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adminandClaude Fable 5 bd011650f6 fix(bioflow): 意图分流收窄 v1.1——仅明确分析指令进生信流,问答句一律 qa 
用户反馈:不是所有对话都走生信编排,只有「用xxx进行分析」「帮我分析xxx」
类明确指令才是生信流程;「水稻SPL基因家族的最新研究进展有哪些?」
等问答句必须走原正常问答流程。

- intent.py/intent.js 同表双跑:任务动词+对象 / 前缀分析句式 / 分析链句式
  三通道;新增疑问引导词+问答主题词两道拦截;「研究」移出任务动词
  (「帮我研究一下水稻SPL家族」经前缀通道仍保 bioflow)
- cases_bioflow_intent.md 升 v1.1:40+15 用例,新增 #41-#55 问答句收窄
- test_intent.py 补 v1.1 用例,50 条全绿;PRD FR-BIO-001 同步收窄
- 部署:8098 已重启,ui/dist 重建同步 deploy-unified,浏览器端到端验证 PASS
  (问答句走 /api/qa/chat/stream,分析指令走 /api/bioflow/chat/stream 出路径卡)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-07 18:13:52 +08:00
adminandClaude Fable 5 dd0cd01e61 feat(bioflow): 16 个非内核环境镜像化(plantai-env-*:20260906) + playbook 回填 
按 playbook 方法补做台账 9-25 号共 16 个环境镜像(工程收尾):
- 11 个 conda env + 4 个 biolabx(mamba/micromamba) + pymol-env(conda 环境)
- 豁免 3 个: AI_env(12K 空壳)/r_de(残壳)/miniconda3 base(conda 本体违红线)
- 新增坑位 17-21: conda-pack -n 需 PATH/pip 覆盖检测/dest-prefix 路线
  (无 python 环境)/pip shebang 源前缀/conda-unpack 残留
- build_envs.sh: 非内核镜像构建入口; extra-envs/: 16 个 Dockerfile
- 验证: 16/16 过 §6 清单+加强断言(无 conda-unpack/无源前缀 shebang)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 11:07:23 +08:00
adminandClaude Fable 5 06b4abf28b fix(bioflow): P7 文件引导闭环修复——上传/路径登记后自动续跑(retry_after_files,await_inputs 重推,非等待态 no-op) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 09:17:17 +08:00
adminandClaude Fable 5 0995dcbe77 docs(bioflow): playbook 补 §10 BIOFLOW_DATA 容器内软链断链陷阱(P7 终验实测) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 09:12:48 +08:00
adminandClaude Fable 5 4f2c3ed986 docs(bioflow): 手工测试方法手册——14 节覆盖七项引导+面板+三形态+金标+端到端主线 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:58:17 +08:00
adminandClaude Fable 5 36c205c620 test(bioflow): T2 R2 复测轮——5 缺陷修复确认全过、缺陷清零(后端 170+前端 373 全绿、金标复跑全等、红线空) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:41:00 +08:00
adminandClaude Fable 5 d3110c4319 fix(bioflow): R1 缺陷修复——反代 aread 时序(uvloop 大响应体 502)/flow_store 启动接线(ask 引用块)/events snapshot dict 保真 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:36:08 +08:00
adminandClaude Fable 5 a3142d2a05 test(bioflow): T2 R1 轮次报告+TL 用例修订——catalog 口径与权威数据一致(75/21)、INTENT-044 交互式补充转 P7 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 08:18:20 +08:00
adminandClaude Fable 5 485e844160 feat(bioflow): P2-P5 前端编排闭环——五卡片+两面板+意图分流+探活显隐(373 用例全绿,红线零改动)+P3 docgen 增量合入(bioflow_report 模板+fig:// 渲染,预览与 PDF 导出同源) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:43:25 +08:00
adminandClaude Fable 5 b0c802095c feat(bioflow): P1 生信服务地基——bioflow_service 8098 独立部署树(12 服务模块+3 路由层+SQLite 三表+166 用例全绿)+BFF 流式反代/报告登记(BIOFLOW_ENABLED 开关默认关) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 05:36:10 +08:00
adminandClaude Fable 5 99e774a2a0 feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 02:59:26 +08:00
adminandClaude Fable 5 486670b75d docs(bioflow): 镜像构建方法 playbook(8 环境→8 镜像，其余 18 环境工程后补做) + A1 任务书 v2 + 团队上下文 8 镜像终态 
- playbook: conda-pack 打包→/opt/conda 解包+conda-unpack 重定位→ENV PATH 直达→镜像内编译 .so；验证清单/常见坑/26 环境总台账/实测记录表
- A1 任务书 v2: 副本 126 处适配逐条记录、入口→环境归属表、跨环境入口处置、金标 24 ID diff 全等
- team_context: 8 镜像终态（含 panfamily 1.8G→bioflow-pan、r_de_analysis 1.6G→bioflow-rde）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 20:45:03 +08:00
adminandClaude Fable 5 644ac2fb40 docs(bioflow): A2 任务书追加 FlowStore 对接契约；契约文档计数 59→60（dev 新增 wgs_impute 契约） 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 17:49:02 +08:00
adminandClaude Fable 5 adb97f49a8 feat(bioflow): P6 流程知识库——flow_docs 集合(FlowStore 幂等入库+混合检索) + 三语料切块入库脚本 + 50 条评估集(94% 通过) 
语料 106 文件/724 块(全流程 79 章 118 + 契约 60 份 429 + 技能 45 份 177)；QA 树与 vstore 既有集合零改动

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 17:48:41 +08:00
adminandClaude Fable 5 9c0da9bc6a docs(bioflow): A4 语料副本入库 + A1/A4 任务书勘误（docker build 自测权限、语料源路径） 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:44:18 +08:00
adminandClaude Fable 5 4f5d0d607b test(bioflow): 阶段0-T1 测试用例——749 条 TC-BIO + FR-BIO 双向追溯矩阵 + UI 动作矩阵 + 意图分流词典 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:44:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 64bc30365c docs(bioflow): 阶段0-PM 文档——PRD 新增 FR-BIO-032、UI_SPEC 生信组件规格、TEST_PLAN 生信分层与600门禁、团队上下文与六份任务书 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 16:09:48 +08:00
jerryandClaude Fable 5 8467dec3a8 fix(bff): 断流崩溃根治——SSE 取消链模块明文化 + 团队文档归档 
客户端中途断开流时 Cython 协程 __Pyx_Coroutine_SendEx 断言 abort 整个 BFF。
证据链:3.2.8 崩 db.c / 3.3.0 仍崩(升级无效) / db 明文后迁移 sse_relay.c,
证明取消链上任意 Cython 协程均可触发。最终把 db.py/qa.py/sse_relay.py
加入编译白名单(明文),隔离实例断流探针 10/10 存活,生产同构建实测通过。
代价:3 模块失去编译硬化(无凭据内容),编译模块 30->27。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-03 21:13:56 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bbd5db2315 feat(capabilities): S6 Superpowers+S7 终验(文档/humanizer CJK 修复/验收脚本) 
- prompts/superpowers_{review,answer_quality,minimal_code}.md + prompt_pack.py
- agentic_controller/answer_composer Superpowers 注入点(env 总闸,关态逐字节一致)
- compile_qa.sh: prompts/ 目录自动拷贝
- humanizer: CJK 逗号规则 + 引用保护收窄(只护标记本身,带引用句可润色)
- docs: README 能力矩阵+env 表 / ARCHITECTURE Gateway 章 / API §6 / PRD:17 /
  TEST_CASES:126 多轮语义 / CHANGELOG
- tooling/cap/final_acceptance.sh 终验矩阵
- 终验: 金标 16/20 regressions=0, 多轮指代 PASS, 热加载 PID 不变 PASS,
  Humanizer 开态「此外」消除且 22 引用保留, 五上游全绿, 7913 已释放

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 18:27:41 +08:00
jerryandClaude Fable 5 a990a00eb5 端口终态修订:BFF 8090 / QA 8091 / Methodology 8092 / legacy 8093 
- config.py 默认值改终态(浸泡期 .env 覆盖 7921/8001/7911 继续生效)
- extraction _DEFAULT_ALT=8093;三个 start.sh 默认端口改终态
- 运行中服务零触碰:浸泡端口不变,BFF 未重启,旧服务不动
- 验证:sdk pytest 125 绿,BFF 五上游仍绿(env 覆盖优先)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 16:41:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 30b01b8ae1 P4/M5: SDK legacy 健康键 + 代理路由,五上游全绿 
- config.py rag_legacy_base_url=7910(默认)/ upstream.py legacy 键入 probe_all
- routers/legacy.py:13 族前缀白名单透明代理(线程池阻塞调用)
- 浸泡:sdk/.env RAG_LEGACY_BASE_URL=7911(agent/legacy-rag 编译树)
- 验证:经 BFF 代理 kg/stats+kg/families 200,非白名单 404

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 15:58:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 9f5b38c203 P3/M4: methodology 编译树切换(BFF rag→8001,回滚窗口开启) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 13:53:47 +08:00
jerry 0da658e276 P2/M3: 浸泡记录补 KG overview 慢查询观察 2026-08-31 13:44:04 +08:00
jerryandClaude Fable 5 2e6dcd98d7 P2/M3: 浸泡切换部署完成(BFF→agent/qa 编译树 7921,回滚窗口开启) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 13:37:49 +08:00
jerryandClaude Fable 5 0875bb036c P0/M1: 四部分重构——frontend→ui、backend→sdk 改名 + 引用修复 + 骨架 
- git mv 保留历史：ui/(Vue3+Vite)、sdk/(BFF 中间层)
- 路径语义修正：db_path/figures_cache 改相对 sdk/(BFF cwd)，
  历史库 sdk/backend/data 迁移至 sdk/data/(会话/图片缓存无损)
- 引用修复 ~15 处：config.py、deploy/*.sh、vitest/playwright 配置、
  单测导入路径、docs、README、gitignore、.env.example
- 骨架：agent/{qa,methodology,legacy-rag,vendor}、knowledge/manifest.yaml、
  tooling/{compile,kb,crypto,assemble,audit,tools,scripts} + README
- 门禁验证：sdk pytest 125 通过、ui vitest 158 通过、
  生产 BFF 脚本重启四上游全绿 + 静态托管 + 会话库无损

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 12:56:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bb2b5b5f71 图文并茂长篇回复 + 多流重构 + 品牌与性能优化 
- 长文答案：上游 QA 镜像 prompt 改造（5000 字目标 + [[FIG:PMCID]] 图片标记 + max_tokens 12000 + LLM 超时 300s），docker commit 新镜像（回滚锚点 :20260828-orig）
- 图片服务：BFF figures 路由（本地 MinerU 索引 + Europe PMC 解析含许可 + 图片代理带磁盘缓存），答案 markdown 注入图注块（标记替换 + PMID 兜底 + 上限 8 张）
- 前端图文渲染：figure 图注块 + 点击放大遮罩 + lazy 加载 + 加载失败隐藏
- 多流重构：切换会话不再中断，每会话独立流上下文后台继续（修复 Pinia 代理相等陷阱）
- 证据量回调：ablation 恢复上游默认（top_k 30 / graph_min 15）支撑长文
- 品牌：海古纪 logo 图片 + 站点 icon + 标题更新
- 性能：Aurora 静态化、shimmer/sweep 改 transform、pulse 改透明度呼吸、autoGrow rAF 批处理
- 看门狗适配长文：STREAM_IDLE_TIMEOUT 240s → 1200s
- 运维：neo4j_recreate.sh 固化、sync.sh 公网地址、m5 超时 900s
- 测试：后端 125 测 / 前端 158 测全过；端到端实测 9938 字 + 17 小节 + 8 图

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-28 23:27:18 +08:00
jerryandClaude Fable 5 1e94de7464 PlantAI-rag-new 首次提交：文献知识工作台 
- BFF 薄适配层（FastAPI，8090）：QA 代理/SSE 中继/Neo4j 直连/抽取代理/会话持久化
- Vue3 前端：五相位检索流水线、文献来源与证据链、知识图谱、提取任务四 tab
- 四档响应式（桌面/笔记本/平板/手机）、深浅主题
- 81 个 FR 全部实现，测试追溯矩阵 81/81，后端 121 测/前端 156 测
- 真实凭据已脱敏，运行时配置在 backend/.env（不入 git）

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-25 20:47:52 +08:00