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# 入口→主环境归属表（BIOFLOW 内核 80 个 cli py 入口逐一判定 = 74 run_* + 6 辅助模块）
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> A1 交付物 3；依据: dev 源码工具引用扫描 + dev extension store 环境枚举实测
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> (test4py311 166 / panfamily 80 / r_de_analysis 48 / rnaseq 47 条扩展声明)。
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> 跨环境入口的编排层拆分子阶段处置见报告 §4.6 与本表"处置"列。
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## bioflow-gf（test4py311, GF 链主环境, 内核镜像）
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| 入口 | 阶段 | 处置 |
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|---|---|---|
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| run_genome_prepare | genome_prepare | 主环境 |
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| run_prepare_substep | prepare_*(7 子步骤) | 主环境 |
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| run_identify | identify | 主环境; InterProScan 域检查子步骤拆 bioflow-interproscan |
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| run_identify_refine | identify_refine | 主环境 |
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| run_subfamily_confirm | subfamily_confirm | 主环境 |
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| run_phylogeny | phylogeny | 主环境; iqtree3 探测链已 PATH 化(test4py311 自带 iqtree) |
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| run_reference_classification | reference_classification | 主环境(gfpy312 Rscript 候选已 PATH 化) |
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| run_motif | motif | 主环境; MEME 子步骤拆 bioflow-gfpy |
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| run_domain | domain | 主环境 |
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| run_structure | structure | 主环境 |
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| run_combo / run_combo_panel_test | combo | 主环境; gfpy312 工具子步骤拆 bioflow-gfpy |
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| run_promoter | promoter | 主环境 |
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| run_promoter_plot_revise | promoter 绘图 | 主环境 |
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| run_tfbs | tfbs | 主环境(fimo 已 PATH 化) |
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| run_synteny | synteny | 主环境(circos include 已相对化) |
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| run_interspecies_synteny | interspecies_synteny | 主环境 |
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| run_karyotype | karyotype | 主环境 |
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| run_pep / run_pep_v2_preview_20260603 / run_pep_legacy_20260603 | pep | 主环境(biolib/Rscript 已 PATH 化) |
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| run_ortholog | ortholog | 主环境(blastp 候选链已 PATH 化; --help 冒烟 FAIL=dev 上游 argparse % 未转义 bug, 镜像与 dev 行为一致) |
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| run_kaks_v2 | kaks | 主环境(muscle/pal2nal/yn00 已 PATH 化) |
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| run_ppi / run_ppi_v2 | ppi | 主环境(rnaR Rscript 引用已 PATH 化) |
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| run_msa_region_plot | msa | 主环境 |
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| run_tree_plot | tree 绘图 | 主环境 |
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| run_ncbi_fetch_sequences | ncbi_fetch | 主环境(BIOFLOW_DATA 数据根) |
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| run_sequence_extract_by_id | sequence_extract | 主环境(BIOFLOW_DATA 数据根) |
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| run_annotation | annotation | 主环境; InterProScan 子步骤拆 bioflow-interproscan |
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| run_gene_family_report | gene_family_report | 主环境(workflow_models.py 已加编译白名单) |
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| run_summary | 汇总报告 | 主环境 |
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| run_fetch_expression | GEO 下载 | 主环境 |
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## bioflow-rnaseq（rnaseq, RNA-seq 主链）
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| 入口 | 阶段 | 处置 |
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|---|---|---|
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| run_rnaseq_qc | rnaseq_qc | 主环境 |
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| run_rnaseq_align | rnaseq_align | 主环境(STAR 已 extras 修复) |
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| run_rnaseq_quant | rnaseq_quant | 主环境 |
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| run_rnaseq_sample_qc | rnaseq_sample_qc | 主环境 |
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| run_rnaseq_de | rnaseq_de | 主环境; DESeq2 R 统计可拆 bioflow-rde 子阶段(编排层) |
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| run_rnaseq_wgcna | rnaseq_wgcna | 主环境 |
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| run_rnaseq_enrich / run_rnaseq_enrich_v2 | rnaseq_enrich | 主环境 |
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| run_rnaseq_fgsea | rnaseq_fgsea | 主环境 |
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| run_rnaseq_candidate_family | candidate_family | 主环境; InterProScan DEG 注释拆 bioflow-interproscan |
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| run_rnaseq_family_score | family_score | 主环境; 同上 |
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| run_rnaseq_report | rnaseq_report | 主环境 |
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| run_config_autofill | 配置自动填充 | 主环境 |
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| run_samples_autofill | 样本自动填充 | 主环境 |
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## bioflow-wgs（ASAW, WGS/GWAS/群体）
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| 入口 | 阶段 |
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|---|---|
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| run_wgs_qc / run_wgs_index / run_wgs_align / run_wgs_markdup / run_wgs_bam_qc | WGS 前处理 |
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| run_wgs_haplotype_calling / run_wgs_gvcf_combine / run_wgs_joint_genotyping | 变异检测 |
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| run_wgs_variant_select / run_wgs_variant_filter / run_wgs_impute / run_wgs_maf_missing_filter | 变异过滤 |
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| run_pop_pca / run_pop_phylogeny / run_pop_structure / run_pop_ld_decay / run_pop_snp_density | 群体 |
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| run_gwas_tassel / run_gwas_kinship / run_gwas_trait / run_gwas_covariate / run_gwas_tassel_mlm / run_gwas_tassel_glm / run_gwas_plot / run_gwas_emmax / run_gwas_emmax_plot | GWAS |
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## bioflow-rnaR（rnaR, R 汇总绘图）—— 跨环境
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| 入口 | 阶段 | 处置 |
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|---|---|---|
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| run_expression | expression | 主环境 rnaR(R 绘图 ggplot2/pheatmap); 内部 rnaseq_quant 矩阵触发路径拆 rnaseq 镜像子阶段 |
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## 辅助镜像（dev extension store 扩展阶段, 无 cli run_* 入口）
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| 镜像 | 环境 | 扩展命令面(实测) | 编排接入 |
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|---|---|---|---|
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| bioflow-pan | panfamily | python 89 / diamond 10 / orthofinder 9 / hmmsearch 6 / MCScanX 5 / … | 扩展阶段运行时环境 |
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| bioflow-rde | r_de_analysis | Rscript 34(DESeq2) / bedtools 1 / … | 扩展阶段运行时环境 |
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| bioflow-interproscan | interproscanpy311 | InterProScan 5.78-109.0 + java 11 | 跨环境域检查子阶段 |
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| bioflow-gfpy | gfpy312 | 储备(registry.py 权威映射声称 mafft/iqtree/meme, 实测 gfpy312 bin 无; 三个工具实测在 test4py311) | TL 裁决: 工具阶段主环境单镜像执行, 无需跨镜像拆分 |
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## 判定依据与方法
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1. 逐入口 grep 环境引用(rnaseq_env/RNASEQ_BIN/Rscript/rnaR/r_de/DESeq/ASAW/gatk/pangene/interproscan/gfpy)。
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2. 与 dev extension store 的环境枚举(9011 API + .runtime/lightweight-extension)交叉核对。
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3. 镜像内 --help 冒烟 + 代表工具实测作为最终裁决(见报告 §5)。
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