
- llm_client.py: complete() tools 透传 + complete_raw_messages() 工具调用循环支持
- pipeline.py/answer_composer.py: history 线程化(只进 Dialogue Context,检索零回归)
- sdk: services/history.py(3轮/16k预算) + routers/qa.py session_id 剥离注入
- compile_qa.sh: rsync 允许子目录 + capabilities.yaml 入 install 清单
- tooling/cap/: fake_mcp_server.py + cap_selfcheck.py 机制自检
- requirements.lock: mcp 2.1.1 + 依赖 12 包

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 13:00:35 +08:00
jerryandClaude Fable 5 4bfd86930a P4 补充:legacy-rag 编译瘦身(排除 v13-v15 系列,源码保留) 
- compile.manifest:449 → 267 模块(编译面)
- compile.exclude-v13-v15:182 模块(v13/v14/v15/v15_3_1-4,生产 7 月批量
  提取管线的历史迭代,运行时不引用;源码全部原样保留在仓库)
- compile.manifest.full:449 全量存档(与生产 7900 容器同面,可对照)
- 保留集验证:v16_1_1/v16_1_2/methodology/顶层/api/scripts 均不引用被排除系列
  (唯一引用者 unified_converter.py 本身是死代码,未入保留集)
- 瘦身编译树:283 .so,audit 0 错,7914 冒烟 kg/stats 200(5.9s)
- 编译时长:463→283 模块,GCC 阶段约省一半

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 18:47:53 +08:00
jerryandClaude Fable 5 84d2511f62 P6/M7: compile_sdk.sh + build_all.sh 一键打包流水线 
- compile_sdk.sh:SDK 编译硬化(15 .so;白名单 main/config/schemas——schemas 为
  pydantic v2 validator 被 Cython 转 cyfunction 触发 PydanticUserError,实测豁免)
- 编译树 SDK 冒烟:audit 0 错,8094 起真实 BFF 五上游全绿
- build_all.sh:编译 4 树 → 双审计 → import 冒烟 → (SKIP_KB=1 跳过 KB,
  定版后置 0)→ 组装安装目录 + start_all.sh → SHA256SUMS → 泄露门禁
- tooling.env:新工程路径与端口终态(8090 段)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 17:16:03 +08:00
jerryandClaude Fable 5 3cacab6f14 P4/M5: legacy-rag 编译硬化完成(463 .so + 3 白名单) 
- compile_legacy.sh:按 compile.manifest(449)迁移+编译,含 compile.whitelist 明文保留机制
- 生产工具链同款 test4py311 + cython 3.2.4 验证
- 3 个白名单模块(redis_cache/v15_extractor/v15_3_1):主项目线源码 bug,
  编译失败硬阻断 → 登记理由保留明文(rag-develop 线已修,主项目线未修)
- audit:463 extensions,0 错误,树 sha 已 marker 锁定
- 编译树冒烟 7913:kg/stats 200(5.4s),与 7900 同面

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 15:20:00 +08:00
jerryandClaude Fable 5 9f5b38c203 P3/M4: methodology 编译树切换(BFF rag→8001,回滚窗口开启) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 13:53:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 b813cff005 P1/M2: tooling/compile/compile_qa.sh(参数化 + normalized_release 补丁) 
- 收编工具链遗漏主项目 08-29 新增 src/rag/normalized_release.py(backend_guard 依赖)
- 编译树 45 模块全部 .so,audit 0 错误,7922 健康检查金标过
- 修复:compile 目录相对依赖 tools/(elf_visibility.py)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 13:26:18 +08:00