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adminandClaude Fable 5 bd011650f6 fix(bioflow): 意图分流收窄 v1.1——仅明确分析指令进生信流,问答句一律 qa 
用户反馈:不是所有对话都走生信编排,只有「用xxx进行分析」「帮我分析xxx」
类明确指令才是生信流程;「水稻SPL基因家族的最新研究进展有哪些?」
等问答句必须走原正常问答流程。

- intent.py/intent.js 同表双跑:任务动词+对象 / 前缀分析句式 / 分析链句式
  三通道;新增疑问引导词+问答主题词两道拦截;「研究」移出任务动词
  (「帮我研究一下水稻SPL家族」经前缀通道仍保 bioflow)
- cases_bioflow_intent.md 升 v1.1:40+15 用例,新增 #41-#55 问答句收窄
- test_intent.py 补 v1.1 用例,50 条全绿;PRD FR-BIO-001 同步收窄
- 部署:8098 已重启,ui/dist 重建同步 deploy-unified,浏览器端到端验证 PASS
  (问答句走 /api/qa/chat/stream,分析指令走 /api/bioflow/chat/stream 出路径卡)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 18:13:52 +08:00
adminandClaude Fable 5 06b4abf28b fix(bioflow): P7 文件引导闭环修复——上传/路径登记后自动续跑(retry_after_files,await_inputs 重推,非等待态 no-op) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 09:17:17 +08:00
adminandClaude Fable 5 36c205c620 test(bioflow): T2 R2 复测轮——5 缺陷修复确认全过、缺陷清零(后端 170+前端 373 全绿、金标复跑全等、红线空) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:41:00 +08:00
adminandClaude Fable 5 d3110c4319 fix(bioflow): R1 缺陷修复——反代 aread 时序(uvloop 大响应体 502)/flow_store 启动接线(ask 引用块)/events snapshot dict 保真 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:36:08 +08:00
adminandClaude Fable 5 a3142d2a05 test(bioflow): T2 R1 轮次报告+TL 用例修订——catalog 口径与权威数据一致(75/21)、INTENT-044 交互式补充转 P7 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:18:20 +08:00
adminandClaude Fable 5 485e844160 feat(bioflow): P2-P5 前端编排闭环——五卡片+两面板+意图分流+探活显隐(373 用例全绿,红线零改动)+P3 docgen 增量合入(bioflow_report 模板+fig:// 渲染,预览与 PDF 导出同源) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:43:25 +08:00
adminandClaude Fable 5 b0c802095c feat(bioflow): P1 生信服务地基——bioflow_service 8098 独立部署树(12 服务模块+3 路由层+SQLite 三表+166 用例全绿)+BFF 流式反代/报告登记(BIOFLOW_ENABLED 开关默认关) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 05:36:10 +08:00
adminandClaude Fable 5 99e774a2a0 feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 02:59:26 +08:00
adminandClaude Fable 5 486670b75d docs(bioflow): 镜像构建方法 playbook(8 环境→8 镜像，其余 18 环境工程后补做) + A1 任务书 v2 + 团队上下文 8 镜像终态 
- playbook: conda-pack 打包→/opt/conda 解包+conda-unpack 重定位→ENV PATH 直达→镜像内编译 .so；验证清单/常见坑/26 环境总台账/实测记录表
- A1 任务书 v2: 副本 126 处适配逐条记录、入口→环境归属表、跨环境入口处置、金标 24 ID diff 全等
- team_context: 8 镜像终态（含 panfamily 1.8G→bioflow-pan、r_de_analysis 1.6G→bioflow-rde）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 20:45:03 +08:00
adminandClaude Fable 5 644ac2fb40 docs(bioflow): A2 任务书追加 FlowStore 对接契约；契约文档计数 59→60（dev 新增 wgs_impute 契约） 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 17:49:02 +08:00
adminandClaude Fable 5 adb97f49a8 feat(bioflow): P6 流程知识库——flow_docs 集合(FlowStore 幂等入库+混合检索) + 三语料切块入库脚本 + 50 条评估集(94% 通过) 
语料 106 文件/724 块(全流程 79 章 118 + 契约 60 份 429 + 技能 45 份 177)；QA 树与 vstore 既有集合零改动

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 17:48:41 +08:00
adminandClaude Fable 5 9c0da9bc6a docs(bioflow): A4 语料副本入库 + A1/A4 任务书勘误（docker build 自测权限、语料源路径） 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:44:18 +08:00
adminandClaude Fable 5 4f5d0d607b test(bioflow): 阶段0-T1 测试用例——749 条 TC-BIO + FR-BIO 双向追溯矩阵 + UI 动作矩阵 + 意图分流词典 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:44:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 64bc30365c docs(bioflow): 阶段0-PM 文档——PRD 新增 FR-BIO-032、UI_SPEC 生信组件规格、TEST_PLAN 生信分层与600门禁、团队上下文与六份任务书 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:09:48 +08:00
jerryandClaude Fable 5 8467dec3a8 fix(bff): 断流崩溃根治——SSE 取消链模块明文化 + 团队文档归档 
客户端中途断开流时 Cython 协程 __Pyx_Coroutine_SendEx 断言 abort 整个 BFF。
证据链:3.2.8 崩 db.c / 3.3.0 仍崩(升级无效) / db 明文后迁移 sse_relay.c,
证明取消链上任意 Cython 协程均可触发。最终把 db.py/qa.py/sse_relay.py
加入编译白名单(明文),隔离实例断流探针 10/10 存活,生产同构建实测通过。
代价:3 模块失去编译硬化(无凭据内容),编译模块 30->27。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-03 21:13:56 +08:00