docs(bioflow): playbook 补 §10 BIOFLOW_DATA 容器内软链断链陷阱(P7 终验实测)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
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2026-09-06 09:12:48 +08:00
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> 台账中「(待测)」体积与「(待确认)」用途由执行 agent 在构建过程中实测/核实后回填。
## 10. BIOFLOW_DATA 数据根部署陷阱(2026-09-06 P7 终验实测)
- **容器内断链**:数据根 zh/bioflow-data 下的 hmm/ 与 rag_db/pfam_mapping.json 若是
指向宿主其他位置的软链,容器内(挂载进 docker)是断链——identify 报
「本地Pfam映射不存在」+「未能从本地映射或RAG服务获取基因家族Pfam」。
- **处置**:挂载进容器的数据必须真实文件(cp -aL 解链复制),不能软链。
已修复:hmm(3.9G 真实文件)+ rag_db/pfam_mapping.json(377B 真实文件)。
- **验证**:容器内 ls /bioflow-data/hmm 可见 Pfam-A.hmm* 五文件、
/bioflow-data/rag_db/pfam_mapping.json 可读。
## 9. 构建实测记录(执行 agent 回填)
| 环境 | conda-pack 时长 | tar 体积 | 解包+unpack 时长 | 最终镜像体积 | 构建总时长 | 验证结果 |