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adminandClaude Fable 5 28bee31d00 fix(r4-28): 检索相关性下限,无关问题空 sources 
_select_graph_balanced 引入相关性下限 0.25(score_gate.py 具名常量,
env QA_MIN_SOURCE_SCORE 可覆盖):低于下限的候选不入选,全部低于下限
返回空;graph 配额语义不变,audit 增 min_source_score/below_min_source_score。
Qdrant 查询(direct_flow_retriever/v16_retriever 两处)加同源 score_threshold
双保险(collection distance=Cosine,0.25 与垃圾实测带 0.19-0.20 留余量、
远低于正常命中 >0.7)。pc_retriever 为禁用后端,零改动。
新增 test_score_gate.py:30 低->0、5 高+25 低->5、graph 配额、env 覆盖。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-11 14:18:56 +08:00
adminandClaude Fable 5 00eb0bc1d0 fix(r4-27): normalize_source title 空值回填(实体名/元数据标题字段,正文片段绝不参与) 
消息级 sources items 的 title 为空导致前端文献列表渲染出正文片段。
回填优先级:顶层标题类字段(publication_title/article_title/journal_title/name)
→ metadata 标题类字段(paper_title/source_entity/name/source)
→ 顶层 source(断言主体实体名);全部缺失保持 null(前端有 fallback)。
paper_id/score/snippet 等既有字段不受影响。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-11 14:18:43 +08:00
admin 7840527f82 fix(bioflow): 路径卡确认创建后事件断链——任务 201 创建但 UI 无反馈 
根因:FlowPathCard.confirmCreate 创建成功后 emit(updated) 全链无人监听
(与 r3-07-01 跳过按钮同模式的事件断链,基线即存在)。后果:无进度卡、
无任务事件订阅、不落库(刷新即丢 jobId)。

修复:chat store 新增 confirmBioflowPath 一站式 action(创建→挂 job_created
进度块→connectJobEvents 带 onEvent 桥接推进消息块→落库);FlowPathCard
改调 action 并防重复创建;hydrateDetail 恢复未终态任务的订阅(刷新后续流转);
connectJobEvents 加 onEvent 回调。单测 5 项新增,全套 373 全绿。
 2026-09-10 21:14:24 +08:00
admin 206f92e275 docs(debug): r3 缺陷记录文档(13 项+复测 4 项+部署 6 缺口,含根因/修复/时间/验证) bugfix-r3-20260910 2026-09-10 20:38:11 +08:00
admin 39120b985f docs(deploy): §5c 补 r3 实测关键 env(设备模式开关/LLM 阶段四键/8093 主上游提醒) 2026-09-10 20:10:22 +08:00
admin f7188bed05 fix(deploy): 索引校验按标签+属性过滤(neo4j 自动命名,按名匹配永远为空) 2026-09-10 20:09:49 +08:00
admin 2fbbd3ee1f fix(deploy): 补入 run_methodology_batch.py(LLM 方法学提取阶段,176 部署暴露的缺失) 2026-09-10 19:38:36 +08:00
admin 6cddda7afd Merge branch 'debug/backend' into feature/bioflow-conversation-orchestration 2026-09-10 18:23:06 +08:00
admin 2150b28bf6 Merge branch 'debug/frontend' into feature/bioflow-conversation-orchestration 2026-09-10 18:23:06 +08:00
adminandClaude Fable 5 b497aec007 test: r3 定点复测结论附录(4 项缺陷复测通过) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 18:13:49 +08:00
Debug-2 BackendandClaude Fable 5 ad248cf6a8 fix(backend): r3-47-01 DOCX 包裹层递归遍历 + r3-42-01 内置模板 key 回退语义 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 18:03:45 +08:00
adminandClaude Fable 5 53069d4940 fix(ui): 复测缺陷 r3-07-01/r3-52-02 + b3 测试债 
- r3-07-01 「跳过」无效:补齐事件转发链 MessageList(新增
  skip-reveal emit)→ ChatPanel(@skip-reveal 监听)→ store.skipReveal();
  新增 skipReveal.test.js 三层断言(点击定格终态/组件转发/ChatPanel 监听)
- r3-52-02 终态文案残留:docgen 轮询 tick 的 done 分支把 generation 步
  desc 还原 DOCGEN_STEPS 默认文案「按大纲逐节生成正文」;docgenPoll
  done 用例改两阶段 mock(running 进度文案 → done 还原)复现原缺陷
- 测试债:b3 bench.store.test.js 删除已下线 sessionSourceItems 引用,
  按 #27 修复后语义改断言(后端去重结果原样透出)

自测:r3debug 32 项 + 全套 373 项 + private_docs 23 项全绿;
playwright 实测(mock SSE/docgen 202):跳过按钮点击后全文定格、
skip-btn/cursor 消失;docgen done 后第 4 步 desc 还原默认文案;无 JS 错误。
未 push。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 18:01:01 +08:00
Debug-2 BackendandClaude Fable 5 772c7cd688 fix(backend): r3 七项缺陷修复——图片预算/neo4j normalized/超时分流/mineru 加固/检索降级/DOCX 同源/docgen 异步任务化 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 16:46:48 +08:00
adminandClaude Fable 5 671783eb1e fix(ui): r3 前端 10 项缺陷修复(#7/#27/#28/#31/#39/#40/#42/#47b/#52/#55) 
- #7a reveal 超时:长文按总时长 ≤8s 反推 interval(下限 12ms),短路径
  30ms/字符不变(step=1);跳过按钮与 reduced-motion 行为不变
- #7b 标题编号:heading_open 注入 h1「一、」/h2「1.1」/h3「1.2.3」,
  层级变化归零、自带编号跳过、md-hN class 恒挂、计数器逐次渲染重置;
  DocPane md 回退预览与私有参考块用 renderMarkdownPlain 关闭注入
  (防止编号被序列化写回正本)
- #27 会话聚合:删除前端二次聚合,会话域直接以后端 sources 为准;
  SourcesPane/SourceRow 以 paper_id/id 为 key 与高亮依据,徽标显示
  真实 paper_id(截断+悬浮),无 paper_id 退 index+1;
  setHighlightSource 参数 index→key,chip 编号契约保持
- #31 节点详情:KgEntityDetail fetchExtra 序号守卫;KgPane :key 强制
  重建;KgGraphView pointer 事件重构(pointerdown 不捕获、位移>4px
  才捕获+标记 dragging、pointerup release、onClickNode dragging 拦截)
- #39 日志刷新:打开总是重拉+「刷新日志」按钮+有 running 时 5s 独立
  轮询(onBeforeUnmount 清理)
- #40 轮询暂停:任何离开 extract 的切换 pausePolling;详情/日志展开态
  提升到 store(detailOpenId/logOpen/runLog/logError),切 TAB 保留
- #42 模板选择:Composer docgen 模式模板下拉(自动推荐+内置+as_template
  懒加载,失败降级),template_id 经 sendDocgen 传入
- #47b 会话切换 resetSession(selectSession 动态 import,只清不丢)
- #55 文档 TAB:docgen store viewMode + DocPane「资料库」/「关闭文档」/
  「返回文档」按钮
- #28 检索文案:searchNoAnswer/searchTimeoutEmpty;200 降级体按
  payload.degraded 分流,不再走 _errorMarker TIMEOUT 报错
- #52 异步轮询:api getTask/listTasks;sendDocgen 兼容 200/202,
  202 后释放 busy 锁(生成期间可继续对话)、消息块记录 task_id、
  2s 轮询 getTask、progress 驱动「生成中 x/y 节」、done 复用现有
  artifact 挂块+落库+adoptArtifact+切 TAB、error 可重试;
  会话恢复时 running 块含 task_id 续轮询(不误标「已中断」)

自测:29 个新增 r3debug 单测 + 23 个既有 private_docs 测试全绿;
npm run build 通过;playwright 冒烟(dev server 5199)无 JS 错误,
模板下拉/提取面板/日志刷新按钮渲染正常。
未 push;Debug-2 9090 未就绪,#52/#28 联调留待 9090 就绪后执行。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 16:17:11 +08:00
adminandClaude Fable 5 21063af703 docs(deploy): §5c MinerU CPU 裸部署 + §5d embedding 裸部署固化(176 实测) 
- MinerU: 175 minerupy312 conda env 整体 tar 搬运到 176 /srv/plantai/mineru-cpu(8.1G),
  模型缓存 /srv/plantai/mineru-models(3.6G);四个陷阱: tar --numeric-owner(非 --numeric-ids)、
  shebang 重写、modelscope 绝对路径软链断链、stdin-EOF 关闭监视器(< /dev/null)
- 冒烟: 22 页英文 PDF 67s 出 74KB markdown, 与 175 GPU 基线 md5 逐字节一致
- prod.env 五项 env 已加(176, 待 methodology 代码修复后随 install 包重发布生效)
- embedding: Ollama 裸服务离线布局/bge-m3 位置/vstore env/CPU 性能实测(短句 4.1s, 780 字 1.0s)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 15:35:30 +08:00
adminandClaude Fable 5 c53fe9e09d test: 176 手工测试 13 项缺陷验收用例(r3) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-10 14:44:44 +08:00
adminandClaude Fable 5 f46319497d docs(deploy): §6.7 功能自测五项(部署完成必须实跑,176 实测沉淀) 
- 6.7.1 QA 完整 LLM 答案(complete 事件全量答案,非仅 progress 帧)
- 6.7.2 新文档入库闭环(上传→嵌入→检索→清理)
- 6.7.3 legacy-rag 真实图谱查询(冷缓存 >60s 需 120s 超时)
- 6.7.4 methodology 真实任务流(status 路径布局断言)
- 6.7.5 生信镜像冒烟+金标 E2E(smoke_golden 4 步全绿+24 ID diff 空)
- 自测结论记录要求:5/5 通过+两机一致性对比

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-09 09:52:11 +08:00
adminandClaude Fable 5 a57c1994e8 feat(deploy): 176 部署完成与启动脚本可移植化 
- start.sh×3: venv 解析改为安装包内 ../venv 优先(175 旧路径回退), 176 等目标机免改
- build_all.sh: start_all 模板补 vstore 拉起 + BFF 前 source sdk/.env + PYBIN 可移植解析 + env 目录 mkdir
- DEPLOY_FLOW.md: §5.1 重写(176 实战模板: venv/torch 安装顺序/.env 键/ollama 离线携带/下载源可达性/内网直连), §0 增 176 已部署行

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-09 01:01:30 +08:00
adminandClaude Fable 5 e151f675f1 feat(qa-db): QA数据库裸进程标准(deploy/qa-db五脚本+守卫去版本锁定+打包/文档/Excel同步) 
- deploy/qa-db/: qdrant/neo4j systemd 裸进程安装脚本+unit模板+整库替换(replace_db.sh)
  * 数据双制品模型: <部署根>/qa-db 与 install 分开传输, 支持频繁整库替换
  * 免编译(官方静态二进制/tarball)+本地 bin/ 离线分发+国内镜像回退
  * 端口 27433/27434+19888/19885(127.0.0.1), 175 docker 容器(27333/19788)为其他项目共享不动
- backend_guard.py: 移除精确计数相等校验(数据库会整库替换/持续更新, 不得锁死版本)
  保留身份校验(release/collection/kb_version/标签/关系类型), 计数仅随 health 返回
- qa/scripts/start.sh: reranker 模型路径回退(install/models/bge-reranker-base)
- build_all.sh: qa-db 脚本+reranker 模型入包; .gitignore: qa-db/bin 离线载体
- DEPLOY_FLOW.md: §0/§5.0/§5.0b/§6.0b/§7 QA 数据库裸进程标准

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 17:59:53 +08:00
adminandClaude Fable 5 acf5b734fa feat(deploy): nginx 80 端口代理章节+模板+BFF 改绑 127.0.0.1(仅新增修改,未真实部署) 
- deploy/nginx/plantai.conf(新): 80 反代 127.0.0.1:8090 模板,SSE 长连接
  (buffering off/read_timeout 3600s>看门狗 1200s)+大文件上传
  (client_max_body_size 0/request_buffering off/send_timeout 600s)适配
- 绑定脚本: bff_restart.sh/sdk/run.sh/start-dev.sh 默认 0.0.0.0→127.0.0.1
  (nginx 80 为唯一客户入口);build_all.sh start_all heredoc 同改+nginx
  模板入包 install/nginx/
- DEPLOY_FLOW.md: §0 绑定策略更新+nginx 模板位置;新增 §5b 从零安装
  nginx(apt/yum 探测→放模板→nginx -t→启用→防火墙→先 nginx 后改绑的
  切换顺序→内网验证);§6 质检增 nginx 专项(进程/80 监听/经 80 首页+SSE
  冒烟+上传冒烟);§7 注明现网仍是 0.0.0.0:8090 直连形态待按 §5b 迁移

纪律: 仅新增与修改,未在目标机/现网执行任何 nginx 安装或改绑操作。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 15:15:21 +08:00
adminandClaude Fable 5 105b9c8427 docs: 编译→打包→部署→质检全流程手册(agent 自动执行版) 
覆盖: 五树编译+import 冒烟 / KB 加密(SKIP_KB 门禁) / build_all 一键打包
+泄露门禁 / 发布包组装(QA prompts 补齐+镜像导出+传输) / 目标机部署
(venv+.env+KB 密钥+Ollama+start_all) / 部署后质检(端口绑定/健康/无明文
代码核验/数据库加密核验/私有问答冒烟/回归)。硬要求:目标机无白名单外
明文代码。已知限制:SKIP_KB=1 未定版、KB 解密密钥运行时消费方未实现
(报 TL 裁决)。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 01:27:23 +08:00
adminandClaude Fable 5 7b63765d69 chore(deploy): vstore 编译硬化纳入打包流水线——目标机不再出现向量库明文代码 
- tooling/compile/compile_vstore.sh(新): 复制 compile_sdk.sh 改白名单
  (api.py 入口明文+__init__.py,其余 12 模块 Cython .so+strip+elf 校验)
- build_all.sh: 编译段追加 vstore 编译(SDK_PYTHON);冒烟段追加 import 检查;
  组装段改复制编译产物(此前复制明文源码)
- 实测: 编译 12 .so 成功;冒烟 health+search-chunks 正常;bash -n 过

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 01:25:44 +08:00
adminandClaude Fable 5 dbe2037116 chore(deploy): 向量化本地模型(Ollama+bge-m3)纳入部署脚本 
- deploy/ollama_restart.sh(新): Ollama 幂等拉起+嵌入模型校验,二进制多候选
  探测(零硬编码),模型缺失只告警不阻断;start_all.sh 在四服务前先拉起
- vstore/vstore_restart.sh(新): 部署树与安装包共用版(路径从脚本位置推导,
  零硬编码),替换部署树旧硬编码脚本(实测重启后 210 文档+210 chunks 完整)
- build_all.sh: 组装段纳入 vstore 明文源码+启动脚本+env 模板;start_all.sh
  heredoc 增加 Ollama 拉起段——安装包自此包含向量化环节

实测: ollama_restart.sh 幂等(已运行跳过,bge-m3 就绪);vstore 新脚本重启
UP(210/210);bash -n 全过。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 00:46:31 +08:00
adminandClaude Fable 5 5931ddca5e test(priv): R3 轮次报告——BUG-PRIV-R2-01 关闭,缺陷清零;用例表 v1.3(LLM 收到问题与参考资料) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-08 00:19:38 +08:00
adminandClaude Fable 5 92e2754583 fix(priv): R2 严重缺陷——ask_private 的 LLM 调用拼入用户问题(原实现只传检索上下文致真命中被自谦改判误杀) 
user 消息改为「用户问题:{question}\n\n参考资料:\n{context}」;
SYSTEM_PROMPT 与 [资料n] 编号顺序不变。自测:真命中 hit:true(引
[资料1] 回答序号 38)/无关查询仍改判 hit:false/空检索不调 LLM/sdk
225 passed 无新增失败。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 23:40:55 +08:00
adminandClaude Fable 5 b68ebe6445 test(priv): R2 轮次报告——R1 三缺陷关闭,发现严重缺陷 BUG-PRIV-R2-01(LLM 未收到 question 致真命中被自谦改判误杀) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 23:38:52 +08:00
adminandClaude Fable 5 04c08e8339 fix(priv): R1 缺陷修复——信封包 ok 键 + 空 question 422 + 自谦答语确定性改判 hit:false 
- private_docs.py: 命中/未命中两态响应包 ok:true(错误信封 ok:false 不变)
- schemas.py: PrivateQARequest.question 加 min_length=1
- privateqa.py: LLM 自谦答语(资料中未找到相关信息+等价变体)确定性改判
  {hit:false,mode:empty},不调默认阈值(底噪 0.3-0.37 与真实命中 0.42-0.73
  有重叠)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 23:07:19 +08:00
adminandClaude Fable 5 19e928ba93 test(priv): R1 轮次报告——101+225+396 全绿,3 个一般级缺陷(信封缺 ok/空 question 未 422/底噪越线),38 errors 确证预存基线 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 23:03:19 +08:00
adminandClaude Fable 5 6bf11821c1 test(priv): T1 骨架修正——L1-01 笔误 + 7 处执行期缺陷(vi.mock TDZ/恒真断言/vault 夹具路径隔离/mock 边界对齐 A1 真实实现) 
自证: vstore pytest 27 passed; vitest 23 passed; 追溯矩阵 92=92 无孤儿。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 22:41:36 +08:00
adminandClaude Fable 5 e783a26be6 feat(priv): A1 实现私有资料问答 P1-P3——vstore chunk 索引 + BFF 私有问答端点 + 前端并行块与管理界面 
- P1 vstore: chunks.py 切块(600字/8段/重叠1/上限200,表格原位聚合,outline
  不参与)+ChunkIndex 三文件原子写+无降级档;embed_batch_chunked 批量16x并发4;
  vault add/delete/rebuild_chunks 钩子(chunk 失败不阻断 doc 级);search-chunks/
  rebuild-chunks 端点+health chunk_count;rebuild CLI
- P2 BFF: privateqa.ask_private(同doc≤3去重/12k截断/40s超时/带引用短答);
  POST /api/qa/private 三态;schemas PrivateDocBlock 入 union;client.search_chunks;
  llm timeout 参数;main.py 注册
- P3 前端: _firePrivate 并行检索+竞态防护(pending/flush/防重入/跨轮归属);
  AssistantMessage private_doc 块;i18n/private.js;PrivateLibraryPane 挂 DocPane
  空态;removeLibrary(204 兜底)

自测: vstore pytest 26/27(1 失败为 T1 骨架笔误待修)+74 回归;前端 vitest
373/373;npm run build 0 error;sdk 222 passed(3 failed 为基线预存);红线 diff 空。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 22:22:22 +08:00
adminandClaude Fable 5 9e5367b268 test(priv): T1 用例基线 92 条——100% 覆盖 FR-PRIV 调整内容 + 双向追溯矩阵 + 测试骨架 
TL 复查达标放行:92 defined = 92 used、unmatched 0、unreferenced 0;
假设 1/9 已按实施方案 §1.2/§3.2 裁决修订(表格原位聚合/outline 不参与
切块/跨轮归属行为级判据)。骨架:test_chunks.py 416 行 + vitest 4 文件。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 21:42:22 +08:00
adminandClaude Fable 5 dea46402e8 docs(priv): 阶段0 私有资料问答文档先行——PRD §17 FR-PRIV-001~008 + UI_SPEC §9 + 原始测试计划 + 团队上下文 + A1/T1 任务书 
用户需求:客户上传 PDF 等资料进行向量化并追加进向量库,且问答可检索。
决策:全局检索融合 / BFF 直连 DeepSeek 生成私有回答 / 两路并行展示(命中才显示) /
「我的资料」管理界面挂文档 TAB 空态。改动仅限本分支,QA 金标树与红线零改动。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 21:20:35 +08:00
adminandClaude Fable 5 759427b759 chore(deploy): 启动脚本绑定策略统一——8090 默认 0.0.0.0,其余服务默认 127.0.0.1 
用户规则:提供客户 UI 的服务(BFF 8090)默认绑 0.0.0.0 面向内网客户
访问;其余内部服务(QA/methodology/legacy/vstore/bioflow)默认绑
127.0.0.1 不对外暴露。

- deploy/bff_restart.sh: BIND 默认 127.0.0.1 → 0.0.0.0(注释同步)
- sdk/run.sh: --host 127.0.0.1 → 0.0.0.0(注释同步)
- deploy/start-dev.sh: BFF 行 127.0.0.1 → 0.0.0.0
- bioflow_service/restart.sh: BIOFLOW_BIND_HOST 默认 0.0.0.0 → 127.0.0.1
- agent/methodology/scripts/start.sh: METHODOLOGY_API_HOST 默认
  0.0.0.0 → 127.0.0.1(部署树副本同改)

实测:8090→0.0.0.0、8091/8092/8093/8094/8098/8099→127.0.0.1,
BFF 上游全 OK,8092/8098 已按新默认值重启,残留 methodology 旧
进程已清理。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 18:55:42 +08:00
adminandClaude Fable 5 5457579d02 fix(bioflow): BFF Block union 补 7 种生信块类型,修复骨架消息持久化 422 
前端 sendBioflow 的骨架消息(kind=bioflow,blocks 含 bioflow_path 等
生信块)POST 到 BFF 会话持久化时,Block union 无生信块类型 → 422
VALIDATION,会话历史不落库(前端有 catch 不阻断显示)。

- schemas.py 新增 BioflowPathBlock/BioflowProgressBlock/BioflowFormBlock/
  BioflowFileBlock/BioflowArchiveBlock/BioflowQaBlock/BioflowReuseBlock
  (判别字面量+全默认值+extra=allow 宽松接收——字段契约归前端 store
  与 bioflow 服务 SSE,BFF 只做持久化校验)
- 部署:deploy-unified/sdk/app/schemas.py 已同步,8090 重启(0.0.0.0
  绑定保持内网可访问)
- 验证:curl 骨架消息 422→201,7 种块写入/GET 详情/PATCH 检查点/读回
  全通;浏览器端到端(真实生产 BFF)无 4xx、路径卡正常、刷新后会话
  历史恢复保留生信消息与块

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 18:43:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 bd011650f6 fix(bioflow): 意图分流收窄 v1.1——仅明确分析指令进生信流,问答句一律 qa 
用户反馈:不是所有对话都走生信编排,只有「用xxx进行分析」「帮我分析xxx」
类明确指令才是生信流程;「水稻SPL基因家族的最新研究进展有哪些?」
等问答句必须走原正常问答流程。

- intent.py/intent.js 同表双跑:任务动词+对象 / 前缀分析句式 / 分析链句式
  三通道;新增疑问引导词+问答主题词两道拦截;「研究」移出任务动词
  (「帮我研究一下水稻SPL家族」经前缀通道仍保 bioflow)
- cases_bioflow_intent.md 升 v1.1:40+15 用例,新增 #41-#55 问答句收窄
- test_intent.py 补 v1.1 用例,50 条全绿;PRD FR-BIO-001 同步收窄
- 部署:8098 已重启,ui/dist 重建同步 deploy-unified,浏览器端到端验证 PASS
  (问答句走 /api/qa/chat/stream,分析指令走 /api/bioflow/chat/stream 出路径卡)

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 2026-09-07 18:13:52 +08:00
adminandClaude Fable 5 dd0cd01e61 feat(bioflow): 16 个非内核环境镜像化(plantai-env-*:20260906) + playbook 回填 
按 playbook 方法补做台账 9-25 号共 16 个环境镜像(工程收尾):
- 11 个 conda env + 4 个 biolabx(mamba/micromamba) + pymol-env(conda 环境)
- 豁免 3 个: AI_env(12K 空壳)/r_de(残壳)/miniconda3 base(conda 本体违红线)
- 新增坑位 17-21: conda-pack -n 需 PATH/pip 覆盖检测/dest-prefix 路线
  (无 python 环境)/pip shebang 源前缀/conda-unpack 残留
- build_envs.sh: 非内核镜像构建入口; extra-envs/: 16 个 Dockerfile
- 验证: 16/16 过 §6 清单+加强断言(无 conda-unpack/无源前缀 shebang)

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 2026-09-06 11:07:23 +08:00
adminandClaude Fable 5 06b4abf28b fix(bioflow): P7 文件引导闭环修复——上传/路径登记后自动续跑(retry_after_files,await_inputs 重推,非等待态 no-op) 
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 2026-09-06 09:17:17 +08:00
adminandClaude Fable 5 0995dcbe77 docs(bioflow): playbook 补 §10 BIOFLOW_DATA 容器内软链断链陷阱(P7 终验实测) 
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 2026-09-06 09:12:48 +08:00
adminandClaude Fable 5 4f2c3ed986 docs(bioflow): 手工测试方法手册——14 节覆盖七项引导+面板+三形态+金标+端到端主线 
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 2026-09-06 08:58:17 +08:00
adminandClaude Fable 5 a38e7707dd fix(bioflow): P7 部署加固——restart.sh source .env(llm.py 裸读 DOCGEN_LLM_* 环境变量先例同 bff_restart) 
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 2026-09-06 08:50:00 +08:00
adminandClaude Fable 5 36c205c620 test(bioflow): T2 R2 复测轮——5 缺陷修复确认全过、缺陷清零(后端 170+前端 373 全绿、金标复跑全等、红线空) 
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 2026-09-06 08:41:00 +08:00
adminandClaude Fable 5 d3110c4319 fix(bioflow): R1 缺陷修复——反代 aread 时序(uvloop 大响应体 502)/flow_store 启动接线(ask 引用块)/events snapshot dict 保真 
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 2026-09-06 08:36:08 +08:00
adminandClaude Fable 5 a3142d2a05 test(bioflow): T2 R1 轮次报告+TL 用例修订——catalog 口径与权威数据一致(75/21)、INTENT-044 交互式补充转 P7 
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 2026-09-06 08:18:20 +08:00
adminandClaude Fable 5 35bf6889a4 fix(bioflow): 部署期 P1 双缺陷修复——context 值导入脱钩 init_context 重绑定(路由层动态取模块全局)+BFF 反代非 SSE 透传 bytes 500(改纯透传 Response) 
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 2026-09-06 07:22:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 0c98b54b6a chore(bioflow): compile_sdk 白名单补 bioflow_proxy.py——SSE 流式反代属断流崩溃根治同型高危点(TL 运维,2026-09-03 先例) 
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 2026-09-06 06:56:10 +08:00
adminandClaude Fable 5 3cf44b4a61 fix(bioflow): 部署加固——生信服务 SSE 路由入编译白名单(断流崩溃根治同款)+bff_restart 杀进程按端口精确(防误杀 8098) 
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 2026-09-06 06:54:45 +08:00
adminandClaude Fable 5 485e844160 feat(bioflow): P2-P5 前端编排闭环——五卡片+两面板+意图分流+探活显隐(373 用例全绿,红线零改动)+P3 docgen 增量合入(bioflow_report 模板+fig:// 渲染,预览与 PDF 导出同源) 
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 2026-09-06 06:43:25 +08:00
adminandClaude Fable 5 b0c802095c feat(bioflow): P1 生信服务地基——bioflow_service 8098 独立部署树(12 服务模块+3 路由层+SQLite 三表+166 用例全绿)+BFF 流式反代/报告登记(BIOFLOW_ENABLED 开关默认关) 
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 2026-09-06 05:36:10 +08:00
adminandClaude Fable 5 03b11dedda chore(bioflow): 删除副本中 13 个 dev 历史备份文件(.bak/.orig)——副本全树零硬编码 
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 2026-09-06 03:00:09 +08:00
adminandClaude Fable 5 99e774a2a0 feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化) 
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 2026-09-06 02:59:26 +08:00