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# bbav5 分析流程代码依赖分析
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## 以"进化树分析"为例，串完整流程
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### 阶段1: 前端调用
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用户点击"进化树分析"按钮
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↓
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Vue3 前端 → POST /api/execute (stage="phylogeny")
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↓
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apps/web/vue3/main.py → execute_stage()
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```
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**必须保留:**
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- `apps/web/vue3/main.py` - FastAPI 主入口
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- `apps/web/vue3/index.html` - Vue3 前端页面
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### 阶段2: API 层处理
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```
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apps/web/vue3/main.py
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↓
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检查 stage 是否在 ASYNC_STAGES 中
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↓
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调用 run_stage_sync() 或同步执行
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↓
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from apps.web.pipeline_backend import run_stage, JobInfo
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```
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**必须保留:**
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- `apps/web/vue3/main.py` - API 端点定义
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- `apps/web/pipeline_backend.py` - 后端 pipeline 核心
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### 阶段3: Pipeline 后端
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```
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apps/web/pipeline_backend.py → run_stage()
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↓
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stage == "phylogeny"
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↓
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导入 apps/cli/run_phylogeny.py
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↓
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构建命令行参数
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↓
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subprocess 执行
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```
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**必须保留:**
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- `apps/web/pipeline_backend.py` - stage 路由和参数处理
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- `apps/cli/run_phylogeny.py` - 进化树分析脚本
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### 阶段4: 分析脚本执行
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```
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apps/cli/run_phylogeny.py
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↓
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1. 读取 input/{job_id}/Ft.SPL.final_members.pep.fa
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2. 运行 MAFFT 多序列比对
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3. 运行 IQ-TREE 建树
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4. 生成输出到 workspace/{job_id}/final/
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- Ft.SPL.pep.msa.fa
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- Ft.SPL.tree.nwk
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- Ft.SPL.phylogeny_report.md
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- Ft.SPL.phylogeny.manifest.json
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```
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**必须保留:**
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- `apps/cli/run_phylogeny.py` - 进化树分析
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- `apps/cli/run_identify.py` - 基因家族鉴定（前置依赖）
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- `apps/cli/run_motif.py` - Motif分析
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- `apps/cli/run_domain.py` - 结构域分析
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- `apps/cli/run_structure.py` - 基因结构
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- `apps/cli/run_promoter.py` - 启动子分析
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- `apps/cli/run_synteny.py` - 共线性分析
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- `apps/cli/run_karyotype.py` - 核型分析
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- `apps/cli/run_expression.py` - 表达分析
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- `apps/cli/run_pep.py` - 蛋白特征
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- `apps/cli/run_*.py` - 其他分析脚本
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### 阶段5: 依赖的 gfa_core 模块
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```
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apps/cli/run_phylogeny.py
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↓
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from gfa_core.api_clients import ...
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from gfa_core.reproducibility_v2 import ReproducibilityManager
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```
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**必须保留:**
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- `gfa_core/api_clients.py` - API客户端（PlantCARE等）
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- `gfa_core/reproducibility_v2.py` - 可复现性管理
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- `gfa_core/pipelines/*.py` - pipeline 工具函数
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### 阶段6: Agent 系统（LangGraph 迁移目标）
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```
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用户自然语言输入
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↓
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Orchestrator (LangGraph)
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↓
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RouterAgent → PlanningAgent → ExecutionAgent
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↓
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调用 apps/cli/run_*.py
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```
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**必须保留（迁移到 LangGraph）:**
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- `gfa_core/mas/agents/*.py` - 9个Agent
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- `base.py` - Agent 基类
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- `router.py` - 意图路由
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- `planning.py` - 任务规划
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- `execution.py` - 任务执行
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- `knowledge.py` - 知识检索
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- `diagnosis.py` - 错误诊断
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- `validator.py` - 结果验证
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- `result_parser.py` - 结果解析
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- `learning.py` - 学习优化
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- `discovery.py` - 科学发现
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- `gfa_core/mas/core/orchestrator.py` - 编排器（参考代码）
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- `gfa_core/mas/llm/` - LLM管理
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- `gfa_core/mas/tools/` - 工具注册
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- `gfa_core/mas/cost_tracker.py` - 成本追踪
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### 阶段7: Skills 系统
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```
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apps/cli/run_*.py
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↓
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skills/{stage}/run.py
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```
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**必须保留:**
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- `skills/*/run.py` - 各阶段技能实现
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- `skills/*/templates/` - 报告模板
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### 阶段8: 配置文件
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加载配置
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config/
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prompts/
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**必须保留:**
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- `config/` - 配置文件
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- `prompts/` - Agent 提示词
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- `.env` - 环境变量
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## 必须保留的文件类型总结
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### 1. 前端层
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- `apps/web/vue3/main.py` - FastAPI
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- `apps/web/vue3/index.html` - Vue3
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- `apps/web/pipeline_backend.py` - Pipeline后端
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### 2. CLI 分析脚本（11个阶段）
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- `apps/cli/run_identify.py`
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- `apps/cli/run_phylogeny.py`
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- `apps/cli/run_motif.py`
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- `apps/cli/run_domain.py`
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- `apps/cli/run_structure.py`
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- `apps/cli/run_promoter.py`
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- `apps/cli/run_synteny.py`
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- `apps/cli/run_karyotype.py`
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- `apps/cli/run_pep.py`
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- `apps/cli/run_expression.py`
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- `apps/cli/run_*.py` (其他)
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### 3. Agent 系统（LangGraph 迁移）
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- `gfa_core/mas/agents/*.py` (9个Agent)
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- `gfa_core/mas/core/*.py`
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- `gfa_core/mas/llm/*.py`
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- `gfa_core/mas/tools/*.py`
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### 4. 核心模块
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- `gfa_core/api_clients.py`
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- `gfa_core/reproducibility_v2.py`
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- `gfa_core/pipelines/*.py`
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### 5. Skills
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- `skills/*/` - 所有技能目录
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### 6. 配置
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- `config/`
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- `prompts/`
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- `.env`
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### 7. 微信集成（确认保留）
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- `wechat_*.py`
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## 可以删除的文件类型（待确认）
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### 1. 测试文件
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- `test_*.py` (26个)
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### 2. Demo 文件
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- `demo_*.py`
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### 3. 旧 RAG 实现
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- `kb/` 目录
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- `langchain_agent.py`
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### 4. 备份文件
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- `backup/` 目录
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- `*.backup.*`
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- `*.bak`
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### 5. 日志和临时文件
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- `*.log` (非必要)
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- `__pycache__/`
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- `*.pyc`
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### 6. 文档和报告
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- `REVISION_*.md`
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- `e2e_test_report.md`
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- `EXECUTION_LOG.md`
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- `项目记录/` (确认是否保留)
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## 待确认问题
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1. **test_*.py** - 是否全部删除？还是保留部分核心测试？
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2. **kb/** - 旧 RAG 实现，是否删除？（gene-family-mas-v2 已替代）
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3. **langchain_agent.py** - 实验性代码，是否删除？
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4. **项目记录/** - 历史文档，是否保留？
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5. **REVISION_*.md** - 修订记录，是否保留？
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6. **codeMiaoshu/** - 代码描述，是否保留？
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7. **paper/** - 文献 PDF，是否保留？
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