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admin 91f6a1c242 feat: 新增论文撰写功能 paper-writer（独立 MCP 服务 + BFF 大脑 + 前端三卡） 
- paper_writer_service(8097)：FastAPI + MCP streamable-http 单端点，9 工具
  （propose_paper_outline/write_paper_section/get_paper_progress/search_refs/
  revise_paper_section/revise_paper/get_paper/complete_paper/cancel_paper），
  SQLite 三表（papers/paper_sections/citations，WAL），GB/T 7714 引用协议
- BFF：services/paper/{mcp_client,agent}.py（裸 JSON-RPC 客户端 + 规则状态机）、
  routers/paper.py、schemas.py 4 个 Paper*Block + ArtifactBlock 加 paper_id/citation_count、
  config.py 开关、main.py 条件注册、docgen.py 抽 insert_artifact 公共 helper
- 前端：intent.js paperIntent 纯函数、Composer docgen 分支 sub-route、sendPaper/轮询、
  PaperBriefCard/PaperOutlineCard/PaperProgressCard、DocPane cite-chip
- deploy/paper_restart.sh + toggle_paper.sh；compile_sdk.sh 白名单追加 paper 文件
- tests/paper 26 条（工具逻辑 + MCP 协议 + BFF 状态机 + 块 schema + 前端 intent 单测）
 2026-09-30 22:29:22 +08:00
adminandClaude Fable 5 16bde32020 feat(ui): 右上角生信跳转按钮+四按钮文字标签 
- TopBar 新增「生信」按钮(仅生信模块不可用时显示):点击开新窗访问
  PlantAI-dev(当前主机名:9017,公网/内网自适应)
- 扩展/生信/设置/主题四按钮配文字标签(图标+文字并排,宽度自适应)
- 新增 deploy/toggle_bioflow_176.sh <off|on>:一键开关 176 生信模块
  (改 BIOFLOW_ENABLED + 重启 BFF;off 时 /api/bioflow/health 404,
  前端生信 TAB 自动隐藏)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-16 20:44:23 +08:00
admin f7188bed05 fix(deploy): 索引校验按标签+属性过滤(neo4j 自动命名,按名匹配永远为空) 2026-09-10 20:09:49 +08:00
Debug-2 BackendandClaude Fable 5 772c7cd688 fix(backend): r3 七项缺陷修复——图片预算/neo4j normalized/超时分流/mineru 加固/检索降级/DOCX 同源/docgen 异步任务化 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 16:46:48 +08:00
adminandClaude Fable 5 e151f675f1 feat(qa-db): QA数据库裸进程标准(deploy/qa-db五脚本+守卫去版本锁定+打包/文档/Excel同步) 
- deploy/qa-db/: qdrant/neo4j systemd 裸进程安装脚本+unit模板+整库替换(replace_db.sh)
  * 数据双制品模型: <部署根>/qa-db 与 install 分开传输, 支持频繁整库替换
  * 免编译(官方静态二进制/tarball)+本地 bin/ 离线分发+国内镜像回退
  * 端口 27433/27434+19888/19885(127.0.0.1), 175 docker 容器(27333/19788)为其他项目共享不动
- backend_guard.py: 移除精确计数相等校验(数据库会整库替换/持续更新, 不得锁死版本)
  保留身份校验(release/collection/kb_version/标签/关系类型), 计数仅随 health 返回
- qa/scripts/start.sh: reranker 模型路径回退(install/models/bge-reranker-base)
- build_all.sh: qa-db 脚本+reranker 模型入包; .gitignore: qa-db/bin 离线载体
- DEPLOY_FLOW.md: §0/§5.0/§5.0b/§6.0b/§7 QA 数据库裸进程标准

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 17:59:53 +08:00
adminandClaude Fable 5 acf5b734fa feat(deploy): nginx 80 端口代理章节+模板+BFF 改绑 127.0.0.1(仅新增修改,未真实部署) 
- deploy/nginx/plantai.conf(新): 80 反代 127.0.0.1:8090 模板,SSE 长连接
  (buffering off/read_timeout 3600s>看门狗 1200s)+大文件上传
  (client_max_body_size 0/request_buffering off/send_timeout 600s)适配
- 绑定脚本: bff_restart.sh/sdk/run.sh/start-dev.sh 默认 0.0.0.0→127.0.0.1
  (nginx 80 为唯一客户入口);build_all.sh start_all heredoc 同改+nginx
  模板入包 install/nginx/
- DEPLOY_FLOW.md: §0 绑定策略更新+nginx 模板位置;新增 §5b 从零安装
  nginx(apt/yum 探测→放模板→nginx -t→启用→防火墙→先 nginx 后改绑的
  切换顺序→内网验证);§6 质检增 nginx 专项(进程/80 监听/经 80 首页+SSE
  冒烟+上传冒烟);§7 注明现网仍是 0.0.0.0:8090 直连形态待按 §5b 迁移

纪律: 仅新增与修改,未在目标机/现网执行任何 nginx 安装或改绑操作。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 15:15:21 +08:00
adminandClaude Fable 5 dbe2037116 chore(deploy): 向量化本地模型(Ollama+bge-m3)纳入部署脚本 
- deploy/ollama_restart.sh(新): Ollama 幂等拉起+嵌入模型校验,二进制多候选
  探测(零硬编码),模型缺失只告警不阻断;start_all.sh 在四服务前先拉起
- vstore/vstore_restart.sh(新): 部署树与安装包共用版(路径从脚本位置推导,
  零硬编码),替换部署树旧硬编码脚本(实测重启后 210 文档+210 chunks 完整)
- build_all.sh: 组装段纳入 vstore 明文源码+启动脚本+env 模板;start_all.sh
  heredoc 增加 Ollama 拉起段——安装包自此包含向量化环节

实测: ollama_restart.sh 幂等(已运行跳过,bge-m3 就绪);vstore 新脚本重启
UP(210/210);bash -n 全过。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 00:46:31 +08:00
adminandClaude Fable 5 759427b759 chore(deploy): 启动脚本绑定策略统一——8090 默认 0.0.0.0,其余服务默认 127.0.0.1 
用户规则:提供客户 UI 的服务(BFF 8090)默认绑 0.0.0.0 面向内网客户
访问;其余内部服务(QA/methodology/legacy/vstore/bioflow)默认绑
127.0.0.1 不对外暴露。

- deploy/bff_restart.sh: BIND 默认 127.0.0.1 → 0.0.0.0(注释同步)
- sdk/run.sh: --host 127.0.0.1 → 0.0.0.0(注释同步)
- deploy/start-dev.sh: BFF 行 127.0.0.1 → 0.0.0.0
- bioflow_service/restart.sh: BIOFLOW_BIND_HOST 默认 0.0.0.0 → 127.0.0.1
- agent/methodology/scripts/start.sh: METHODOLOGY_API_HOST 默认
  0.0.0.0 → 127.0.0.1(部署树副本同改)

实测:8090→0.0.0.0、8091/8092/8093/8094/8098/8099→127.0.0.1,
BFF 上游全 OK,8092/8098 已按新默认值重启,残留 methodology 旧
进程已清理。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 18:55:42 +08:00
adminandClaude Fable 5 3cf44b4a61 fix(bioflow): 部署加固——生信服务 SSE 路由入编译白名单(断流崩溃根治同款)+bff_restart 杀进程按端口精确(防误杀 8098) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:54:45 +08:00
jerryandClaude Fable 5 5db3ead73e feat(docgen): doc_writer 能力全链——vstore 独立服务 + BFF docgen 路由 + 前端文档工作台 
- vstore 独立安装包(8094):解析/嵌入/加密 vault/faiss 检索,存储路径支持本地 file 与 http(s):// URL,启动握手校验,集群化预留(embed 独立模块)
- BFF docgen 路由:上传入库/generate/编辑/导出/下载/主库管理,意图护栏(与前端同词典),vstore 失败兜底,quota 507 与 TTL 惰性清理
- 前端:自然触发意图路由、拖拽上传 chips、能力徽标、右侧文档 TAB(WYSIWYG 编辑/prompt 修改/PDF+DOCX 导出下载)、右栏拖宽+手柄仿左栏
- 批量导入工具 docgen_import.py(并发 8、导入即加密+删源明文)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-03 21:13:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 4071b29520 Python 统一 U0-U4:venv py3.12.13 + 四树 cp312 重编译 + 端口互换 8091/8092/8093 + 旧服务停而不删 
- U0:新建 plantai-rag-new-venv(3.12.13,130 包),torch 2.13.0+cpu/cython 3.2.8/faiss 1.14.3/openai 3.3.1,requirements.lock 固化
- U1:四树全 venv 重编译(sdk 15/qa 45/methodology 28/legacy 283 .so 全 cp312),audit 双审计过
- U2:备用端口影子对照:金标 search evidence 30/30 与生产一致、SDK pytest 125 过、五上游绿
- U3:统一树切终态 8091/8092/8093 + BFF 8090(venv),停旧服务(容器/进程不删,30 天窗)
- U4:minerupy311→minerupy312 断链修复、GF_PYTHON_ENV 回退统一、start-dev/run/bff_restart 去 conda、server.env/README 更新

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-01 12:23:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 352ef8e1ec P2/M3: bff_restart.sh 修 pkill 模式(python -m uvicorn 形态)+ 启动等待 5s→12s 
- 旧模式 [u]vicorn app.main:app 匹配不到 python -m uvicorn 命令行
- 编译树 BFF 冷启动更慢,等待窗口放宽
- 浸泡切换:sdk/.env QA_BASE_URL=7921(agent/qa 编译树),回滚=删行+重启

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 13:33:20 +08:00
jerryandClaude Fable 5 0875bb036c P0/M1: 四部分重构——frontend→ui、backend→sdk 改名 + 引用修复 + 骨架 
- git mv 保留历史：ui/(Vue3+Vite)、sdk/(BFF 中间层)
- 路径语义修正：db_path/figures_cache 改相对 sdk/(BFF cwd)，
  历史库 sdk/backend/data 迁移至 sdk/data/(会话/图片缓存无损)
- 引用修复 ~15 处：config.py、deploy/*.sh、vitest/playwright 配置、
  单测导入路径、docs、README、gitignore、.env.example
- 骨架：agent/{qa,methodology,legacy-rag,vendor}、knowledge/manifest.yaml、
  tooling/{compile,kb,crypto,assemble,audit,tools,scripts} + README
- 门禁验证：sdk pytest 125 通过、ui vitest 158 通过、
  生产 BFF 脚本重启四上游全绿 + 静态托管 + 会话库无损

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 12:56:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bb2b5b5f71 图文并茂长篇回复 + 多流重构 + 品牌与性能优化 
- 长文答案：上游 QA 镜像 prompt 改造（5000 字目标 + [[FIG:PMCID]] 图片标记 + max_tokens 12000 + LLM 超时 300s），docker commit 新镜像（回滚锚点 :20260828-orig）
- 图片服务：BFF figures 路由（本地 MinerU 索引 + Europe PMC 解析含许可 + 图片代理带磁盘缓存），答案 markdown 注入图注块（标记替换 + PMID 兜底 + 上限 8 张）
- 前端图文渲染：figure 图注块 + 点击放大遮罩 + lazy 加载 + 加载失败隐藏
- 多流重构：切换会话不再中断，每会话独立流上下文后台继续（修复 Pinia 代理相等陷阱）
- 证据量回调：ablation 恢复上游默认（top_k 30 / graph_min 15）支撑长文
- 品牌：海古纪 logo 图片 + 站点 icon + 标题更新
- 性能：Aurora 静态化、shimmer/sweep 改 transform、pulse 改透明度呼吸、autoGrow rAF 批处理
- 看门狗适配长文：STREAM_IDLE_TIMEOUT 240s → 1200s
- 运维：neo4j_recreate.sh 固化、sync.sh 公网地址、m5 超时 900s
- 测试：后端 125 测 / 前端 158 测全过；端到端实测 9938 字 + 17 小节 + 8 图

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-28 23:27:18 +08:00
jerryandClaude Fable 5 1e94de7464 PlantAI-rag-new 首次提交：文献知识工作台 
- BFF 薄适配层（FastAPI，8090）：QA 代理/SSE 中继/Neo4j 直连/抽取代理/会话持久化
- Vue3 前端：五相位检索流水线、文献来源与证据链、知识图谱、提取任务四 tab
- 四档响应式（桌面/笔记本/平板/手机）、深浅主题
- 81 个 FR 全部实现，测试追溯矩阵 81/81，后端 121 测/前端 156 测
- 真实凭据已脱敏，运行时配置在 backend/.env（不入 git）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-25 20:47:52 +08:00