feat(deploy): start_all.sh 编排生信服务(存在则启动/重启)

2026-09-12 陷阱 6:176 整机重启后 start_all 只拉五服务,独立树
bioflow_service(8098)掉进程无告警——生信 TAB 静默消失
(TAB 显隐由 /api/bioflow/health 轮询驱动)。

- start_all 模板新增生信编排段:探测 install 同级
  bioflow/bioflow_service/restart.sh,存在则启动/重启并
  8098 探活(restart.sh 自带旧进程 kill+重启语义),不存在
  跳过;失败不阻断主服务。
- DEPLOY_FLOW §5.1 同步:生信首次部署与新机自动拉起区分。

验证:build_all.sh bash -n OK;生成的 start_all.sh 从 heredoc
提取后 bash -n OK。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>

docs/DEPLOY_FLOW.md

@@ -158,8 +158,8 @@ sudo bash qa-db/replace_db.sh neo4j   <新data目录>
 
 cd /srv/plantai/install
 bash ollama_restart.sh          # 本地嵌入模型（已运行则跳过；缺失模型会提示 ollama pull bge-m3:567m）
-bash start_all.sh               # 五服务（QA/methodology/legacy/vstore/BFF）；start_all.sh 内先拉 ollama、BFF 前 source sdk/.env
-# 生信（可选）：
+bash start_all.sh               # 五服务 + 生信自动编排（2026-09-12 起）：先拉 ollama → QA/methodology/legacy/vstore → 探测同级 bioflow/bioflow_service/restart.sh（存在则启动/重启+8098 探活，不存在跳过）→ BFF
+# 生信首次部署（仅新装；此后 start_all 自动拉起）：
 docker load -i /tmp/plantai-bioflow-images.tar
 # 创建 bioflow_service 部署树 + .env（DOCGEN_LLM_*、BIOFLOW_IMAGE_MAP_PATH 指向 bioflow_kernel/assets 内的 stage_image_map.json）+ bash bioflow_service/restart.sh
 ```

tooling/build_all.sh

@@ -147,6 +147,22 @@ bash "$ROOT/qa/scripts/start.sh" 8091 || true
 bash "$ROOT/methodology/scripts/start.sh" 8092 || true
 bash "$ROOT/legacy-rag/scripts/start.sh" 8093 app || true
 bash "$ROOT/vstore_restart.sh" || echo "[vstore] 拉起失败，向量化不可用（不阻断其余服务）"
+# 生信服务（可选编排，2026-09-12 陷阱 6）：主动探测独立生信部署树是否存在，
+# 存在则启动/重启（restart.sh 自带「有旧进程先 kill、无则直接起」语义），
+# 不存在则跳过——未部署生信的机器无此树，不应报错。失败不阻断主服务。
+# 布局约定：生信树在 install 同级 bioflow/（176: /srv/plantai/bioflow/）。
+BIOFLOW_RESTART="$ROOT/../bioflow/bioflow_service/restart.sh"
+if [ -x "$BIOFLOW_RESTART" ]; then
+  echo "[bioflow] 探测到生信服务，启动/重启中"
+  if ( bash "$BIOFLOW_RESTART" >/dev/null 2>&1 && sleep 3 \
+       && curl -s --max-time 8 http://127.0.0.1:8098/api/bioflow/health >/dev/null ); then
+    echo "[bioflow] 8098 health ok"
+  else
+    echo "[bioflow] 拉起/探活失败，生信不可用（不阻断主服务；日志 bioflow_service/bioflow.log）"
+  fi
+else
+  echo "[bioflow] 未部署生信服务，跳过"
+fi
 sleep 3
 # BFF env：sdk/.env 含 DOCGEN_LLM_*、VSTORE_BASE_URL、BFF_NEO4J_*（无此 env BFF 上游不可用）
 set -a