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adminandClaude Fable 5 dcb810a758 feat(bioflow): wgs/pop/gwas 26 阶段参数契约(与 rnaseq 同款机制) 
- stage_image_map 加 26 个 wgs/pop/gwas 阶段 cli_contract:
  --workspace/--job-id/--prefix 公共三元组 + 上游 manifest 注入
  (prev_manifest:<stage> 解析为 workspace/final/{prefix}.{stage}.manifest.json)
  + param:<name> 用户参数 + tool:<name> 镜像内工具
- kernel _contract_args 扩展 prev_manifest/tool 两种 source
- catalog 补 wgs/pop/gwas 参数 schema(确认表单收集参考基因组/样本清单/
  表型文件/主成分等)
- 339 用例全绿;已部署 176

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-16 15:33:43 +08:00
adminandClaude Fable 5 3b512fffd0 fix(bioflow): rnaseq/wgs 阶段参数契约——CLI 参数注入+样本配置自动生成+产物路径对齐 
- stage_image_map 加 cli_contract(13 个 rnaseq 阶段):-i/-o/-c 等
  标志按契约注入;无契约阶段保持 --input-dir 默认形态
- rnaseq 系 -o 语义=产物目录,契约注入 workspace/final(CLI 内部以
  output.parent 为 workspace 并建 output.parent/final——此前注入
  workspace 导致 /job/final 权限错误)
- 登记目录自动生成 samples.yaml(按 f1/r1+f2/r2 配对,不覆盖手工配置;
  此前 CLI -c 必填无来源,rnaseq 全链从未真实跑通)
- catalog 补 hisat2_index/gtf/prefix 参数 schema(确认表单收集)
- 338 用例全绿;176 真实任务验证:fastp 在真实 fastq 上产出 clean
  产物+报告(首个真实跑通的 rnaseq 阶段)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-16 15:23:50 +08:00
adminandClaude Fable 5 a008fbba2a fix(extension): 产物收割排除代码副本+删 work 目录——输出契约校验语义不变 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-15 11:59:42 +08:00
adminandClaude Fable 5 3989dd3c3a fix(extension): 容器入口可写工作目录——代码复制进 run_dir 执行+产物收割输出 
18 用例脚本在 cwd 写 outputs/ 相对目录,代码挂载只读致 trial 失败。
等价做法:代码复制进 output/work 执行,{code_dir} 指向可写副本,
成功后 work 产物合并进 output_dir,输出契约校验不变。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-15 11:58:17 +08:00
admin 4266a89872 fix(extension): 容器入口默认 cwd 改为代码目录(run.sh 相对脚本路径语义) 2026-09-15 11:43:16 +08:00
adminandClaude Fable 5 79b4c7c52c feat(extension): docker 执行内核入口 + 176 本地自动镜像生成(并行链路) 
- cli/run_extension.py:容器通用入口(宿主挂载 /opt/bioflow-entry,镜像零改动);
  extension.json → 模板渲染(白名单 12 占位符 + param_*,{output_dir} 必含)→
  subprocess 执行(无 shell,进程组 SIGTERM→3s→SIGKILL)→ 输出契约校验(空目录退出码 3);
  零第三方依赖(镜像内标准库)
- extension_exec.py:服务端 docker 执行器(list-form;三数据卷+入口卷;
  --cpus/--memory 白名单独立复制不 import kernel.py;terminate→kill 同约定;
  返回 {exit_code,timed_out,log_tail,cmd};run_stream 逐行增量)
- extension_image.py:指纹 sha256(base+tag+排序依赖) 前 12 位 →
  bioflow-ext-<fp>:dev;inspect 命中复用;Dockerfile FROM base + apt + /opt/conda/bin/pip;
  失败分类(pip/apt/network/timeout/docker_missing)+ LABEL 定位中间层清理;
  registry 台账 + 引用计数 + collect_garbage
- extension_streams.py:契约 §4 事件流(trial/run async 生成器,增量日志节流,
  EventBus 双发,防御性失败帧,aclose 回收)
- 单测 53 用例(15 unittest + 38 pytest)全绿;现有 bioflow 226 用例回归通过

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-14 13:36:18 +08:00
adminandClaude Fable 5 dd0cd01e61 feat(bioflow): 16 个非内核环境镜像化(plantai-env-*:20260906) + playbook 回填 
按 playbook 方法补做台账 9-25 号共 16 个环境镜像(工程收尾):
- 11 个 conda env + 4 个 biolabx(mamba/micromamba) + pymol-env(conda 环境)
- 豁免 3 个: AI_env(12K 空壳)/r_de(残壳)/miniconda3 base(conda 本体违红线)
- 新增坑位 17-21: conda-pack -n 需 PATH/pip 覆盖检测/dest-prefix 路线
  (无 python 环境)/pip shebang 源前缀/conda-unpack 残留
- build_envs.sh: 非内核镜像构建入口; extra-envs/: 16 个 Dockerfile
- 验证: 16/16 过 §6 清单+加强断言(无 conda-unpack/无源前缀 shebang)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 11:07:23 +08:00
adminandClaude Fable 5 03b11dedda chore(bioflow): 删除副本中 13 个 dev 历史备份文件(.bak/.orig)——副本全树零硬编码 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 03:00:09 +08:00
adminandClaude Fable 5 99e774a2a0 feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 02:59:26 +08:00