PlantAI-dev/ANALYSIS_FLOW_ANALYSIS.md

bbav5 分析流程代码依赖分析

以"进化树分析"为例，串完整流程

阶段1: 前端调用

用户点击"进化树分析"按钮
  ↓
Vue3 前端 → POST /api/execute (stage="phylogeny")
  ↓
apps/web/vue3/main.py → execute_stage()

必须保留:

• apps/web/vue3/main.py - FastAPI 主入口
• apps/web/vue3/index.html - Vue3 前端页面

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阶段2: API 层处理

apps/web/vue3/main.py
  ↓
检查 stage 是否在 ASYNC_STAGES 中
  ↓
调用 run_stage_sync() 或同步执行
  ↓
from apps.web.pipeline_backend import run_stage, JobInfo

必须保留:

• apps/web/vue3/main.py - API 端点定义
• apps/web/pipeline_backend.py - 后端 pipeline 核心

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阶段3: Pipeline 后端

apps/web/pipeline_backend.py → run_stage()
  ↓
stage == "phylogeny"
  ↓
导入 apps/cli/run_phylogeny.py
  ↓
构建命令行参数
  ↓
subprocess 执行

必须保留:

• apps/web/pipeline_backend.py - stage 路由和参数处理
• apps/cli/run_phylogeny.py - 进化树分析脚本

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阶段4: 分析脚本执行

apps/cli/run_phylogeny.py
  ↓
1. 读取 input/{job_id}/Ft.SPL.final_members.pep.fa
2. 运行 MAFFT 多序列比对
3. 运行 IQ-TREE 建树
4. 生成输出到 workspace/{job_id}/final/
   - Ft.SPL.pep.msa.fa
   - Ft.SPL.tree.nwk
   - Ft.SPL.phylogeny_report.md
   - Ft.SPL.phylogeny.manifest.json

必须保留:

• apps/cli/run_phylogeny.py - 进化树分析
• apps/cli/run_identify.py - 基因家族鉴定（前置依赖）
• apps/cli/run_motif.py - Motif分析
• apps/cli/run_domain.py - 结构域分析
• apps/cli/run_structure.py - 基因结构
• apps/cli/run_promoter.py - 启动子分析
• apps/cli/run_synteny.py - 共线性分析
• apps/cli/run_karyotype.py - 核型分析
• apps/cli/run_expression.py - 表达分析
• apps/cli/run_pep.py - 蛋白特征
• apps/cli/run_*.py - 其他分析脚本

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阶段5: 依赖的 gfa_core 模块

apps/cli/run_phylogeny.py
  ↓
from gfa_core.api_clients import ...
from gfa_core.reproducibility_v2 import ReproducibilityManager

必须保留:

• gfa_core/api_clients.py - API客户端（PlantCARE等）
• gfa_core/reproducibility_v2.py - 可复现性管理
• gfa_core/pipelines/*.py - pipeline 工具函数

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阶段6: Agent 系统（LangGraph 迁移目标）

用户自然语言输入
  ↓
Orchestrator (LangGraph)
  ↓
RouterAgent → PlanningAgent → ExecutionAgent
  ↓
调用 apps/cli/run_*.py

必须保留（迁移到 LangGraph）:

• gfa_core/mas/agents/*.py - 9个Agent
  • base.py - Agent 基类
  • router.py - 意图路由
  • planning.py - 任务规划
  • execution.py - 任务执行
  • knowledge.py - 知识检索
  • diagnosis.py - 错误诊断
  • validator.py - 结果验证
  • result_parser.py - 结果解析
  • learning.py - 学习优化
  • discovery.py - 科学发现
• gfa_core/mas/core/orchestrator.py - 编排器（参考代码）
• gfa_core/mas/llm/ - LLM管理
• gfa_core/mas/tools/ - 工具注册
• gfa_core/mas/cost_tracker.py - 成本追踪

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阶段7: Skills 系统

apps/cli/run_*.py
  ↓
skills/{stage}/run.py

必须保留:

• skills/*/run.py - 各阶段技能实现
• skills/*/templates/ - 报告模板

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阶段8: 配置文件

加载配置
  ↓
config/
prompts/

必须保留:

• config/ - 配置文件
• prompts/ - Agent 提示词
• .env - 环境变量

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必须保留的文件类型总结

1. 前端层

• apps/web/vue3/main.py - FastAPI
• apps/web/vue3/index.html - Vue3
• apps/web/pipeline_backend.py - Pipeline后端

2. CLI 分析脚本（11个阶段）

• apps/cli/run_identify.py
• apps/cli/run_phylogeny.py
• apps/cli/run_motif.py
• apps/cli/run_domain.py
• apps/cli/run_structure.py
• apps/cli/run_promoter.py
• apps/cli/run_synteny.py
• apps/cli/run_karyotype.py
• apps/cli/run_pep.py
• apps/cli/run_expression.py
• apps/cli/run_*.py (其他)

3. Agent 系统（LangGraph 迁移）

• gfa_core/mas/agents/*.py (9个Agent)
• gfa_core/mas/core/*.py
• gfa_core/mas/llm/*.py
• gfa_core/mas/tools/*.py

4. 核心模块

• gfa_core/api_clients.py
• gfa_core/reproducibility_v2.py
• gfa_core/pipelines/*.py

5. Skills

• skills/*/ - 所有技能目录

6. 配置

• config/
• prompts/
• .env

7. 微信集成（确认保留）

• wechat_*.py

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可以删除的文件类型（待确认）

1. 测试文件

• test_*.py (26个)

2. Demo 文件

• demo_*.py

3. 旧 RAG 实现

• kb/ 目录
• langchain_agent.py

4. 备份文件

• backup/ 目录
• *.backup.*
• *.bak

5. 日志和临时文件

• *.log (非必要)
• __pycache__/
• *.pyc

6. 文档和报告

• REVISION_*.md
• e2e_test_report.md
• EXECUTION_LOG.md
• 项目记录/ (确认是否保留)

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待确认问题

1. test_*.py - 是否全部删除？还是保留部分核心测试？
2. kb/ - 旧 RAG 实现，是否删除？（gene-family-mas-v2 已替代）
3. langchain_agent.py - 实验性代码，是否删除？
4. 项目记录/ - 历史文档，是否保留？
5. REVISION_*.md - 修订记录，是否保留？
6. codeMiaoshu/ - 代码描述，是否保留？
7. paper/ - 文献 PDF，是否保留？